Analisi trascrittomica di fibroblasti e sangue nei pazienti con malattie rare (ARNseqFibroSan)

Razionale:

La maggior parte dei pazienti con disabilità intellettuale o ipotonia neonatale rimane non diagnosticata, nonostante ampi test genetici. In effetti, le analisi standard volte a rilevare anomalie nel DNA del paziente consentono di effettuare solo una diagnosi in un terzo dei casi. La nostra ipotesi è che un certo numero di questi pazienti diagnosticati erroneamente porti anomalie (varianti patogene) che interrompono l'RNA (trascrizione), che non sono stati identificati dal sequenziamento del DNA.

Questo studio mira a rispondere a una domanda chiave nel campo delle rare malattie genetiche determinando la prevalenza di varianti deleteri a livello di RNA in pazienti non diagnosticati con disabilità intellettiva e/o ipotonia neonatale. Questo studio metterà fine all'erraticismo diagnostico in numerosi pazienti.

Infine, i risultati di questo studio consentiranno di confrontare i due tipi di tessuto utilizzati per RNaseQ, al fine di facilitare l'implementazione di questo metodo di analisi in ambito diagnostico.

Obiettivi:

Determina la prevalenza di varianti con un effetto deleteri a livello di RNA, identificata dall'analisi trascrittomica (RNaseQ) in pazienti diagnosticamente errati con ipotonia neonatale e/o disabilità intellettuale. Questa analisi verrà effettuata in parallelo sulla coltura di sangue e fibroblasti (biopsia cutanea).

Confronta il numero di varianti patogene identificate da RNaseQ sul tessuto sanguigno con il numero di varianti patogene identificate da RNaseQ sulla coltura di fibroblasti. Il risultato contribuirà a decidere se un singolo campione è sufficiente per ottenere una diagnosi nei pazienti nel limbo diagnostico.

Studia endpoint:

Il numero di pazienti inizialmente nell'erratezza diagnostica in cui una variante deleteria a livello di RNA è stata identificata mediante analisi trascrittomica (RNASEQ).

Il numero di varianti di RNA deleteri identificate nei pazienti in errata diagnostica usando ARNSEQ sui fibroblasti e le varianti di RNA deleteri identificate usando ARNSEQ su campioni di sangue.

Progettazione dello studio:

Studio di prevalenza descrittiva multicentrica

Procedure di studio:

I pazienti (o i loro genitori nel caso dei minori) saranno informati della possibilità di partecipare allo studio durante una consultazione di follow-up nell'ambito della loro solita cura. Ai pazienti verrà anche somministrato un volantino che spiega lo studio. Dopo un periodo di riflessione, i pazienti saranno visti in uno dei tre centri (Marsiglia, Tolone, Nizza) per firmare una forma di consenso e prelevare campioni.

È prevista una sola visita come parte dello studio. Questa è la visita di inclusione, durante la quale vengono prelevati campioni di pelle e sangue.

Se una variante patogena che spiega il fenotipo viene identificata in un paziente, il medico del paziente richiederà la conferma della variante mediante analisi mirata (sequenziamento di Sanger) da parte del laboratorio (Laboratoire de Génétique Moléculaire, AFHM) come parte della diagnosi. Questo risultato sarà fornito dal medico del paziente come parte delle consuete cure del paziente.

Numero dei soggetti: 62

Timeline di studio:

Periodo di inclusione: 36 mesi Durata del follow-up: non vi è alcun follow-up per il paziente in questo studio: è prevista una singola visita di inclusione. I risultati saranno riportati come parte delle solite cure del paziente.

Durata delle analisi: 6 mesi di durata totale (durata dell'inclusione e durata dell'analisi): 42 mesi