Analiza transkryptomiczna fibroblastów i krwi u pacjentów z rzadkimi chorobami (ARNseqFibroSan)

Racjonalne uzasadnienie:

Większość pacjentów z niepełnosprawnością intelektualną lub hipotonia noworodka pozostaje nierozpoznana, pomimo szeroko zakrojonych badań genetycznych. W rzeczywistości standardowe analizy mające na celu wykrycie nieprawidłowości w DNA pacjenta umożliwiają diagnozę tylko w jednej trzeciej przypadków. Nasza hipoteza jest taka, że pewna liczba tych błędnie zdiagnozowanych pacjentów przenosi anomalie (warianty patogenne) zakłócające RNA (transkrypt), które nie zostały zidentyfikowane przez sekwencjonowanie DNA.

Badanie to ma na celu odpowiedź na kluczowe pytanie w dziedzinie rzadkich chorób genetycznych poprzez określenie występowania szkodliwych wariantów na poziomie RNA u nierozpoznanych pacjentów z niepełnosprawnością intelektualną i/lub hipotonią noworodkową. To badanie położy kres diagnostycznemu nieregularności u wielu pacjentów.

Wreszcie, wyniki tego badania umożliwią porównanie dwóch rodzajów tkanki używanych dla RNASEQ, w celu ułatwienia wdrażania tej metody analizy w ustawieniu diagnostycznym.

Cele:

Określ rozpowszechnienie wariantów o szkodliwym efekcie na poziomie RNA, zidentyfikowanym za pomocą analizy transkryptomicznej (RNASEQ) u pacjentów błędnych diagnostycznie z hipotonią noworodkową i/lub niepełnosprawnością intelektualną. Ta analiza zostanie przeprowadzona równolegle do hodowli krwi i fibroblastów (biopsja skóry).

Porównaj liczbę wariantów patogennych zidentyfikowanych przez RNaseq na tkance krwi z liczbą wariantów patogennych zidentyfikowanych przez RNaseq na hodowli fibroblastów. Wynik pomoże zdecydować, czy pojedyncza próbka jest wystarczająca do uzyskania diagnozy u pacjentów w diagnostycznej otchłani.

Punkty końcowe badań:

Liczba pacjentów początkowo w błędności diagnostycznej, u których szkodliwy wariant na poziomie RNA został zidentyfikowany za pomocą analizy transkryptomicznej (RNASEQ).

Liczba szkodliwych wariantów RNA zidentyfikowanych u pacjentów w błędnych błędach diagnostycznych przy użyciu ARNSEQ na fibroblastach i szkodliwych wariantach RNA zidentyfikowanych za pomocą ARNSEQ na próbkach krwi.

Projekt badania:

Wieloośrodkowe badanie rozpowszechnienia

Procedury badań:

Pacjenci (lub ich rodzice w przypadku nieletnich) zostaną poinformowani o możliwości udziału w badaniu podczas konsultacji kontrolnej w ramach zwykłej opieki. Pacjenci otrzymają również ulotkę wyjaśniającą badanie. Po okresie refleksji pacjenci będą widoczni w jednym z trzech centrów (Marsylia, Toulon, Nice), aby podpisać formularz zgody i pobrać próbki.

Tylko jedna wizyta jest planowana w ramach badania. Jest to wizyta włączenia, podczas której pobierane są próbki skóry i krwi.

Jeżeli wariant patogenny wyjaśniający fenotyp zostanie zidentyfikowany u pacjenta, lekarz pacjenta poprosi o potwierdzenie wariantu przez ukierunkowaną analizę (sekwencjonowanie Sanger) przez laboratorium (Laboratoire de Génétique Moléculaire, APHM) w ramach diagnozy. Wynik ten zostanie zapewniony przez lekarza pacjenta w ramach zwykłej opieki pacjenta.

Numer przedmiotów: 62

Badania terminów:

Okres włączenia: 36 miesięcy czasu obserwacji: W tym badaniu nie ma obserwacji dla pacjenta-planowana jest jedna wizyta włączenia. Wyniki zostaną zgłoszone w ramach zwykłej opieki pacjenta.

Czas trwania analiz: 6 miesięcy Całkowity czas trwania (czas włączenia i czas trwania analizy): 42 miesiące