骨折関連感染症の診断のためのメタゲノム次世代シーケンシング (METADIAG 2)
ナノポア技術を用いたメタゲノムシーケンシングが外傷後骨関節感染症の管理に与える貢献
ナノポア技術を用いた次世代シーケンシング(NGS)の有用性は、糖尿病患者の創傷や人工関節感染症の症例で実証されています。 本研究の目的は、骨折関連感染症(FRI)に対する新しい診断アプローチとしての関連性を実証することです。
FRI患者の骨サンプルを、オックスフォード・ナノポア・テクノロジー(ONT)を用いたショットガンメタゲノム次世代シーケンシングに供し、この文脈における診断的価値を参照法と比較して確立します。
調査の概要
状態
状態
条件
条件
介入・治療
介入・治療
詳細な説明
FRI患者から採取した組織サンプルは、ルーチン培養に使用され、この工程後に残ったサンプルはメタゲノムシーケンシングのために回収されます。
DNA抽出と宿主DNA除去の両方の工程が実施されます。 DNAライブラリー調製には、ナノポアリゲーションシーケンシングプロトコルとネイティブバーコーディングが使用されます。 シーケンシングはONT GridION装置を用いて実行されます。 生成されたリードは、各分類学レベルに割り当てるためにコンピュータ処理されます。 結果はルーチン診断の結果と比較され、培養法とのNGS一致率が判定されます。
研究の種類
研究の種類
入学 (実際)
入学
連絡先と場所
研究場所
-
-
Bouches-du-Rhône
-
Marseille、Bouches-du-Rhône、フランス、13005
- IHU, service des maladies infectieuses chroniques
-
-
VAR
-
Toulon、VAR、フランス、83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
参加基準
適格基準
適格基準
就学可能な年齢
- 大人
- 高齢者
健康ボランティアの受け入れ
サンプリング方法
調査対象母集団
説明
参加基準:
- 年齢 ≥ 18歳
- 骨折関連感染症(FRIコンセンサスグループ)の診断
- 通常の治療の一環として骨および/または軟組織生検を受ける予定の患者
除外基準:
- 患者の反対
- 法的保護措置下にある患者
研究計画
研究はどのように設計されていますか?
デザインの詳細
グループ/コホートの数
コホートと介入
グループ/コホートグループ/コホート |
介入・治療介入・治療 |
|---|---|
|
骨折関連感染症
FRI(骨折関連感染症)コンセンサスグループの基準に従って急性または慢性外傷後骨関節感染症が疑われ、日常診療の一環として骨および/または軟組織生検を受ける予定の患者
|
サンプルは、illumine MiSeq と Oxford Nanopore Technologies の両方を使用したハイスループット シーケンスに提出されます。
|
この研究は何を測定していますか?
主要な結果の測定
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
シーケンシングによる微生物学的文書と参照技術(培養)による文書の一致
時間枠:1ヶ月
|
メタゲノムシーケンシングは、骨折関連感染症のマイクロバイオームを決定するために使用されます。 データは、参照微生物同定技術(培養)のデータと比較されます。 |
1ヶ月
|
二次結果の測定
二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
参照技術(培養)と比較したシークエンシングによる最終微生物学的結果を得るまでの時間
時間枠:1ヶ月
|
培養法とNGSベースのプロトコルの両方を用いた確定的微生物学的診断の期間(日数)。
|
1ヶ月
|
|
NGS結果に基づいて標的抗菌薬療法の調整が行われる症例数。
時間枠:1ヶ月
|
NGS結果に基づいて標的抗菌薬療法の調整が行われる症例数。
|
1ヶ月
|
|
各系統型ごとに得られたリード数(シーケンスリード)によって定義される微生物の存在量
時間枠:1ヶ月
|
骨折関連感染症の微生物叢を微生物多様性と存在量の観点から記述し、この文脈でNGS結果を検討する際に、生のリード数と相対存在量の両方の役割を議論するため。
|
1ヶ月
|
協力者と研究者
スポンサー
スポンサー
協力者
協力者
捜査官
捜査官
- スタディディレクター:LACÔTE-DELARBRE David, MD、Military Teaching Hospital Sainte Anne
出版物と役立つリンク
一般刊行物
- Tarabichi M, Shohat N, Goswami K, Alvand A, Silibovsky R, Belden K, Parvizi J. Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing. J Bone Joint Surg Am. 2018 Jan 17;100(2):147-154. doi: 10.2106/JBJS.17.00434.
- Goswami K, Shope AJ, Tokarev V, Wright JR, Unverdorben LV, Ly T, Chen See J, McLimans CJ, Wong HT, Lock L, Clarkson S, Parvizi J, Lamendella R. Comparative meta-omics for identifying pathogens associated with prosthetic joint infection. Sci Rep. 2021 Dec 9;11(1):23749. doi: 10.1038/s41598-021-02505-7.
- Sanderson ND, Street TL, Foster D, Swann J, Atkins BL, Brent AJ, McNally MA, Oakley S, Taylor A, Peto TEA, Crook DW, Eyre DW. Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices. BMC Genomics. 2018 Sep 27;19(1):714. doi: 10.1186/s12864-018-5094-y.
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Walter N, Orbenes N, Rupp M, Alt V. The State of Research in Fracture-Related Infection-A Bibliometric Analysis. Medicina (Kaunas). 2022 Aug 29;58(9):1170. doi: 10.3390/medicina58091170.
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
研究開始
一次修了 (実際)
一次修了
研究の完了 (実際)
研究の完了
試験登録日
最初に提出
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
最初の投稿
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
投稿された最後の更新
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
最終確認日
詳しくは
本研究に関する用語
その他の研究ID番号
その他の研究ID番号
- 2023-CHITS-017
個々の参加者データ (IPD) の計画
個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?
医薬品およびデバイス情報、研究文書
米国FDA規制医薬品の研究
米国FDA規制機器製品の研究
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。