Трансформативные исследования диабетической нефропатии 2.0 (TRIDENT 2)

TRIDENT 2.0 — это многоцентровое наблюдательное трансляционное исследование, которое характеризует молекулярные и гистопатологические особенности почек в связи с воздействием нефропротекторной терапии, с акцентом на ингибиторы натрий-глюкозного котранспортера-2 (SGLT2). Исследование использует архивный клинический патологический материал почек и унифицированные клинические данные для поддержки интегрированных молекулярно-гистологических анализов на всех участвующих площадках.

Источники тканей и рабочие процессы центрального репозитория:

Срезы/стекла ткани почек, фиксированные формалином и залитые в парафин (FFPE), создаются из архивного клинического патологического материала (включая клинически показанные биопсии почек и доступные донорские или нефрэктомические образцы) и передаются под закодированными идентификаторами в центральный репозиторий для последующих молекулярных анализов и цифровой патологии.

Пространственная транскриптомика и молекулярное профилирование:

Пространственно разрешенные транскриптомные методы используются для создания высокоразрешающих молекулярных карт с сохранением архитектуры ткани. Срезы FFPE (или свежезамороженные, если доступны) могут обрабатываться с использованием коммерчески доступных платформ пространственной транскриптомики (например, 10x Genomics Visium, NanoString CosMx, Xenium) или обновленных технологий, внедренных в рамках управления исследованием. Стандартные процедуры контроля качества оценивают целостность ткани, качество РНК, эффективность захвата и разрешение основных отделов почек и типов клеток. Секвенирование выполняется на платформах Illumina с соответствующей для платформы глубиной, затем следует предобработка с использованием специфичных для платформы конвейеров и последующий анализ в рабочих процессах R/Python (например, Seurat или эквивалент) с нормализацией и коррекцией батчей по мере необходимости. Запланированные анализы включают идентификацию сигнатур типов и подтипов клеток в пространственном контексте, картирование паттернов повреждения (например, фиброз/воспаление/сосудистый ремоделинг) и сравнительное молекулярное профилирование по категориям заболеваний и группам воздействия терапии с поправкой на соответствующие ковариаты.

Цифровая патология и централизованный гистопатологический обзор:

Оцифрованные клинические окраски и доступные диагностические изображения используются для централизованного обзора и стандартизированной оценки поражений почечными патологами. Применимо, диабетическая болезнь почек (DKD) классифицируется с использованием установленных критериев почечной патологии. Метрики адекватности образца используются для руководства включением в анализ и анализами чувствительности.

Связанные клинические данные (высокий уровень):

Клинические данные унифицируются между площадками для поддержки клинико-патологической и молекулярной интеграции, включая историю воздействия лекарств и соответствующие лабораторные и диагностические переменные. Лонгитюдная клиническая информация используется для контекстуализации молекулярных и гистологических находок при последующем моделировании.

Статистический и интегративный аналитический подход:

Аналитические методы включают анализ дифференциальной экспрессии и путей с соответствующим контролем множественного тестирования и поправкой на ковариаты. Интегративное моделирование может комбинировать молекулярные, гистологические и клинические области с использованием методов снижения размерности и регуляризованных подходов для получения молекулярных сигнатур, связанных с состоянием заболевания и воздействием терапии.