Ricerca Trasformativa nella Nefropatia Diabetica 2.0 (TRIDENT 2)

TRIDENT 2.0 è uno studio osservazionale traslazionale multicentrico che caratterizza le caratteristiche molecolari e istopatologiche renali in relazione all'esposizione a terapie nefroprotettive, con un focus sugli inibitori del cotrasportatore sodio-glucosio di tipo 2 (SGLT2). Lo studio utilizza materiale patologico renale clinico archiviato e dati clinici armonizzati per supportare analisi integrate molecolari-istologiche tra i siti partecipanti.

Fonti di tessuto e flussi di lavoro del repository centrale:

Sezioni di tessuto renale fissate in formalina e incluse in paraffina (FFPE) vengono generate da materiale patologico clinico archiviato (inclusi biopsie renali clinicamente indicate e campioni disponibili di donatori o nefrectomie) e trasferite sotto identificatori codificati a un repository centrale per saggi molecolari a valle e patologia digitale.

Trascrittomica spaziale e profilo molecolare:

Metodi trascrittomici a risoluzione spaziale vengono utilizzati per generare mappe molecolari ad alta risoluzione preservando l'architettura tissutale. Sezioni FFPE (o congelate fresche, quando disponibili) possono essere processate utilizzando piattaforme di trascrittomica spaziale commercialmente disponibili (es., 10x Genomics Visium, NanoString CosMx, Xenium) o tecnologie aggiornate implementate sotto la governance dello studio. Procedure standard di controllo qualità valutano l'integrità tissutale, la qualità dell'RNA, l'efficienza di cattura e la risoluzione dei principali compartimenti e tipi cellulari renali. Il sequenziamento viene eseguito su piattaforme Illumina con profondità appropriata alla piattaforma, seguito da preprocessamento utilizzando pipeline specifiche della piattaforma e analisi a valle in flussi di lavoro R/Python (es., Seurat o equivalente) con normalizzazione e correzione dei batch secondo necessità. Le analisi pianificate includono l'identificazione di firme di tipo cellulare e sottotipo cellulare in contesto spaziale, la mappatura di pattern di danno (es., fibrosi/infiammazione/rimodellamento vascolare) e il profilo molecolare comparativo tra categorie di malattia e gruppi di esposizione terapeutica con aggiustamento per covariate rilevanti.

Patologia digitale e revisione istopatologica centralizzata:

Colorazioni cliniche digitalizzate e immagini diagnostiche disponibili vengono utilizzate per revisione centralizzata e scoring standardizzato delle lesioni da parte di patologi renali. Quando applicabile, la malattia renale diabetica (DKD) viene classificata utilizzando criteri stabiliti di patologia renale. Metriche di adeguatezza del campione vengono utilizzate per guidare l'inclusione analitica e le analisi di sensibilità.

Dati clinici collegati (alto livello):

I dati clinici sono armonizzati tra i siti per supportare l'integrazione clinicopatologica e molecolare, inclusa la storia di esposizione ai farmaci e variabili di laboratorio e diagnostiche rilevanti. Informazioni cliniche longitudinali vengono utilizzate per contestualizzare i risultati molecolari e istologici per la modellizzazione a valle.

Approccio analitico statistico e integrativo:

I metodi analitici includono espressione differenziale e analisi di pathway con appropriato controllo dei test multipli e aggiustamento delle covariate. La modellizzazione integrativa può combinare domini molecolari, istologici e clinici utilizzando approcci di riduzione dimensionale e regolarizzati per derivare firme molecolari associate allo stato di malattia e all'esposizione terapeutica.