Chilensk Mavekræft Task Force (FORCE 1) (FORCE-1)

Deltagende enheder: Den Chilenske Gastric Cancer Task Force (GCTF) er en kollektiv indsats mellem to hovedidentiteter: 1- Centre of Excellence of Precision Medicine (CEMP), som blev etableret gennem en fælles finansiering af det statslige agentur for økonomisk udvikling (Corporacion) de Fomento de la Produccion, CORFO) og Pfizer Chile og 2- Center UC for Investigation in Oncology (CITO) baseret på Pontificia Universidad Católica de Chile. Begge enheder er non-profit forskningsorganisationer, der har til formål at forbedre offentlig uddannelse og implementere strategier for at forbedre kliniske resultater inden for onkologisk behandling og cancerforebyggelse.

Primært mål: At stratificere chilenske GC-patienter i prognostiske undergrupper og at korrelere terapirespons i henhold til kliniske, protein-, epigenetiske og genetiske ændringer i en kohorte på 200 GAC-patienter.

Sekundære mål

• For at bestemme mutationsprofilen hos chilenske GC-patienter.
• At vurdere procentdelen af ​​chilenske GC-patienter, der kunne drage fordel af aktuelt tilgængelige lægelige mål (handlingsbare gener).
• At korrelere EBV-tilstedeværelse til kliniske parametre.
• For at vurdere ekspressionsniveauerne af proteiner forbundet med molekylære lagdelinger og aktuelt målrettede terapier (f. PD-L1 og antiangiogene midler)
• For at bestemme profilen af ​​SNP'er i DPYD- og TYMS-generne i chilenske GC-patienter og deres korrelation med uønskede hændelser.

Studere design

Etisk godkendelse GCTF er en ikke-interventionel, kollaborativ, prospektiv ikke-samtidig undersøgelse, der søger at stratificere GAC-patienter baseret på deres prognose og terapirespons. Undersøgelsen vil nøje overholde alle lovkrav, regler og generelle principper, der er etableret af internationale agenturer, der regulerer den etiske adfærd i biomedicinsk forskning på menneskelige emner, i overensstemmelse med god klinisk praksis og Helsinki-erklæringen. GCTF-undersøgelsesprotokollen er blevet godkendt af den etiske komité på universitetshospitalet (Pontificia Universidad Catolica de Chile, CEC MED UC-godkendelsesnummer 16-046, beslutning dateret 21. april 2016).

Patientrekruttering & karakteristika Diagnosticerede GC-patienter vil blive rekrutteret fra Red UC Christus netværket i Santiago, Chile. Patientrekruttering og underskrift af informerede samtykkeformularer, vedligeholdelse og overvågning af patientjournaler, biologisk materiale og prøveudtræk vil blive varetaget af CITO.

Patient- og behandlingshistorie afslører, at udover kirurgi og kemoterapi fik ca. 10 % af patienterne Trastuzumab (ERBB2-målrettet terapi, også kaldet Herceptin), yderligere 10 % modtog immunterapi inklusive pembrolizumab og Ipilimumab (checkpoint-hæmmere). Endelig modtog ca. 5 % af patienterne antiangiogene behandling (bestående af VEGFR2 målrettet behandling med Ramucirumab). Derudover viste histologisk analyse, at ca. 50 % af patienterne blev klassificeret som tarmtype, 30 % som diffuse, og 20 % var enten blandede eller ubestemte.

Inklusionskriterier

• Voksen mand eller kvinde, i alderen >18 år
• Diagnosticeret med gastrisk cancer (histologisk eller cytologisk)
• Deltagelse i sundhedscentre i Red UC Christus netværket i mindst 3 måneder med klinisk opfølgning
• Kan læse og tale spansk
• Villig og i stand til at give skriftligt informeret samtykke til undersøgelsen, der skal dateres og underskrives på tidspunktet for tilmeldingen.

Eksklusionskriterier

Patienter:

• Med små biopsiprøver er utilstrækkelige til analyse.
• Hvis lægejournaler ikke kan indsamles eller er utilgængelige.
• Uden underskrevet informeret samtykke.

Kliniske data Kliniske data fra patienter vil blive indhentet af sundhedsudbydere og indtastet i en online elektronisk platform. Prøver vil blive kodet, og patientens identitet er kun kendt af den behandlende læge. Kliniske variabler er opdelt i sektioner: Generel patientinformation, kræfthistorie, laboratorieundersøgelser, komorbiditetsindeks (Charlson), kemoterapi, effekt og opfølgning og toksicitet. Patientkemoterapi vil blive klassificeret efter: regime, antal cyklusser og behandlingstidspunkt og kemoterapidosisintensitet i løbet af de første 6 måneder. Kemoterapi regimer, der repræsenterer den første linje kemoterapi ordineret til patienterne. Fuld kemoterapidosisintensitet i løbet af de første 6 måneder vil blive opnået gennem patientinterview og indtastet direkte på online platformen. Endelig effekt- og opfølgnings- og toksicitetsdata indhentet fra patienter.

