Groupe de travail chilien sur le cancer gastrique (FORCE 1) (FORCE-1)

Entités participantes : Le groupe de travail chilien sur le cancer gastrique (GCTF) est un effort collectif entre deux identités principales : 1- Le Centre d'excellence de médecine de précision (CEMP), qui a été créé grâce à un financement conjoint par l'agence gouvernementale pour le développement économique (Corporacion de Fomento de la Produccion, CORFO) et Pfizer Chile et 2- Le Centre UC d'investigation en oncologie (CITO) basé à la Pontificia Universidad Católica de Chile. Les deux entités sont des organismes de recherche à but non lucratif visant à améliorer l'éducation du public et à mettre en œuvre des stratégies pour améliorer les résultats cliniques dans le traitement de l'oncologie et la prévention du cancer.

Objectif principal : Stratifier les patients chiliens atteints de GC en sous-groupes pronostiques et corréler la réponse thérapeutique en fonction des altérations cliniques, protéiques, épigénétiques et génétiques dans une cohorte de 200 patients atteints de GAC.

Objectifs secondaires

• Déterminer le profil de mutation chez les patients chiliens GC.
• Évaluer le pourcentage de patients chiliens atteints de GC qui pourraient bénéficier des cibles pharmacologiques actuellement disponibles (gènes actionnables).
• Corréler la présence d'EBV aux paramètres cliniques.
• Évaluer les niveaux d'expression des protéines associées aux stratifications moléculaires et aux thérapies actuellement ciblées (ex. PD-L1 et antiangiogéniques)
• Déterminer le profil des SNP dans les gènes DPYD et TYMS chez les patients chiliens GC et leur corrélation avec les événements indésirables.

Étudier le design

Approbation éthique Le GCTF est une étude non interventionnelle, collaborative, prospective non concurrente qui vise à stratifier les patients atteints de GAC en fonction de leur pronostic et de leur réponse thérapeutique. L'étude respectera strictement toutes les exigences légales, réglementations et principes généraux établis par les agences internationales régissant la conduite éthique de la recherche biomédicale sur des sujets humains, conformément aux bonnes pratiques cliniques et à la déclaration d'Helsinki. Le protocole d'étude GCTF a été approuvé par le comité d'éthique de l'hôpital universitaire (Pontificia Universidad Catolica de Chile, numéro d'approbation CEC MED UC 16-046, résolution du 21 avril 2016).

Recrutement et caractéristiques des patients Les patients GC diagnostiqués seront recrutés dans le réseau Red UC Christus à Santiago, au Chili. Le recrutement des patients et la signature des formulaires de consentement éclairé, la tenue et le suivi des dossiers médicaux des patients, le matériel biologique et les prélèvements d'échantillons seront gérés par le CITO.

Les antécédents des patients et des traitements révèlent qu'en plus de la chirurgie et de la chimiothérapie, environ 10 % des patients ont reçu du trastuzumab (thérapie ciblée par ERBB2, également appelée Herceptin), 10 % supplémentaires ont reçu une immunothérapie comprenant du pembrolizumab et de l'ipilimumab (inhibiteurs de points de contrôle). Enfin, environ 5 % des patients ont reçu un traitement anti-angiogénique (constitué d'un traitement ciblé VEGFR2 avec Ramucirumab). De plus, l'analyse histologique a montré qu'environ 50 % des patients étaient classés comme type intestinal, 30 % comme diffus et 20 % étaient soit mixtes, soit indéterminés.

Critère d'intégration

• Homme ou femme adulte, âgé de plus de 18 ans
• Diagnostiqué avec un cancer gastrique (histologique ou cytologique)
• Fréquenter les centres de santé du réseau Red UC Christus pendant au moins 3 mois avec suivi clinique
• Capable de lire et de parler espagnol
• Volonté et capable de fournir un consentement éclairé écrit à l'étude qui doit être daté et signé au moment de l'inscription.

Critère d'exclusion

Les patients:

• Avec de petits échantillons de biopsie insuffisants pour l'analyse.
• Dont les dossiers médicaux ne peuvent pas être collectés ou ne sont pas disponibles.
• Sans consentement éclairé signé.

