チリ胃がんタスクフォース (FORCE 1) (FORCE-1)

参加団体: チリ胃がんタスク フォース (GCTF) は、2 つの主要なアイデンティティ間の共同の取り組みです。 1- 経済開発のための政府機関 (Corporacion de Fomento de la Produccion, CORFO) および Pfizer Chile および 2- Pontificia Universidad Católica de Chile に拠点を置く The Center for Investigation in Oncology (CITO)。 両方のエンティティは、公教育を強化し、腫瘍治療と癌予防の臨床転帰を改善するための戦略を実施することを目的とした非営利の研究組織です。

主な目的: チリの GC 患者を予後サブグループに層別化し、200 人の GAC 患者のコホートにおける臨床的、タンパク質、エピジェネティック、および遺伝子の変化に従って治療反応を関連付けること。

副次的な目的

• チリの GC 患者における変異プロファイルを決定する。
• 現在利用可能な薬にできるターゲット (実用的な遺伝子) から利益を得ることができるチリの GC 患者の割合を評価すること。
• EBV の存在を臨床パラメーターに関連付けるため。
• 分子層別化および現在の標的治療に関連するタンパク質の発現レベルを評価するため (例: PD-L1および抗血管新生薬）
• チリの GC 患者における DPYD および TYMS 遺伝子の SNP のプロファイルと、それらの有害事象との相関関係を決定すること。

研究デザイン

倫理的承認 GCTF は、予後と治療反応に基づいて GAC 患者を層別化することを目的とした、介入を伴わない共同の前向き非同時研究です。 この研究は、優れた臨床慣行とヘルシンキ宣言に従って、人間を対象とした生物医学研究の倫理的行為を管理する国際機関によって確立されたすべての法的要件、規制、および一般原則を厳守します。 GCTF 研究プロトコルは、大学病院の倫理委員会によって承認されています (Pontificia Universidad Catolica de Chile、CEC MED UC 承認番号 16-046、2016 年 4 月 21 日付の決議)。

患者の募集と特徴 診断された GC 患者は、チリのサンティアゴにある Red UC Christus ネットワークから募集されます。 患者の募集とインフォームド コンセント フォームへの署名、患者の医療記録の維持と監視、生物学的材料とサンプル抽出は、CITO によって管理されます。

患者と治療歴から、手術と化学療法に加えて、患者の約 10% がトラスツズマブ (ERBB2 標的療法、ハーセプチンとも呼ばれる) を受け、別の 10% がペムブロリズマブとイピリムマブ (チェックポイント阻害剤) を含む免疫療法を受けたことが明らかになりました。 最終的に、約 5% の患者が抗血管新生療法 (ラムシルマブによる VEGFR2 標的療法からなる) を受けました。 さらに、組織学的分析により、患者の約 50% が腸型、30% がびまん性、20% が混合型または未確定型に分類されたことが示されました。

包含基準

• 18歳以上の成人男性または女性
• -胃がんと診断されている（組織学的または細胞学的）
• -レッドUCクリスタスネットワークのヘルスセンターに少なくとも3か月参加し、臨床フォローアップを行う
• スペイン語を読み、話すことができる
• -登録時に日付と署名が必要な研究への書面によるインフォームドコンセントを喜んで提供できる。

除外基準

忍耐：

• 分析に不十分な小さな生検サンプル。
• カルテが収集できない、または利用できない。
• 署名されたインフォームドコンセントなし。

臨床データ 患者からの臨床データは、医療提供者によって取得され、オンラインの電子プラットフォームに入力されます。 サンプルはコード化され、患者の身元は主治医のみに知られます。 臨床変数は、一般的な患者情報、がんの病歴、検査研究、併存疾患 (チャールソン) 指数、化学療法、有効性とフォローアップ、および毒性のセクションに分かれています。 患者の化学療法は、レジメン、サイクル数と治療時間、および最初の6か月間の化学療法の用量強度によって分類されます。 患者に処方された第一選択の化学療法を表す化学療法レジメン。 最初の6か月間の完全な化学療法の用量強度は、患者のインタビューを通じて取得され、オンラインプラットフォームに直接入力されます. 最後に、患者から得られた有効性と追跡調査および毒性データ。

