PITCHER (Eterogeneità della carcinomatosi peritoneale)

Il modo in cui la deregolazione epigenetica influisce sui modelli di espressione genica nei sottocloni dello stesso tumore è poco noto. La carcinomatosi peritoneale (PC) è una condizione in cui più metastasi dello stesso tumore addominale si sviluppano nella cavità peritoneale e negli organi intraperitoneali, definendo così diversi ecosistemi dello stesso tumore. PITCHER affronta le variazioni nell'espressione genica regolata epigeneticamente tra diversi sottocloni di PC in relazione alle meccanorisposte cellulari, fornendo approfondimenti su come i paesaggi epigenetici del cancro si evolvono sotto pressioni ambientali e sulle strategie utilizzate dalle cellule tumorali per adattarsi alla transizione da un ecosistema all'altro.

PITCHER è una rete di 10 team di Lione, Grenoble e Marsiglia, basata su dati e raccolta di campioni di pazienti che hanno subito un intervento chirurgico per una carcinosi peritoneale di origine ovarica o colorettale. Lesioni PC ed eventuali campioni di tumori primari abbinati saranno raccolti negli stessi pazienti al momento dell'intervento o eventualmente recuperati da campioni già esistenti. I paesaggi epigenetici saranno analizzati da una pipeline bioinformatica che combina il sequenziamento dell'esoma, il trascrittoma e il metiloma per identificare "punti caldi epigenetici" e saranno valutate le loro variazioni tra le lesioni. Queste analisi saranno realizzate su campioni freschi (quando disponibili) o preesistenti. Quando possibile, colture di organoidi e modelli animali saranno derivati ​​da strutture multicellulari nei fluidi peritoneali e le risposte meccanoscheletriche di membrana, citoscheletriche e nucleoscheletriche saranno caratterizzate mediante microscopia a forza atomica. Sarà affrontato il ruolo dell'assonogenesi tumorale, un processo di neoformazione delle fibre degli assoni nei tumori. Verranno eseguiti studi sperimentali sulle risposte cellulari alla terapia per derivare modelli predittivi matematici. Tutti i componenti saranno integrati in una mappa della biologia dei sistemi del PC.