칠레 위암 태스크포스(FORCE 1) (FORCE-1)

참여 기관: GCTF(칠레 위암 태스크포스)는 두 가지 주요 정체성 간의 공동 노력입니다. 1- 경제 개발을 위한 정부 기관(Corporacion de Fomento de la Produccion, CORFO) 및 Pfizer Chile 및 2- Pontificia Universidad Católica de Chile에 기반을 둔 종양학 조사 센터 UC(CITO). 두 단체는 공교육을 강화하고 종양 치료 및 암 예방의 임상 결과를 개선하기 위한 전략을 구현하는 것을 목표로 하는 비영리 연구 기관입니다.

1차 목표: 칠레 GC 환자를 예후 하위 그룹으로 계층화하고 200명의 GAC 환자 코호트에서 임상, 단백질, 후생유전학적 및 유전적 변이에 따른 치료 반응의 상관관계를 확인합니다.

보조 목표

• 칠레 GC 환자의 돌연변이 프로파일을 결정합니다.
• 현재 이용 가능한 약물화 가능한 표적(실행 가능한 유전자)으로부터 이익을 얻을 수 있는 칠레 GC 환자의 비율을 평가합니다.
• EBV 존재를 임상 매개변수와 연관시키기 위해.
• 분자 층화 및 현재 표적 치료법(예: PD-L1 및 항혈관형성제)
• 칠레 GC 환자의 DPYD 및 TYMS 유전자에서 SNP의 프로필과 부작용과의 상관 관계를 결정합니다.

연구 설계

윤리적 승인 GCTF는 예후 및 치료 반응에 따라 GAC 환자를 계층화하려는 비간섭, 협력, 전향적 비동시 연구입니다. 이 연구는 우수한 임상 관행 및 헬싱키 선언에 따라 인간 피험자에 대한 생의학 연구의 윤리적 행위를 규율하는 국제 기관에서 제정한 모든 법적 요구 사항, 규정 및 일반 원칙을 엄격히 준수합니다. GCTF 연구 프로토콜은 대학 병원 윤리 위원회(Pontificia Universidad Catolica de Chile, CEC MED UC 승인 번호 16-046, 2016년 4월 21일자 결의안)의 승인을 받았습니다.

환자 모집 및 특성 진단된 GC 환자는 칠레 산티아고의 Red UC Christus 네트워크에서 모집됩니다. 환자 모집 및 정보에 입각한 동의서 서명, 환자 의료 기록 유지 및 모니터링, 생물학적 물질 및 샘플 추출은 CITO에서 관리합니다.

환자 및 치료 이력에 따르면 수술 및 화학 요법 외에 환자의 약 10%가 트라스투주맙(ERBB2 표적 요법, 허셉틴이라고도 함)을 받았고, 또 다른 10%는 펨브롤리주맙 및 이필리무맙(관문 억제제)을 포함한 면역 요법을 받았습니다. 마지막으로 약 5%의 환자가 항혈관신생 요법(라무시루맙을 사용한 VEGFR2 표적 요법으로 구성됨)을 받았습니다. 또한 조직학적 분석에서 환자의 약 50%가 장형으로 분류되었고 30%는 미만형으로 분류되었으며 20%는 혼합형 또는 미확정형으로 분류되었습니다.

포함 기준

• 성인 남성 또는 여성, >18세
• 위암 진단(조직학적 또는 세포학적)
• 임상 후속 조치와 함께 최소 3개월 동안 Red UC Christus 네트워크의 건강 센터에 참석
• 스페인어를 읽고 말할 수 있는 자
• 등록 시점에 날짜를 기입하고 서명해야 하는 연구에 대한 서면 동의서를 제공할 의향과 능력이 있어야 합니다.

제외 기준

환자:

• 작은 생검 샘플은 분석하기에 불충분합니다.
• 의료 기록을 수집할 수 없거나 사용할 수 없는 사람.
• 서명된 정보에 입각한 동의 없이.

임상 데이터 환자의 임상 데이터는 의료 제공자가 입수하여 온라인 전자 플랫폼에 입력합니다. 샘플은 코드화되며 주치의에게만 환자 신원이 알려집니다. 임상 변수는 일반 환자 정보, 암 이력, 실험실 연구, 동반이환(찰슨) 지수, 화학 요법, 효능 및 후속 조치 및 독성 섹션으로 나뉩니다. 환자 화학 요법은 처음 6개월 동안 요법, 주기 수 및 치료 시간 및 화학 요법 용량-강도로 분류됩니다. 환자에게 처방된 1차 화학요법을 나타내는 화학요법 요법. 처음 6개월 동안의 전체 화학 요법 용량 강도는 환자 인터뷰를 통해 얻어지고 온라인 플랫폼에 직접 입력됩니다. 마지막으로, 환자로부터 얻은 효능 및 후속 조치 및 독성 데이터.