主な臨床転帰 主な転帰は、得られた臨床データから推測されます。これらには、全生存率、無増悪生存率、および無再発生存率が含まれます。

生物学的サンプル & オンコミン包括的アッセイ Red UC Christus で得られた生物学的材料は、標準化されたプロトコルに従ってサンティアゴ デ チリの CEMP に輸送されます。 アーカイブされたホルマリン固定パラフィン包埋 (FFPE) サンプルから合計 200 の患者腫瘍サンプルが得られます。 RecoverAllキット（Thermo Fisher Cat #AM1975）を使用して核酸を抽出し、市販のOncomine Comprehensive Assayキットを使用して分析します。 このアッセイでは、サンプルから DNA と RNA を同時に分析し、73 の遺伝子ホットスポット (DNA に基づく)、49 のフォーカル コピー数のバリエーション (CNV、DNA に基づく)、26 の完全なコーディング シーケンス (突然変異と CNV 損失)、および 22 の遺伝子融合の評価を可能にします。ドライバー (RNA)。 特に、これらの遺伝子のうち 72 個が創薬標的です。 得られたゲノム生データ (.vcf および .pdf ファイル) は、その後のゲノム解析のためにローカル データ センターに保存およびバックアップされます。 この研究の結果が発表されると、個々の腫瘍の臨床分類とともに Oncomine の結果が公開されます。

ティッシュ マイクロ アレイ (TMA) 分析 以下の遺伝子は、PD-L1 (Dako、カタログ番号 SK00521)、PD-L2 (サーモ カタログ番号 B7-DC/CD273)、リン酸化 mTOR ( Abcam Cat#AB118815)、p53 (Cat # 5278074001)、VEGFR2 (Abcam Cat #AB39256)、Phosphorylated Akt (Thermo Cat #473)、HER2 (Roche、Cat # 05278368001)、p16 (Roche、Cat # 06695221001)、Met ( Abcam Cat #AB51067)、HA-4 (Abcam Cat #AB24480)、および 4 つのマイクロサテライト マーカー (すべて Roche 製): MLH1 (Cat # 06472966001)、MSH2 (Cat # 05269270001)、MSH6 (Cat # 5929911001)、PMS2 (Cat # # 06419216001)。 手動 TMA は、前述のように準備されます。 簡単に言えば、パラフィン ブロックを取得し、切断し、ヘマトキシリン & エオシン (H & E) で染色して、最適な組織学的領域を選択します。 その後、選択された組織領域は、対応するブロックで識別された領域を囲むことによって TMA に配置されます。 1 mm スタイレットを使用して各パラフィン ブロックから円筒状コア生検を抽出し、新しいレシピエント ブロックに配置します。 選択された適切なケースには、コア領域の少なくとも 10% を占める腫瘍がありました。 各ケースは、切断中の組織の損失を防ぐために 3 通で処理されます。 各組織アレイ ブロックからの切片は、H&E および免疫組織化学的手順のために切断、脱パラフィン、および脱水されます。

遺伝子のメチル化 GCに関連するメチル化によるプロモーター調節を以前に示した6つの選択された遺伝子のプロモーター遺伝子のメチル化が評価されます。 メチル化分析には、reprimo 遺伝子および GC の進行に関連する他の mRNA が含まれます。 分析は、EZ DNAメチル化ゴールドキット（Zymo Research）をわずかに変更して使用して、前述のようにバイサルファイトシーケンシングによって実行されます。 簡単に言えば、バイサルファイト処理した DNA を特定の PCR プライマーを使用して増幅し、その後 PCR 産物をクローニングして配列決定します。

