Recherche Transformative dans la Néphropathie Diabétique 2.0 (TRIDENT 2)

TRIDENT 2.0 est une étude translationnelle observationnelle multicentrique qui caractérise les caractéristiques moléculaires et histopathologiques rénales en relation avec l'exposition à des thérapies néphroprotectrices, avec un accent sur les inhibiteurs du cotransporteur sodium-glucose de type 2 (SGLT2). L'étude exploite du matériel de pathologie rénale clinique archivé et des données cliniques harmonisées pour soutenir des analyses moléculaires-histologiques intégrées à travers les sites participants.

Sources de tissus et flux de travail du dépôt central :

Des coupes/lames de tissu rénal fixées au formol et incluses en paraffine (FFPE) sont générées à partir de matériel de pathologie clinique archivé (incluant des biopsies rénales cliniquement indiquées et des échantillons de donneur ou de néphrectomie disponibles) et transférées sous identifiants codés vers un dépôt central pour des tests moléculaires en aval et une pathologie numérique.

Transcriptomique spatiale et profilage moléculaire :

Des méthodes transcriptomiques à résolution spatiale sont utilisées pour générer des cartes moléculaires haute résolution tout en préservant l'architecture tissulaire. Des coupes FFPE (ou fraîchement congelées, si disponibles) peuvent être traitées en utilisant des plateformes de transcriptomique spatiale disponibles commercialement (par exemple, 10x Genomics Visium, NanoString CosMx, Xenium) ou des technologies mises à jour mises en œuvre sous la gouvernance de l'étude. Des procédures standard de contrôle de qualité évaluent l'intégrité tissulaire, la qualité de l'ARN, l'efficacité de capture et la résolution des principaux compartiments rénaux et types cellulaires. Le séquençage est effectué sur des plateformes Illumina avec une profondeur appropriée à la plateforme, suivi d'un prétraitement utilisant des pipelines spécifiques à la plateforme et d'une analyse en aval dans des flux de travail R/Python (par exemple, Seurat ou équivalent) avec normalisation et correction de lot si nécessaire. Les analyses planifiées incluent l'identification de signatures de types cellulaires et sous-types cellulaires en contexte spatial, la cartographie des schémas de lésion (par exemple, fibrose/inflammation/remodelage vasculaire) et le profilage moléculaire comparatif à travers les catégories de maladies et les groupes d'exposition thérapeutique avec ajustement pour les covariables pertinentes.

Pathologie numérique et revue histopathologique centralisée :

Des colorations cliniques numérisées et des images diagnostiques disponibles sont utilisées pour une revue centralisée et une notation standardisée des lésions par des pathologistes rénaux. Lorsque cela s'applique, la néphropathie diabétique (DKD) est classifiée en utilisant des critères établis de pathologie rénale. Des métriques d'adéquation des échantillons sont utilisées pour guider l'inclusion analytique et les analyses de sensibilité.

Données cliniques liées (niveau élevé) :

Les données cliniques sont harmonisées à travers les sites pour soutenir l'intégration clinicopathologique et moléculaire, incluant l'historique d'exposition médicamenteuse et les variables de laboratoire et diagnostiques pertinentes. Des informations cliniques longitudinales sont utilisées pour contextualiser les découvertes moléculaires et histologiques pour la modélisation en aval.

Approche analytique statistique et intégrative :

Les méthodes analytiques incluent l'analyse d'expression différentielle et des voies avec un contrôle approprié des tests multiples et un ajustement des covariables. La modélisation intégrative peut combiner les domaines moléculaires, histologiques et cliniques en utilisant des approches de réduction de dimension et régularisées pour dériver des signatures moléculaires associées à l'état de la maladie et à l'exposition thérapeutique.