Données cliniques Les données cliniques des patients seront obtenues par les prestataires de soins de santé et saisies sur une plateforme électronique en ligne. Les échantillons seront codés et l'identité du patient connue uniquement du médecin traitant. Les variables cliniques sont divisées en sections : informations générales sur le patient, antécédents de cancer, études de laboratoire, indice de comorbidité (Charlson), chimiothérapie, efficacité et suivi et toxicité. La chimiothérapie du patient sera classée selon : le régime, le nombre de cycles et la durée du traitement et l'intensité de la dose de chimiothérapie au cours des 6 premiers mois. Schémas de chimiothérapie représentant la chimiothérapie de première intention prescrite aux patients. L'intensité complète de la dose de chimiothérapie au cours des 6 premiers mois sera obtenue par le biais d'entretiens avec les patients et saisie directement sur la plateforme en ligne. Enfin, les données d'efficacité et de suivi et de toxicité obtenues auprès des patients.

Principaux résultats cliniques Les principaux résultats seront déduits des données cliniques obtenues, notamment les taux de survie globale, sans progression et sans récidive.

Échantillons biologiques et essai complet d'Oncomine Les matériaux biologiques obtenus au Red UC Christus seront transportés au CEMP à Santiago du Chili selon des protocoles normalisés. Un total de 200 échantillons de tumeurs de patients seront obtenus à partir d'échantillons archivés de formol fixé en paraffine (FFPE). Les acides nucléiques seront extraits à l'aide du kit RecoverAll (Thermo Fisher Cat #AM1975) et analysés à l'aide du kit Oncomine Comprehensive Assay disponible dans le commerce. Ce test analyse simultanément l'ADN et l'ARN d'échantillons permettant l'évaluation de 73 points chauds de gènes (basés sur l'ADN), 49 variations du nombre de copies focales (CNV, basées sur l'ADN), 26 séquences codantes complètes (pour les mutations et la perte de CNV) et 22 fusions de gènes conducteurs (ARN). Notamment, 72 de ces gènes sont des cibles médicamenteuses. Données brutes génomiques obtenues (.vcf et .pdf fichiers) seront stockés et sauvegardés dans un centre de données local pour une analyse génomique ultérieure. Dès la publication des résultats de cette étude, les résultats d'Oncomine ainsi que la classification clinique des tumeurs individuelles seront rendus publics.

Tissue Micro Array (TMA) Analysis Les gènes suivants seront analysés plus en détail par une TMA en utilisant des anticorps spécifiques contre : PD-L1 (Dako, Cat # SK00521), PD-L2 (Thermo Cat # B7-DC/CD273), mTOR phosphorylé ( Abcam Cat # AB118815), p53 (Cat # 5278074001), VEGFR2 (Abcam Cat # AB39256), Phosphorylated Akt (Thermo Cat # 473), HER2 (Roche, Cat # 05278368001), p16 (Roche, Cat # 06695221001), Met ( Abcam Cat # AB51067), HA-4 (Abcam Cat # AB24480) et quatre marqueurs microsatellites (tous de Roche) : MLH1 (Cat # 06472966001), MSH2 (Cat # 05269270001), MSH6 (Cat # 5929911001), PMS2 (Cat # 06419216001). La TMA manuelle sera préparée comme décrit précédemment. En bref, des blocs de paraffine seront obtenus et coupés et colorés par Hématoxyline & Eosine (H&E) afin de sélectionner la meilleure zone histologique. La zone de tissu sélectionnée par la suite sera placée dans la TMA en encerclant la zone identifiée dans le bloc correspondant. Des biopsies au trocart cylindrique seront extraites de chaque bloc de paraffine à l'aide d'un stylet de 1 mm et placées dans un nouveau bloc receveur. Les cas adéquats sélectionnés avaient des tumeurs qui occupaient au moins 10 % de la zone centrale. Chaque cas sera traité en triple exemplaire pour éviter la perte de tissu lors de la coupe. Des sections de chaque bloc de matrice de tissus seront coupées, déparaffinées et déshydratées pour les procédures H&E et immunohistochimiques.

Méthylation des gènes La méthylation des gènes promoteurs sur six gènes sélectionnés qui ont déjà montré une régulation du promoteur par méthylation associée à GC sera évaluée. L'analyse de la méthylation inclura le gène reprimo et d'autres ARNm associés à la progression du GC. L'analyse sera effectuée par séquençage au bisulfite comme décrit précédemment en utilisant le kit EZ DNA methylation Gold (Zymo Research) avec des modifications mineures. En bref, l'ADN traité au bisulfite est amplifié en utilisant des amorces de PCR spécifiques, les produits de PCR étant ensuite clonés et séquencés.

Identification de l'EBV Les sous-types d'EBV dans les échantillons de patients seront évalués à l'aide de la méthode d'hybridation chromogénique in situ (CISH) avec des modifications mineures.