주요 임상 결과 주요 결과는 얻은 임상 데이터에서 추론되며, 여기에는 전체 생존율, 무진행 및 무재발 생존율이 포함됩니다.

생물학적 시료 및 Oncomine 종합 분석 Red UC Christus에서 얻은 생물학적 물질은 표준화된 프로토콜에 따라 산티아고 데 칠레의 CEMP로 운송됩니다. 보관된 FFPE(Formalin Fixed Paraffin Embedded) 샘플에서 총 200개의 환자 종양 샘플을 얻을 것입니다. 핵산은 RecoverAll 키트(Thermo Fisher Cat #AM1975)를 사용하여 추출하고 시판되는 Oncomine Comprehensive Assay 키트를 사용하여 분석합니다. 이 분석은 샘플에서 DNA와 RNA를 동시에 분석하여 73개의 유전자 핫스팟(DNA 기반), 49개의 초점 복제 수 변이(CNV, DNA 기반), 26개의 전체 코딩 시퀀스(돌연변이 및 CNV 손실) 및 22개의 유전자 융합을 평가할 수 있습니다. 드라이버(RNA). 특히, 이들 유전자 중 72개가 약물 표적이다. 얻은 게놈 원시 데이터(.vcf 및 .pdf 파일)은 후속 게놈 분석을 위해 로컬 데이터 센터에 저장 및 백업됩니다. 이 연구 결과가 발표되면 개별 종양의 임상 분류와 함께 Oncomine 결과가 공개될 것입니다.

Tissue Micro Array(TMA) 분석 PD-L1(Dako, Cat # SK00521), PD-L2(Thermo Cat# B7-DC/CD273), 인산화 mTOR( Abcam Cat#AB118815), p53(Cat # 5278074001), VEGFR2(Abcam Cat #AB39256), 인산화 Akt(Thermo Cat #473), HER2(Roche, Cat # 05278368001), p16(Roche, Cat # 06695221001), Met( Abcam Cat #AB51067), HA-4(Abcam Cat #AB24480) 및 4개의 미세위성 마커(모두 Roche 제품): MLH1(Cat # 06472966001), MSH2(Cat # 05269270001), MSH6(Cat # 5929911001), PMS2(Cat # 06419216001). 수동 TMA는 앞에서 설명한 대로 준비됩니다. 간단히 말해서, 최고의 조직학적 영역을 선택하기 위해 파라핀 블록을 얻고 Hematoxylin & Eosin(H&E)으로 절단하고 염색합니다. 이후에 선택된 조직 영역은 해당 블록에서 식별된 영역을 원으로 표시하여 TMA에 배치됩니다. 원통형 코어 생검은 1mm 탐침을 사용하여 각 파라핀 블록에서 추출되어 새로운 수용자 블록에 배치됩니다. 선택된 적절한 경우에는 핵심 영역의 10% 이상을 차지하는 종양이 있었습니다. 각 케이스는 절단 중 조직 손실을 방지하기 위해 3중으로 처리됩니다. H&E 및 면역조직화학 절차를 위해 각 조직 어레이 블록의 절편을 절단하고 파라핀을 제거하고 탈수합니다.

유전자 메틸화 GC와 관련된 메틸화에 의해 이전에 프로모터 조절을 나타낸 6개의 선택된 유전자에 대한 프로모터 유전자 메틸화가 평가될 것이다. 메틸화 분석에는 GC 진행과 관련된 reprimo 유전자 및 기타 mRNA가 포함됩니다. EZ DNA 메틸화 골드 키트(Zymo Research)를 약간 수정하여 이전에 설명한 대로 바이설파이트 시퀀싱으로 분석을 수행합니다. 간단히 말해서, 바이설파이트 처리된 DNA는 특정 PCR 프라이머를 사용하여 증폭되며 PCR 산물은 이후에 복제되고 시퀀싱됩니다.

EBV 식별 환자 샘플의 EBV 아형은 약간 수정된 CISH(chromogenic in situ hybridization) 방법을 사용하여 평가됩니다.

