Introduction de la Réaction en Chaîne par Polymérase (PCR) en Microbiologie et Parasitologie

Notre projet est une étude pilote diagnostique transversale observationnelle rétrospective et prospective, concernant la comparaison entre les tests de laboratoire de routine standard et les nouveaux tests de biologie moléculaire. En particulier, nous détecterions les principales espèces pathogènes de Leishmania (espèces de Leishmania de l'Ancien et du Nouveau Monde), les cinq espèces de Plasmodium d'intérêt humain (falciparum, ovale, vivax, malaria et knowlesi) et Pneumocystis jirovecii.

1. Les échantillons positifs pour les amastigotes de Leishmania dans le sang périphérique et/ou l'aspiration/la biopsie de moelle osseuse et/ou provenant de raclages/biopsies cutanés préalablement testés selon les tests diagnostiques de routine seront analysés avec une PCR qualitative spécifique en utilisant un kit de diagnostic commercial. De plus, nous mettrions en œuvre un système de quantification de l'ADN utilisant le seuil de cycle PCR de l'échantillon unique et une échelle virtuelle capable de convertir les résultats en charge d'ADN (Piralla A et al, J clin virol 2013). Ensuite, nous effectuerions un séquençage spécifique de l'ADN du gène p70 pour déterminer l'espèce et la souche.
2. Les échantillons sanguins positifs pour les espèces de Plasmodium testés et analysés par microscopie directe et test immunochromatographique, seront testés avec un kit de diagnostic commercial de PCR multiplex ou avec une méthode décrite (A.Berg et al, Infection 2020) capable de déterminer une infection simple ou mixte et de quantifier respectivement la parasitémie. En détail, les échantillons sanguins seront analysés avec des analyses PCR qualitatives et quantitatives pour Plasmodium spp et Plasmodium falciparum, respectivement. La concentration d'ADN de P. falciparum dans les échantillons sanguins sera mesurée par PCR quantitative en temps réel (qPCR) comme décrit ailleurs (Imwong M, J.clin.microb 2014). Dans les échantillons positifs pour Plasmodium falciparum, la quantité de copies d'ADN obtenue de chaque échantillon sera comparée au niveau de parasitémie obtenu par analyse en microscopie directe. De cette façon, nous aimerions déterminer une plage de valeurs de copies d'ADN comparable aux différents degrés de classification actuellement obtenus avec les pourcentages de globules rouges positifs pour l'infection (<5% vs >5%). Ainsi, il pourrait être possible d'évaluer un niveau de parasitémie avec des techniques de PCR quantitative.
3. Enfin, la détection de Pneumocystis jirovecii dans les échantillons positifs de LBA ou de bronchoaspiration (BAS) obtenus par microscopie directe sera réanalysée en utilisant un kit de diagnostic commercial de PCR. Comme mentionné précédemment, la valeur CT sera convertie en charge d'ADN en comparaison avec les données de microscopie directe.