Metagenomické sekvenování nové generace pro diagnostiku infekce spojené se zlomeninou (METADIAG 2)
Příspěvek metagenomického sekvenování pomocí nanoporové technologie k léčbě posttraumatických infekcí kostí a kloubů
Hodnota sekvenování nové generace (NGS) s využitím technologie Nanopore byla prokázána v případě ran diabetických pacientů nebo u infekcí kloubních náhrad. Cílem této studie je prokázat její relevanci jako nového diagnostického přístupu pro infekce spojené se zlomeninami (FRI).
Vzorky kostí od pacientů s FRI budou podrobeny shotgun metagenomickému sekvenování nové generace s využitím technologie Oxford Nanopore (ONT), aby bylo možné stanovit jeho diagnostickou hodnotu v tomto kontextu ve srovnání s referenční metodou.
Přehled studie
Postavení
Postavení
Podmínky
Podmínky
Intervence / Léčba
Intervence / Léčba
Detailní popis
Vzorky tkání od pacientů s FRI použité pro rutinní kultivaci a zbývající po tomto kroku budou získány pro metagenomické sekvenování.
Budou provedeny kroky extrakce DNA i deplece hostitelské DNA. K přípravě DNA knihovny bude použit nanopórový ligační sekvenační protokol spolu s nativním barvením. Sekvenování bude provedeno pomocí zařízení ONT GridION. Vygenerované čtení bude zpracováno počítačově, aby bylo přiřazeno na každé taxonomické úrovni. Výsledky budou porovnány s výsledky rutinní diagnostiky, aby byla stanovena shoda NGS s kultivací.
Typ studie
Typ studie
Zápis (Aktuální)
Zápis
Kontakty a umístění
Studijní místa
-
-
Bouches-du-Rhône
-
Marseille, Bouches-du-Rhône, Francie, 13005
- IHU, service des maladies infectieuses chroniques
-
-
VAR
-
Toulon, VAR, Francie, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
-
-
Kritéria účasti
Kritéria způsobilosti
Kritéria způsobilosti
Věk způsobilý ke studiu
- Dospělý
- Starší dospělý
Přijímá zdravé dobrovolníky
Metoda odběru vzorků
Studijní populace
Popis
Kritéria pro zařazení:
- Věk ≥ 18 let
- Diagnóza infekce spojené s frakturou (dle konsensu skupiny FRI)
- Pacient je plánován na odběr biopsie kosti a/nebo měkkých tkání v rámci běžné péče
Vylučovací kritéria:
- Odmítnutí pacienta
- Pacient pod ochranným opatřením podle zákona
Studijní plán
Jak je studie koncipována?
Detaily designu
Počet skupin / kohort
Kohorty a intervence
Skupina / kohortaSkupina / kohorta |
Intervence / LéčbaIntervence / Léčba |
|---|---|
|
Infekce spojená se zlomeninou
Pacienti s podezřením na akutní nebo chronickou posttraumatickou osteoartikulární infekci podle kritérií konsenzuální skupiny FRI (Fracture-Related Infection) a plánovaní k provedení biopsie kosti a/nebo měkkých tkání jako součást rutinní péče
|
Vzorky budou podrobeny vysoce výkonnému sekvenování za použití jak illumine MiSeq, tak Oxford Nanopore Technologies.
|
Co je měření studie?
Primární výstupní opatření
Primární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Shoda mezi mikrobiologickou dokumentací získanou sekvenováním a referenční technikou (kultivace)
Časové okno: 1 měsíc
|
Metagenomické sekvenování bude použito k určení mikrobiomu infekcí souvisejících se zlomeninami. Data budou porovnána s údaji referenčních mikrobiologických identifikačních technik (kultura). |
1 měsíc
|
Sekundární výstupní opatření
Sekundární výstupní opatření
Měření výsledku |
Popis opatření |
Časové okno |
|---|---|---|
|
Čas potřebný k získání konečných mikrobiologických výsledků sekvenováním ve srovnání s referenční technikou (kultivace)
Časové okno: 1 měsíc
|
Doba (ve dnech) pro definitivní mikrobiologickou diagnostiku využívající kultivační i NGS protokoly.
|
1 měsíc
|
|
Počet případů, ve kterých by byla na základě výsledků NGS provedena úprava cílené antibiotické terapie.