EBV 同定 患者サンプルの EBV サブタイプは、わずかな変更を加えた発色 in situ ハイブリダイゼーション (CISH) 法を使用して評価されます。

一塩基多型 (SNP) 分析 かなりの割合の GC 患者が、骨髄抑制、神経障害、低白血球数、発熱、感染症、吐き気、嘔吐、重度の下痢、口および消化管などの 5-FU 治療による深刻な毒性を発症する可能性があります。これらはすべて、他のコホートの患者履歴に記録されています。 SNP と呼ばれる DNA の微妙な個人的および集団的変化は、5-FU 毒性のリスクの増加を説明できます。 5-FU の代謝は主に肝臓で行われ、酵素 DPYD が薬物の 80% 以上を代謝し、不活性な代謝物 5,6 ジヒドロキシ-5-FU を生成します。 DPYP 活性の低下が重度の毒性と関連していることは広く報告されています。 5-FU の非代謝画分 (20%) は、一連の酵素 (TP、TK など) によって変換され、TYMS 阻害を引き起こす活性代謝物を生成し、それによって DNA/RNA 損傷を促進します。 TYMS および MTHFR 遺伝子の変異 (葉酸合成の減少、5-FU 効果の増加に関連) は、5-FU による治療による毒性と関連しています。 遺伝的バリアントを選択するために使用されたアプローチは、データベース、PharmGKB での検索で構成されていました。 合計 6 つの非同義 SNP が分析されます。そのうちの 4 つは DPYD 遺伝子を含み、1 つは TYMS 用、もう 1 つは MTHFR 用です。 分析は、TaqMan™ SNP Genotyping Assay 技術 (Applied Biosystems™) を使用して実行されます。 SNP は、パラフィン包埋患者サンプルから分離された DNA で評価されます。

サンプルサイズと統計分析

プロジェクトの目標が完全に達成されるように、最小サンプル数が計算されます。 GC 症例の約 90% が実際に GAC であることを考慮すると、5% のエラー率と 95% の信頼区間で、研究者は最初に 200 人の患者のサンプルサイズを予測しました。 ただし、研究者は、15% のサンプル損失率 (欠陥のあるサンプルまたは患者の脱落) も考慮しており、合計 230 人の患者が募集されました。

標準的な記述統計を利用して、相対および絶対度数、度数表、平均、中央値、標準偏差、範囲、および四分位数などの質的および量的変数を分析します。 95% の信頼度が分析に適していると見なされます。 記述統計は、測定された最も関連性の高い臨床パラメーターを特徴付けるためにも使用されます。 分類された変数の関連付けは、カイ 2 乗またはフィッシャーの正確確率検定によって実行されます。 片腕分散分析では、グループ間で連続変数を比較します。 生存転帰研究は、カプラン・マイヤー法を使用して達成されます。 予後因子は、コックス比例ハザード回帰モデルに従って評価されます。

遺伝子バリアントの主成分分析（PCA）が実施され、最初の主成分とゲノム変化シグネチャの事前定義された小さなセットとの関連が評価されます。 分子サブグループを定義するために、研究者は教師なしクラスタリングを利用します。 分子サブタイプと臨床データとの相関 (例: 年齢、性別、ローレン クラス) および臨床転帰 (例: 全生存率、奏効率）が評価されます。 さらに、臨床結果に基づいて教師付き分類が実行され、両方のアプローチの結果のグループが、他の報告された分子サブタイプと比較されます。

患者保護/書面によるインフォームド コンセント フォーム

すべての当事者は、患者の個人記録の保護を保証します。 患者の名前は、法律で義務付けられている文書を除いて、シートレポート、出版物、または研究から派生したあらゆる種類の出版可能な文書にいかなる形式でも含まれていません. インフォームド コンセント フォームは、法律および地域の規制に厳密に従って作成されます。 研究全体で行われたすべての変更を含む書面によるインフォームド コンセント フォームは、研究に組み込まれる前に、内部審査委員会/独立倫理委員会および CEMP によって前向きに承認されなければなりません。

研究者、代表者、または医療提供者は、研究の特定の活動が行われる前に、すべての患者または法定代理人から書面によるインフォームド コンセント フォームを取得します。