Effluents hospitaliers : un outil de surveillance sanitaire à l'ère de la multi-résistance (ROSEAU)

La résistance bactérienne aux antimicrobiens (RAM) constitue une menace majeure pour la santé publique et la surveillance est un élément clé dans la lutte contre la RAM. L'émergence et la propagation de bactéries multi- et hautement résistantes aux antibiotiques (BMR), notamment les entérobactéries productrices de bêta-lactamases à spectre étendu (E-BLSE) et/ou de carbapénèmases (EPC), sont particulièrement préoccupantes. En effet, ces dernières posent actuellement un défi thérapeutique majeur en raison de l'inefficacité de presque tous les antibiotiques de première intention et de la nécessité, en cas d'infection, de recourir à des molécules de seconde intention. Les E-BLSE et EPC sont des entérobactéries qui colonisent naturellement le microbiote intestinal des humains et des animaux, et dont l'abondance dans le microbiote augmente grâce aux traitements antibiotiques. Ces bactéries sont libérées dans les eaux usées via les excrétions fécales, contribuant à leur dissémination dans l'environnement. Il est désormais reconnu qu'il existe des transferts de résistance entre les compartiments humain et animal et l'environnement, à l'origine du concept « Une seule santé ».

Pour évaluer la colonisation humaine par les BMR, il est nécessaire de réaliser des dépistages individuels soit dans les selles des sujets, soit par écouvillonnage rectal. Ces prélèvements sont difficiles à collecter ou peuvent être perçus comme inconfortables par les sujets et soulèvent des questions éthiques. De plus, leur mise en œuvre est coûteuse et chronophage pour les équipes soignantes et les laboratoires, limitant leur réalisation à certaines unités hospitalières. La surveillance des BMR dans les eaux usées provenant de diverses sources, telles que les domiciles ou les hôpitaux, a donc été proposée comme marqueur intermédiaire (ou proxy) de la colonisation des patients, offrant une alternative simple à mettre en œuvre, éthiquement acceptable et peu coûteuse pour suivre ces souches dans un environnement donné. Cette méthode a été largement utilisée pendant la pandémie de COVID-19 et est à l'origine de réseaux nationaux comme le réseau Obépine. Cependant, les études actuelles sont principalement menées à l'échelle des villes ou d'hôpitaux entiers et peinent à établir des liens directs entre la colonisation humaine et la contamination environnementale. De plus, le transfert horizontal de gènes, la multiplication bactérienne locale et la présence de biofilms bactériens dans les canalisations peuvent modifier la composition environnementale des bactéries et des gènes de résistance, et potentiellement créer un biais dans l'estimation de la colonisation humaine. Néanmoins, la surveillance des eaux usées reste un outil intéressant pour suivre la propagation de la résistance bactérienne aux antibiotiques, aidant à identifier l'émergence de nouvelles résistances et même à évaluer l'efficacité des interventions des équipes d'hygiène hospitalière.

Le bâtiment SMIT dispose d'un réseau d'eaux usées indépendant, hérité de l'histoire de l'hôpital Claude-Bernard, spécialisé dans la prise en charge des maladies infectieuses. De plus, ce service accueille des patients chez qui la prévalence du portage de BMR est bien supérieure à la moyenne de la population générale française, renforçant ainsi l'intérêt épidémiologique de cette structure. Cette configuration unique offre un cadre idéal pour étudier l'émergence et la persistance de la résistance bactérienne, soutenue par la présence d'antibiotiques et de biocides, largement utilisés dans ce service. L'analyse des effluents de ce bâtiment (compartiment environnemental) permettrait non seulement de quantifier et de caractériser les bactéries et leurs gènes de résistance libérés dans les eaux usées, mais aussi d'établir un lien direct avec la colonisation des patients hospitalisés dans ce pavillon.

La population humaine étudiée (compartiment humain) sera composée de patients adultes hospitalisés dans le service des maladies infectieuses et tropicales (SMIT) de l'hôpital Bichat - Claude-Bernard au moment d'une campagne de prélèvement d'eaux usées du bâtiment.