Analyse du polymorphisme nucléotidique unique (SNP) Une proportion significative de patients atteints de GC peut développer une toxicité grave suite au traitement par le 5-FU, notamment une suppression de la moelle osseuse, une neuropathie, un faible nombre de globules blancs, de la fièvre, des infections, des nausées, des vomissements, une diarrhée sévère, des troubles de la bouche et du tube digestif. inflammation, qui sont tous enregistrés dans l'histoire du patient d'autres cohortes. De subtils changements personnels et de population dans l'ADN, appelés SNP, peuvent expliquer l'augmentation du risque de toxicité du 5-FU ; Le métabolisme du 5-FU est principalement hépatique, où l'enzyme DPYD est responsable du métabolisme > 80 % du médicament, produisant le métabolite inactif 5,6 dihydroxy-5-FU. Il est largement documenté qu'une diminution de l'activité du DPYP est associée à une toxicité sévère. La fraction non métabolisée du 5-FU (20%) est transformée par une série d'enzymes (par exemple TP, TK), produisant les métabolites actifs qui provoqueront l'inhibition de TYMS, favorisant ainsi les dommages à l'ADN/ARN. Des variations des gènes TYMS et MTHFR (liées à une réduction de la synthèse des folates, à une augmentation de l'effet 5-FU) ont été associées à une toxicité par traitement au 5-FU. L'approche qui a été utilisée pour sélectionner les variants génétiques consistait en une recherche dans la base de données, PharmGKB. Au total, six SNP non synonymes seront analysés : quatre d'entre eux comprennent le gène DPYD, un pour TYMS et un pour MTHFR. L'analyse sera effectuée à l'aide de la technologie TaqMan™ SNP Genotyping Assay (Applied Biosystems™). Les SNP seront évalués dans l'ADN isolé à partir d'échantillons de patients inclus en paraffine.

Taille de l'échantillon et analyse statistique

Le nombre minimum d'échantillons sera calculé afin de s'assurer que les objectifs du projet sont pleinement atteints. Considérant qu'environ 90 % des cas de GC sont effectivement des CAG, à un taux d'erreur de 5 % et à un intervalle de confiance de 95 %, les enquêteurs avaient initialement prévu un échantillon de 200 patients. Cependant, les investigateurs ont également considéré un taux de perte d'échantillons de 15 % (échantillons défectueux ou abandon de patients), ce qui a donné un total de 230 patients à recruter.

Des statistiques descriptives standard seront utilisées pour analyser les variables qualitatives et quantitatives, telles que les fréquences relatives et absolues, les tableaux de fréquence, la moyenne, la médiane, l'écart type, la plage et les quartiles. Une confiance de 95 % sera considérée comme appropriée pour l'analyse. Des statistiques descriptives seront également utilisées pour caractériser les paramètres cliniques mesurés les plus pertinents. L'association des variables catégorisées sera effectuée par des tests du chi carré ou des tests exacts de Fisher. L'analyse de la variance à un bras comparera les variables continues entre les groupes. Les études sur les résultats de survie seront réalisées à l'aide de la méthode de Kaplan-Meier. Les facteurs pronostiques seront évalués selon le modèle de régression des risques proportionnels de Cox.

Une analyse en composantes principales (ACP) des variantes de gènes sera effectuée et l'association des premières composantes principales avec un petit ensemble prédéfini de signatures d'altération génomique sera évaluée. Pour définir les sous-groupes moléculaires, les chercheurs utiliseront le regroupement non supervisé. La corrélation des sous-types moléculaires avec les données cliniques (par ex. âge, sexe, classe Lauren) et résultats cliniques (par ex. survie globale, taux de réponse) seront évalués. De plus, une classification supervisée sera effectuée sur la base des résultats cliniques et les groupes résultants des deux approches seront comparés à d'autres sous-types moléculaires rapportés.

Protection des patients/formulaires écrits de consentement éclairé

Toutes les parties garantissent la protection des dossiers personnels des patients. Les noms des patients ne sont inclus sous aucune forme dans les feuilles de rapport, les publications ou dans tout type de document publiable dérivé de l'étude, à l'exception des documents requis par la loi. Les formulaires de consentement éclairé sont élaborés dans le strict respect des réglementations légales et locales. Les formulaires de consentement éclairé écrits, y compris toutes les modifications apportées tout au long de l'étude, doivent être approuvés de manière prospective par le comité d'examen interne/comité d'éthique indépendant et le CEMP avant d'être intégrés à l'étude.

Les enquêteurs, représentants ou prestataires de soins de santé obtiendront des formulaires de consentement éclairé écrits de chaque patient ou représentant légal avant la réalisation de toute activité spécifique de l'étude.