Análisis transcriptómico de fibroblastos y sangre en pacientes con enfermedades raras (ARNseqFibroSan)

Razón fundamental:

La mayoría de los pacientes con discapacidad intelectual o hipotonía neonatal permanecen sin diagnosticar, a pesar de las extensas pruebas genéticas. De hecho, los análisis estándar destinados a detectar anormalidades en el ADN del paciente solo permiten que se realice un diagnóstico en un tercio de los casos. Nuestra hipótesis es que un cierto número de estos pacientes mal diagnosticados llevan anomalías (variantes patógenas) que interrumpen el ARN (transcripción), que no se identificaron mediante secuenciación de ADN.

Este estudio tiene como objetivo responder una pregunta clave en el campo de las enfermedades genéticas raras determinando la prevalencia de variantes nocivas a nivel de ARN en pacientes no diagnosticados con discapacidad intelectual y/o hipotonía neonatal. Este estudio pondrá fin al error diagnóstico en varios pacientes.

Finalmente, los resultados de este estudio permitirán comparar los dos tipos de tejido utilizados para RNASEQ, con el fin de facilitar la implementación de este método de análisis en el entorno diagnóstico.

Objetivos:

Determine la prevalencia de variantes con un efecto nocivo a nivel de ARN, identificado por análisis transcriptómico (RNASEQ) en pacientes diagnósticos errantes con hipotonía neonatal y/o discapacidad intelectual. Este análisis se llevará a cabo en paralelo sobre el cultivo de sangre y fibroblastos (biopsia de la piel).

Compare el número de variantes patogénicas identificadas por RNaseQ en el tejido sanguíneo con el número de variantes patogénicas identificadas por RNASEQ en el cultivo de fibroblastos. El resultado ayudará a decidir si una sola muestra es suficiente para obtener un diagnóstico en pacientes en el limbo de diagnóstico.

Puntos finales de estudio:

El número de pacientes inicialmente en el error de diagnóstico en los que se identificó una variante perjudicial a nivel de ARN mediante análisis transcriptómico (RNASEQ).

El número de variantes de ARN perjudiciales identificadas en pacientes con error de diagnóstico usando ARNSEQ en fibroblastos y las variantes de ARN nocivas identificadas usando Arnseq en muestras de sangre.

Diseño del estudio:

Estudio de prevalencia descriptiva multicéntrica

Procedimientos de estudio:

Los pacientes (o sus padres en el caso de menores) serán informados de la posibilidad de participar en el estudio durante una consulta de seguimiento como parte de su atención habitual. Los pacientes también recibirán un folleto que explica el estudio. Después de un período de reflexión, los pacientes se verán en uno de los tres centros (Marsella, Toulon, Niza) para firmar un formulario de consentimiento y tomar muestras.

Solo se planea una visita como parte del estudio. Esta es la visita de inclusión, durante la cual se toman muestras de piel y sangre.

Si se identifica una variante patogénica que explica el fenotipo en un paciente, el médico del paciente solicitará la confirmación de la variante mediante análisis dirigido (secuenciación de Sanger) por el laboratorio (Laboratoire de Génétique moléculaire, APHM) como parte del diagnóstico. Este resultado será proporcionado por el médico del paciente como parte de la atención habitual del paciente.

Número de sujetos: 62

Mínimo de estudio:

Período de inclusión: 36 meses de seguimiento del seguimiento: no hay seguimiento para el paciente en este estudio: se planea una sola visita de inclusión. Los resultados se informarán como parte de la atención habitual del paciente.

Duración de los análisis: 6 meses Duración total (duración de la inclusión y duración del análisis): 42 meses