Microbioma intestinale nella malattia infiammatoria intestinale

Questo studio prospettico di coorte mira a costruire una libreria del microbioma intestinale per i pazienti coreani con IBD e mira anche a esplorare le firme microbiche intestinali insieme a caratteristiche cliniche/genetiche distinte e la loro potenziale interazione utilizzando la piattaforma di analisi multi-omica del ricercatore.

Dopo aver firmato il consenso informato, saranno ottenuti periodicamente dai pazienti vari campioni biologici (fecali, mucose e campioni di sangue) nonché dati clinici completi (comprese le valutazioni psicometriche utilizzando il sondaggio del paziente).

Le indagini multi-omiche comprenderanno: metagenomica (sequenziamento dell'RNA 16s e sequenziamento dell'intero metagenomico), metabolomica, genomica umana (dati SNP dell'intero genoma, sequenziamento dell'intero esoma e del genoma), trascrittomica, proteomica, epigenetica e analisi multi-omica a singola cellula . Verranno condotti studi in vitro e in vivo utilizzando campioni fecali.

In breve, dopo aver estratto il DNA dai campioni di sangue, verrà eseguito il sequenziamento dell'intero genoma ei dati verranno confrontati con le varianze precedentemente riportate. Verranno misurate le nuove varianze o l'incidenza di specifiche varianze. Verrà raccolto il campione fecale e verrà analizzata la composizione del microbioma di ciascun soggetto dello studio. La diversità microbica fecale sarà misurata dai dati di sequenziamento dell'RNA ribosomiale 16S che è un'area altamente conservata di informazioni genetiche tra i microrganismi. Il campione di mucosa del colon verrà raccolto quando è pianificata la sorveglianza endoscopica di routine. Il campione verrà raccolto da mucose malate e normali per l'analisi. La diversità microbica sarà misurata dai dati di sequenziamento dell'RNA 16S dei campioni.

I dati multi-omici saranno analizzati con metadati clinici completi utilizzando una piattaforma di analisi bioinformatica integrata. I dati clinici includono dati demografici, caratteristiche della malattia e vari dati sugli esiti riportati dai pazienti (inclusi qualità della vita correlata alla salute, ansia, depressione e altri). I dati sugli esiti riportati dai pazienti verranno raccolti periodicamente utilizzando questionari convalidati.

I dati dell'analisi di base saranno riesplorati in termini di differenza interindividuale, differenza tra caratteristiche della malattia (come fenotipo della malattia, tipo di trattamento medico e marcatori sierologici), differenza tra caratteristiche psicosociali (come la presenza di ansia o depressione e qualità della vita) ed ecc. Inoltre, i dati dell'analisi di base saranno utilizzati come riferimento per il paziente coreano con IBD e saranno confrontati con altri dati ottenuti dalla popolazione coreana "diversa etnia" o "sana".

In conclusione, questo studio prospettico a lungo termine e su larga scala fornirà una piattaforma per lo studio di un campo della medicina traslazionale per rivelare le firme nascoste del microbioma intestinale alla base dell'IBD e per identificare potenziali marcatori biologici nell'IBD.