Časové okno: 1 měsíc
|
Počet případů, kdy by byla upravena cílená antibiotická terapie na základě výsledků NGS.
|
1 měsíc
|
|
Mikrobiální abundanci definovaná počtem čtení (sekvenčních čtení) získaných na fylotyp
Časové okno: 1 měsíc
|
Popsat mikrobiom infekce spojené se zlomeninou z hlediska mikrobiální diverzity a abundance, aby bylo možné diskutovat jak o počtu nezpracovaných čtení, tak o úloze relativní abundance při posuzování výsledků NGS v tomto kontextu.
|
1 měsíc
|
Spolupracovníci a vyšetřovatelé
Sponzor
Sponzor
Spolupracovníci
Spolupracovníci
Vyšetřovatelé
Vyšetřovatelé
- Ředitel studie: LACÔTE-DELARBRE David, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publikace a užitečné odkazy
Obecné publikace
- Tarabichi M, Shohat N, Goswami K, Alvand A, Silibovsky R, Belden K, Parvizi J. Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing. J Bone Joint Surg Am. 2018 Jan 17;100(2):147-154. doi: 10.2106/JBJS.17.00434.
- Goswami K, Shope AJ, Tokarev V, Wright JR, Unverdorben LV, Ly T, Chen See J, McLimans CJ, Wong HT, Lock L, Clarkson S, Parvizi J, Lamendella R. Comparative meta-omics for identifying pathogens associated with prosthetic joint infection. Sci Rep. 2021 Dec 9;11(1):23749. doi: 10.1038/s41598-021-02505-7.
- Sanderson ND, Street TL, Foster D, Swann J, Atkins BL, Brent AJ, McNally MA, Oakley S, Taylor A, Peto TEA, Crook DW, Eyre DW. Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices. BMC Genomics. 2018 Sep 27;19(1):714. doi: 10.1186/s12864-018-5094-y.
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Walter N, Orbenes N, Rupp M, Alt V. The State of Research in Fracture-Related Infection-A Bibliometric Analysis. Medicina (Kaunas). 2022 Aug 29;58(9):1170. doi: 10.3390/medicina58091170.
Termíny studijních záznamů
Hlavní termíny studia
Začátek studia (Aktuální)
Začátek studia
Primární dokončení (Aktuální)
Primární dokončení
Dokončení studie (Aktuální)
Dokončení studie
Termíny zápisu do studia
První předloženo
První předloženo
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První předloženo, které splnilo kritéria kontroly kvality
První zveřejněno (Aktuální)
První zveřejněno
Aktualizace studijních záznamů
Poslední zveřejněná aktualizace (Aktuální)
Poslední zveřejněná aktualizace
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Odeslaná poslední aktualizace, která splnila kritéria kontroly kvality
Naposledy ověřeno
Naposledy ověřeno
Více informací
Termíny související s touto studií
Klíčová slova
Další relevantní podmínky MeSH
Další identifikační čísla studie
Další identifikační čísla studie
- 2023-CHITS-017
Plán pro data jednotlivých účastníků (IPD)
Plánujete sdílet data jednotlivých účastníků (IPD)?
Informace o lécích a zařízeních, studijní dokumenty
Studuje lékový produkt regulovaný americkým FDA
Studuje produkt zařízení regulovaný americkým úřadem FDA
Tyto informace byly beze změn načteny přímo z webu clinicaltrials.gov. Máte-li jakékoli požadavky na změnu, odstranění nebo aktualizaci podrobností studie, kontaktujte prosím register@clinicaltrials.gov. Jakmile bude změna implementována na clinicaltrials.gov, bude automaticky aktualizována i na našem webu .