Vigtigste kliniske resultater Vigtigste resultater vil blive udledt af opnåede kliniske data, disse omfatter overordnet overlevelse, progressionsfri og recidivfri overlevelsesrater.

Biologiske prøver & Oncomine Comprehensive Assay Biologiske materialer opnået ved Red UC Christus vil blive transporteret til CEMP i Santiago de Chile under standardiserede protokoller. I alt 200 patienttumorprøver vil blive opnået fra arkiverede Formalin Fixed Paraffin Embedded (FFPE) prøver. Nukleinsyrer vil blive ekstraheret ved hjælp af RecoverAll-kittet (Thermo Fisher Cat #AM1975) og analyseret ved hjælp af det kommercielt tilgængelige Oncomine Comprehensive Assay-kit. Denne analyse analyserer samtidigt DNA og RNA fra prøver, hvilket muliggør vurdering af 73 gen-hotspots (baseret på DNA), 49 fokale kopiantal variationer (CNV'er, DNA-baserede), 26 fulde kodende sekvenser (for mutationer og CNV-tab) og 22 genfusion drivere (RNA). Navnlig er 72 af disse gener lægemiddelmål. Genomiske rådata opnået (.vcf og .pdf filer) vil blive gemt og sikkerhedskopieret i et lokalt datacenter til efterfølgende genomisk analyse. Efter offentliggørelse af resultaterne af denne undersøgelse vil Oncomine-resultaterne sammen med klinisk klassificering af individuelle tumorer blive gjort offentligt tilgængelige.

Tissue Micro Array (TMA) Analyse Følgende gener vil blive yderligere analyseret af en TMA ved hjælp af specifikke antistoffer mod: PD-L1 (Dako, Cat # SK00521), PD-L2 (Thermo Cat # B7-DC/CD273), Phosphoryleret mTOR ( Abcam Cat#AB118815), p53 (Cat # 5278074001), VEGFR2 (Abcam Cat #AB39256), Phosphorylated Akt (Thermo Cat #473), HER2 (Roche, Cat # 05278368001), p16 (Roche, Cat # 221606, Cat # 221609) Abcam Cat #AB51067), HA-4 (Abcam Cat #AB24480) og fire mikrosatellitmarkører (alle fra Roche): MLH1 (Kat # 06472966001), MSH2 (Kat # 05269270001), MSH6 (Kat # 5902999), P12029999 06419216001). Manuel TMA vil blive forberedt som beskrevet tidligere. Kort fortalt vil paraffinblokke blive opnået og skåret og farvet med Hematoxylin & Eosin (H&E) for at vælge det bedste histologiske område. Det valgte vævsområde vil efterfølgende blive placeret i TMA'en ved at cirkle det identificerede område i den tilsvarende blok. Cylindriske kernebiopsier vil blive ekstraheret fra hver paraffinblok ved hjælp af en 1 mm stilet og anbragt i en ny recipientblok. Udvalgte passende tilfælde havde tumorer, der optog mindst 10 % af kerneområdet. Hver sag vil blive behandlet i tre eksemplarer for at forhindre tab af væv under skæring. Sektioner fra hver vævsarrayblok vil blive skåret, afparaffiniseret og dehydreret til H&E og immunhistokemiske procedurer.

Genmethylering Promotorgen-methylering på seks udvalgte gener, der tidligere har vist promotorregulering ved methylering forbundet med GC, vil blive vurderet. Methyleringsanalyse vil omfatte reprimo-genet og andre mRNA'er forbundet med GC-progression. Analyse vil blive udført ved bisulfit-sekventering som beskrevet tidligere ved brug af EZ DNA methylation Gold kit (Zymo Research) med mindre modifikationer. Kort fortalt amplificeres bisulfitbehandlet DNA under anvendelse af specifikke PCR-primere, hvor PCR-produkter efterfølgende klones og sekventeres.

EBV-identifikation EBV-undertyper i patientprøver vil blive vurderet ved hjælp af den kromogene in situ hybridiseringsmetode (CISH) med mindre modifikationer.

