Транскриптомный анализ фибробластов и крови у пациентов с редкими заболеваниями (ARNseqFibroSan)

Обоснование:

Большинство пациентов с интеллектуальной инвалидностью или неонатальной гипотонией остаются недиагностированными, несмотря на обширное генетическое тестирование. Фактически, стандартные анализы, направленные на обнаружение аномалий в ДНК пациента, позволяют поставить диагноз только в трети случаев. Наша гипотеза состоит в том, что определенное количество этих неправильно диагностированных пациентов несет аномалии (патогенные варианты), нарушающие РНК (транскрипт), которые не были идентифицированы последовательно ДНК.

Это исследование направлено на то, чтобы ответить на ключевой вопрос в области редких генетических заболеваний путем определения распространенности вредных вариантов на уровне РНК у недиагностированных пациентов с интеллектуальной инвалидностью и/или гипотонией новорожденных. Это исследование положит конец диагностическому ошибке у ряда пациентов.

Наконец, результаты этого исследования позволят сравнить два типа ткани, используемых для RNASEQ, с целью облегчения реализации этого метода анализа в диагностических условиях.

Цели:

Определите распространенность вариантов с вредным эффектом на уровне РНК, идентифицированного с помощью транскриптомного анализа (RNASEQ) у диагностически ошибочных пациентов с гипотонией и/или интеллектуальной инвалидности. Этот анализ будет проведен параллельно на культуре крови и фибробластов (биопсия кожи).

Сравните количество патогенных вариантов, идентифицированных с помощью RNASEQ в ткани крови с количеством патогенных вариантов, идентифицированных с помощью RNASEQ в культуре фибробластов. Результат поможет решить, является ли одной выборки достаточной для получения диагноза у пациентов в диагностическом подвешенном состоянии.

Изучите конечные точки:

Число пациентов, первоначально в отношении диагностических ошибок, у которых вредный вариант на уровне РНК был идентифицирован с помощью транскриптомного анализа (RNASEQ).

Количество вредных вариантов РНК, выявленных у пациентов с диагностическими ошибками с использованием ARNSEQ на фибробластах, и вредные варианты РНК, идентифицированные с использованием ARNSEQ на образцах крови.

Учебный дизайн:

Многоцентровое описательное исследование распространенности

Процедуры изучения:

Пациенты (или их родители в случае несовершеннолетних) будут проинформированы о возможности участия в исследовании во время последующей консультации в рамках их обычной помощи. Пациентам также будет дана листовка, объясняющая исследование. После периода размышлений пациенты будут замечены в одном из трех центров (Марсель, Тулон, Ниццы), чтобы подписать форму согласия и взять образцы.

В рамках исследования запланировано только одно визит. Это посещение включения, во время которого взяты образцы кожи и крови.

Если патогенный вариант, объясняющий фенотип, идентифицируется у пациента, врач пациента запросит подтверждение варианта с помощью целевого анализа (секвенирования Sanger) лабораторией (Laboratoire de Génétique Moléculaire, APHM) в рамках диагноза. Этот результат будет предоставлен врачом пациента в рамках обычного ухода пациента.

Количество субъектов: 62

Сроки изучения:

Период включения: 36 месяцев продолжительностью наблюдения: в этом исследовании нет наблюдения для пациента-запланировано одно посещение включения. Результаты будут представлены в рамках обычного ухода пациента.

Продолжительность анализа: 6 месяцев общая продолжительность (продолжительность включения и продолжительность анализа): 42 месяца