Transkriptomická analýza fibroblastů a krve u pacientů se vzácnými onemocněními (ARNseqFibroSan)

Odůvodnění:

Většina pacientů s intelektuálním postižením nebo novorozeneckou hypotonií zůstává nediagnostikována navzdory rozsáhlému genetickému testování. Ve skutečnosti standardní analýzy zaměřené na detekci abnormalit v DNA pacienta umožňují pouze diagnózu ve třetině případů. Naše hypotéza je, že určitý počet těchto nesprávně diagnostikovaných pacientů nesou anomálie (patogenní varianty) narušující RNA (transkript), které nebyly identifikovány sekvenováním DNA.

Cílem této studie je odpovědět na klíčovou otázku v oblasti vzácných genetických onemocnění stanovením prevalence škodlivých variant na úrovni RNA u nediagnostikovaných pacientů s mentálním postižením a/nebo novorozenci. Tato studie ukončí diagnostický erratismus u řady pacientů.

Nakonec výsledky této studie umožní porovnat dva typy tkáně použité pro RNASEQ s cílem usnadnit implementaci této analytické metody v diagnostickém prostředí.

Cíle:

Určete prevalenci variant s škodlivým účinkem na úrovni RNA, identifikovanou transkriptomickou analýzou (RNASEQ) u diagnosticky polužených pacientů s novorozenou hypotonií a/nebo intelektuálním postižením. Tato analýza bude prováděna paralelně na krvi a fibroblastové kultuře (biopsie kůže).

Porovnejte počet patogenních variant identifikovaných RNASEQ na krevní tkáni s počtem patogenních variant identifikovaných RNASEQ na fibroblastové kultuře. Výsledek pomůže rozhodnout, zda je jeden vzorek dostatečný k získání diagnózy u pacientů v diagnostické limbu.

Koncové body studie:

Počet pacientů zpočátku v diagnostické errancy, u které byla transkriptomickou analýzou (RNASEQ) identifikována škodlivá varianta na úrovni RNA.

Počet škodlivých variant RNA identifikovaných u pacientů v diagnostické errancy pomocí ARNSEQ na fibroblastech a škodlivých variant RNA identifikovaných pomocí ARNSEQ na vzorcích krve.

Návrh studie:

Studie multicentrické popisné prevalence

Postupy studia:

Pacienti (nebo jejich rodiče v případě nezletilých) budou informováni o možnosti účasti na studii během následné konzultace v rámci své obvyklé péče. Pacienti dostanou také leták vysvětlující studii. Po období reflexe budou pacienti v jednom ze tří center (Marseille, Toulon, Nice), aby podepsali formulář souhlasu a odebrali vzorky.

V rámci studie je plánována pouze jedna návštěva. Toto je návštěva inkluze, během níž se odebírají vzorky kůže a krve.

Pokud je patogenní varianta vysvětlující fenotyp identifikována u pacienta, lékař pacienta požádá o potvrzení varianty cílenou analýzou (Sanger Sequence) laboratoří (Laboratoire de Génétique Moléculaire, APHM) v rámci diagnózy. Tento výsledek poskytne lékař pacienta v rámci obvyklé péče pacienta.

Číslo subjektů: 62

Studijní časové osy:

Doba inkluze: 36 měsíců Trvání sledování: V této studii není následná sledování-plánuje se jediná návštěva zařazení. Výsledky budou hlášeny jako součást obvyklé péče pacienta.

Doba trvání analýz: 6 měsíců celková doba trvání (trvání zahrnutí a trvání analýzy): 42 měsíců