SNP(Single Nucleotide Polymorphism) 분석 상당한 비율의 GC 환자가 5-FU 치료로 인해 골수 억제, 신경병증, 낮은 백혈구 수, 발열, 감염, 메스꺼움, 구토, 심한 설사, 구강 및 소화관을 포함한 심각한 독성이 발생할 수 있습니다. 모두 다른 코호트의 환자 병력에 기록됩니다. SNP라고 하는 DNA의 미묘한 개인 및 인구 변화는 5-FU 독성의 위험 증가를 설명할 수 있습니다. 5-FU 대사는 주로 간에서 일어나는데 효소 DPYD는 약물의 >80%를 대사하여 비활성 대사체인 5,6 dihydroxy-5-FU를 생성합니다. 감소된 DPYP 활동이 심각한 독성과 관련이 있다는 것은 널리 문서화되어 있습니다. 5-FU의 대사되지 않은 부분(20%)은 일련의 효소(예: TP, TK)에 의해 변형되어 TYMS 억제를 유발하는 활성 대사 산물을 생성하여 DNA/RNA 손상을 촉진합니다. TYMS 및 MTHFR 유전자의 변이(엽산 합성 감소, 5-FU 효과 증가와 관련됨)는 5-FU 치료에 의한 독성과 관련이 있습니다. 유전자 변이를 선택하는 데 사용된 접근 방식은 PharmGKB 데이터베이스에서 검색하는 것으로 구성되었습니다. 총 6개의 비동의 SNP가 분석될 것입니다. 그 중 4개는 DPYD 유전자, TYMS용 1개, MTHFR용 1개로 구성됩니다. 분석은 TaqMan™ SNP 유전형 분석 기술(Applied Biosystems™)을 사용하여 수행됩니다. SNP는 파라핀 내장 환자 샘플에서 분리된 DNA에서 평가됩니다.

샘플 크기 및 통계 분석

프로젝트의 목표를 완전히 달성하기 위해 최소 샘플 수를 계산합니다. GC 사례의 약 90%가 실제로 GAC라는 점을 고려하여 5% 오류율과 95% 신뢰 구간에서 연구자는 원래 200명의 환자 표본 크기를 예상했습니다. 그러나 조사관은 15%의 샘플 손실률(결함 있는 샘플 또는 환자 탈락)도 고려하여 총 230명의 환자를 모집했습니다.

상대 및 절대 빈도, 빈도 표, 평균, 중앙값, 표준 편차, 범위 및 사분위수와 같은 질적 및 양적 변수를 분석하기 위해 표준 기술 통계가 활용됩니다. 95% 신뢰도는 분석에 적합한 것으로 간주됩니다. 기술 통계는 또한 측정된 가장 관련된 임상 매개변수를 특성화하는 데 사용될 것입니다. 분류된 변수의 연관은 카이제곱 또는 피셔의 정확 검정에 의해 수행됩니다. One arm Analysis of Variance는 그룹 간의 연속 변수를 비교합니다. 생존 결과 연구는 Kaplan-Meier 방법을 사용하여 수행됩니다. 예후 인자는 Cox 비례 위험 회귀 모델에 따라 평가됩니다.

유전자 변이체의 주성분 분석(PCA)이 수행되고, 미리 정의된 작은 게놈 변경 서명 세트와 첫 번째 주성분의 연관성이 평가될 것입니다. 분자 하위 그룹을 정의하기 위해 연구자는 감독되지 않은 클러스터링을 활용합니다. 분자 아형과 임상 데이터의 상관관계(예: 연령, 성별, Lauren 클래스) 및 임상 결과(예: 전체 생존율, 반응률)을 평가합니다. 또한, 감독 분류는 임상 결과를 기반으로 수행되며 두 접근 방식의 결과 그룹은 보고된 다른 분자 하위 유형과 비교됩니다.

환자 보호/서면 동의서 양식

모든 당사자는 환자의 개인 기록 보호를 보장합니다. 법에서 요구하는 문서를 제외하고 환자 이름은 시트 보고서, 출판물 또는 연구에서 파생된 출판 가능한 모든 유형의 문서에 어떤 형태로든 포함되지 않습니다. 정보에 입각한 동의서 양식은 법률 및 현지 규정에 따라 엄격하게 작성됩니다. 연구 전반에 걸쳐 이루어진 모든 변경 사항을 포함하는 사전 서면 동의서는 연구에 통합되기 전에 내부 검토 위원회/독립 윤리 위원회 및 CEMP의 전향적 승인을 받아야 합니다.

조사자, 대리인 또는 의료 제공자는 연구의 특정 활동을 수행하기 전에 모든 환자 또는 법적 대리인으로부터 서면 동의서를 받습니다.