Transkriptomisk analyse av fibroblaster og blod hos pasienter med sjeldne sykdommer (ARNseqFibroSan)

Begrunnelse:

Flertallet av pasienter med intellektuell funksjonshemming eller nyfødt hypotoni forblir udiagnostisert, til tross for omfattende genetisk testing. Faktisk muliggjør standardanalyser som tar sikte på å oppdage abnormiteter i pasientens DNA bare en diagnose i en tredjedel av tilfellene. Vår hypotese er at et visst antall av disse feildiagnostiserte pasientene har anomalier (patogene varianter) som forstyrrer RNA (transkript), som ikke ble identifisert ved DNA -sekvensering.

Denne studien tar sikte på å svare på et sentralt spørsmål innen sjeldne genetiske sykdommer ved å bestemme forekomsten av skadelige varianter på RNA -nivå hos udiagnostiserte pasienter med intellektuell funksjonshemming og/eller neonatal hypotoni. Denne studien vil få slutt på diagnostisk erratisisme hos en rekke pasienter.

Til slutt vil resultatene fra denne studien gjøre det mulig å sammenligne de to typene vev som brukes til RNASEQ, med tanke på å lette implementeringen av denne analysemetoden i diagnostisk innstilling.

Mål:

Bestem utbredelsen av varianter med en skadelig effekt på RNA -nivå, identifisert ved transkriptomisk analyse (RNASEQ) hos diagnostisk feilaktige pasienter med nyfødt hypotoni og/eller intellektuell funksjonshemming. Denne analysen vil bli utført parallelt på blod og fibroblastkultur (hudbiopsi).

Sammenlign antallet patogene varianter identifisert med RNASEQ på blodvev med antall patogene varianter identifisert med RNASEQ på fibroblastkultur. Resultatet vil bidra til å avgjøre om en enkelt prøve er tilstrekkelig til å få en diagnose hos pasienter i diagnostisk limbo.

Studer endepunkter:

Antall pasienter opprinnelig i diagnostisk feil som en skadelig variant på RNA -nivå ble identifisert ved transkriptomisk analyse (RNASEQ).

Antall skadelige RNA -varianter identifisert hos pasienter i diagnostisk feil ved bruk av Arnseq på fibroblaster og de skadelige RNA -variantene identifisert ved bruk av Arnseq på blodprøver.

Studiedesign:

Multisentrisk beskrivende prevalensstudie

Studieprosedyrer:

Pasienter (eller foreldrene deres i tilfelle av mindreårige) vil bli informert om muligheten for å delta i studien under en oppfølgingskonsultasjon som en del av deres vanlige omsorg. Pasienter vil også få en brosjyre som forklarer studien. Etter en refleksjonsperiode vil pasienter bli sett på et av tre sentre (Marseille, Toulon, Nice) for å signere et samtykkeskjema og ta prøver.

Bare ett besøk er planlagt som en del av studien. Dette er inkluderingsbesøket, der hud- og blodprøver tas.

Hvis en patogen variant som forklarer fenotypen er identifisert hos en pasient, vil pasientens lege be om bekreftelse av varianten etter målrettet analyse (Sanger -sekvensering) av laboratoriet (Laboratoire de Génétique Moléculaire, APHM) som en del av diagnosen. Dette resultatet vil bli gitt av pasientens lege som en del av pasientens vanlige omsorg.

Fagnummer: 62

Studer tidslinjer:

Inkluderingsperiode: 36 måneders varighet av oppfølging: Det er ingen oppfølging for pasienten i denne studien-et enkelt inkluderingsbesøk er planlagt. Resultatene vil bli rapportert som en del av pasientens vanlige omsorg.

Varighet av analyser: 6 måneder Total varighet (inkludering av inkludering og analysevarighet): 42 måneder