Single Nucleotide Polymorphism (SNP)-analyse En betydelig del af GC-patienter kan udvikle alvorlig toksicitet fra 5-FU-behandling, herunder knoglemarvssuppression, neuropati, lavt antal hvide blodlegemer, feber, infektioner, kvalme, opkastning, svær diarré, mund og fordøjelseskanal inflammation, som alle er registreret i patienthistorien i andre kohorter. Subtile personlige og befolkningsmæssige ændringer i DNA, kaldet SNP'er kan tage højde for stigninger i risikoen for 5-FU-toksicitet; 5-FU metabolisme er overvejende hepatisk, hvor enzymet DPYD er ansvarlig for metabolisering af >80% af lægemidlet, hvilket producerer den inaktive metabolit 5,6 dihydroxy-5-FU. Det er bredt dokumenteret, at en nedsat DPYP-aktivitet er forbundet med alvorlig toksicitet. Ikke-metaboliseret fraktion af 5-FU (20%) transformeres af en række enzymer (f.eks. TP, TK), der producerer de aktive metabolitter, der vil forårsage TYMS-hæmning og derved fremme DNA/RNA-skade. Variationer i TYMS- og MTHFR-gener (relateret til reduceret folatsyntese, øget 5-FU-effekt) er blevet forbundet med toksicitet ved behandling med 5-FU. Den tilgang, der blev brugt til at udvælge de genetiske varianter, bestod af en søgning i databasen, PharmGKB. I alt seks ikke-synonyme SNP'er vil blive analyseret: fire af dem omfatter DPYD-genet, en for TYMS og en for MTHFR. Analyse vil blive udført ved hjælp af TaqMan™ SNP Genotyping Assay-teknologi (Applied Biosystems™). SNP'er vil blive vurderet i DNA isoleret fra paraffinindlejrede patientprøver.

Prøvestørrelse og statistisk analyse

Minimumsprøveantallet vil blive beregnet for at sikre, at projektets mål er fuldt ud opfyldt. I betragtning af, at ca. 90 % af GC-tilfældene faktisk er GAC, ved 5 % fejlrate og 95 % konfidensinterval forventede efterforskerne oprindeligt en stikprøvestørrelse på 200 patienter. Efterforskerne har dog også overvejet en 15 % sats for prøvetab (defekte prøver eller patientfrafald), hvilket gav i alt 230 patienter, der skulle rekrutteres.

Standard beskrivende statistik vil blive brugt til at analysere kvalitative og kvantitative variabler, såsom relative og absolutte frekvenser, frekvenstabeller, gennemsnit, median, standardafvigelse, interval og kvartiler. En 95 % konfidens vil blive betragtet som passende til analyse. Deskriptiv statistik vil også blive brugt til at karakterisere de mest relevante kliniske parametre målt. Associationen af ​​kategoriserede variabler vil blive udført ved chi-square eller Fishers eksakte test. En arm variansanalyse vil sammenligne kontinuerte variable mellem grupper. Overlevelsesresultater vil blive udført ved hjælp af Kaplan-Meier metoden. Prognostiske faktorer vil blive evalueret i henhold til Cox proportional hazards regressionsmodel.

Principal komponentanalyse (PCA) af genvarianterne vil blive udført, og associationen af ​​de første hovedkomponenter med et lille foruddefineret sæt af genomiske ændringssignaturer vil blive vurderet. For at definere molekylære undergrupper vil efterforskerne bruge uovervåget clustering. Korrelationen af ​​de molekylære undertyper med kliniske data (f.eks. alder, køn, Lauren-klasse) og kliniske resultater (f.eks. samlet overlevelse, svarprocent) vil blive vurderet. Desuden vil overvåget klassificering blive udført baseret på kliniske resultater, og de resulterende grupper af begge tilgange vil blive sammenlignet med andre rapporterede molekylære subtyper.

Patientbeskyttelse/skriftlige informerede samtykkeskemaer

Alle parter garanterer beskyttelsen af ​​patienternes personlige journaler. Patientnavne er ikke inkluderet i nogen form i ark-rapporter, publikationer eller i nogen form for publicerbare dokumenter afledt af undersøgelsen med undtagelse af dokumenter, der kræves ved lov. Formularer til informeret samtykke er udarbejdet strengt i overensstemmelse med lovlige og lokale bestemmelser. De skriftlige informerede samtykkeformularer, inklusive alle ændringer foretaget i hele undersøgelsen, skal prospektivt godkendes af Internal Review Board/uafhængige etiske komité og CEMP, før de bliver inkorporeret i undersøgelsen.

Efterforskerne, repræsentanterne eller sundhedsudbyderne vil indhente skriftlige informerede samtykkeerklæringer fra hver patient eller en juridisk repræsentant, før nogen specifik aktivitet i undersøgelsen udføres.