Metagenomische Next-Generation-Sequenzierung für die Diagnose von Fraktur-assoziierten Infektionen (METADIAG 2)
Beitrag der metagenomischen Sequenzierung mittels Nanopore-Technologie zum Management von posttraumatischen Knochen- und Gelenkinfektionen
Der Wert der Next-Generation-Sequenzierung (NGS) mit Nanopore-Technologie wurde bei Wunden von Diabetikern oder bei Protheseninfektionen nachgewiesen. Ziel dieser Studie ist es, ihre Relevanz als neuer diagnostischer Ansatz für frakturassoziierte Infektionen (FRI) zu demonstrieren.
Knochenproben von Patienten mit FRI werden einer Shotgun-Metagenomik mit Next-Generation-Sequenzierung unter Verwendung der Oxford Nanopore Technology (ONT) unterzogen, um ihren diagnostischen Wert in diesem Zusammenhang im Vergleich zur Referenzmethode zu ermitteln.
Studienübersicht
Status
Status
Bedingungen
Bedingungen
Intervention / Behandlung
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Gewebeproben von Patienten mit FRI, die für Routinekulturen verwendet wurden und nach diesem Schritt übrig bleiben, werden für die metagenomische Sequenzierung entnommen.
Sowohl die DNA-Extraktion als auch die Schritte zur Reduzierung der Wirts-DNA werden durchgeführt. Das Nanoporen-Ligationssequenzierungsprotokoll zusammen mit dem nativen Barcoding wird für die DNA-Bibliotheksvorbereitung verwendet. Die Sequenzierung wird mit dem ONT GridION-Gerät durchgeführt. Die erzeugten Reads werden computerisiert, um auf jeder taxonomischen Ebene zugeordnet zu werden. Die Ergebnisse werden mit denen der Routinediagnostik verglichen, um die Übereinstimmung der NGS mit der Kultur zu bestimmen.
Studientyp
Studientyp
Einschreibung (Tatsächlich)
Einschreibung
Kontakte und Standorte
Studienorte
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Bouches-du-Rhône
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Marseille, Bouches-du-Rhône, Frankreich, 13005
- IHU, service des maladies infectieuses chroniques
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VAR
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Toulon, VAR, Frankreich, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
- Erwachsene
- Älterer Erwachsener
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Probenahmeverfahren
Studienpopulation
Beschreibung
Einschlusskriterien:
- Alter ≥ 18 Jahre
- Diagnose einer frakturassoziierten Infektion (FRI-Konsensgruppe)
- Patient ist für eine Knochen- und/oder Weichteilbiopsie im Rahmen der Routineversorgung vorgesehen
Ausschlusskriterien:
- Patientenwiderspruch
- Patient unter rechtlicher Schutzmaßnahme
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
Anzahl der Gruppen / Kohorten
Kohorten und Interventionen
Gruppe / KohorteGruppe / Kohorte |
Intervention / BehandlungIntervention / Behandlung |
|---|---|
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Fraktur-assoziierte Infektion
Patienten mit Verdacht auf eine akute oder chronische posttraumatische osteoartikuläre Infektion gemäß den Kriterien der FRI-Konsensgruppe (Fracture-Related Infection) und geplanter Knochen- und/oder Weichteilbiopsie im Rahmen der routinemäßigen Versorgung
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Die Proben werden einer Hochdurchsatz-Sequenzierung unter Verwendung von Illumine MiSeq und Oxford Nanopore Technologies unterzogen.
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
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Übereinstimmung zwischen der durch Sequenzierung erhaltenen mikrobiologischen Dokumentation und der Referenztechnik (Kultur)
Zeitfenster: 1 Monat
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Metagenomische Sequenzierung wird verwendet, um das Mikrobiom von frakturbezogenen Infektionen zu bestimmen. Die Daten werden mit denen von Referenz-Mikrobiologie-Identifizierungstechniken (Kultur) verglichen. |
1 Monat
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Sekundäre Ergebnismessungen
Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Zeit bis zum Erhalt der endgültigen mikrobiologischen Ergebnisse durch Sequenzierung im Vergleich zur Referenztechnik (Kultur)
Zeitfenster: 1 Monat
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Dauer (in Tagen) für eine definitive mikrobiologische Diagnose unter Verwendung von Kultur- und NGS-basierten Protokollen.
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1 Monat
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Anzahl der Fälle, in denen eine Anpassung der gezielten Antibiotikatherapie auf Basis der NGS-Ergebnisse vorgenommen würde.
Zeitfenster: 1 Monat
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Anzahl der Fälle, in denen eine Anpassung der zielgerichteten Antibiotikatherapie basierend auf NGS-Ergebnissen vorgenommen würde.
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1 Monat
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Mikrobielle Häufigkeit definiert durch die Anzahl der Reads (Sequenz-Reads), die pro Phylotyp erhalten wurden
Zeitfenster: 1 Monat
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Um das Mikrobiom von frakturassoziierten Infektionen hinsichtlich mikrobieller Diversität und Abundanz zu beschreiben, um sowohl die Anzahl der Rohdaten-Lesevorgänge als auch die Rolle der relativen Abundanz bei der Betrachtung von NGS-Ergebnissen in diesem Kontext zu diskutieren.
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1 Monat
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Mitarbeiter und Ermittler
Sponsor
Sponsor
Mitarbeiter
Mitarbeiter
Ermittler
Ermittler
- Studienleiter: LACÔTE-DELARBRE David, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publikationen und hilfreiche Links
Allgemeine Veröffentlichungen
- Tarabichi M, Shohat N, Goswami K, Alvand A, Silibovsky R, Belden K, Parvizi J. Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing. J Bone Joint Surg Am. 2018 Jan 17;100(2):147-154. doi: 10.2106/JBJS.17.00434.
- Goswami K, Shope AJ, Tokarev V, Wright JR, Unverdorben LV, Ly T, Chen See J, McLimans CJ, Wong HT, Lock L, Clarkson S, Parvizi J, Lamendella R. Comparative meta-omics for identifying pathogens associated with prosthetic joint infection. Sci Rep. 2021 Dec 9;11(1):23749. doi: 10.1038/s41598-021-02505-7.
- Sanderson ND, Street TL, Foster D, Swann J, Atkins BL, Brent AJ, McNally MA, Oakley S, Taylor A, Peto TEA, Crook DW, Eyre DW. Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices. BMC Genomics. 2018 Sep 27;19(1):714. doi: 10.1186/s12864-018-5094-y.
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Walter N, Orbenes N, Rupp M, Alt V. The State of Research in Fracture-Related Infection-A Bibliometric Analysis. Medicina (Kaunas). 2022 Aug 29;58(9):1170. doi: 10.3390/medicina58091170.
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
Studienbeginn
Primärer Abschluss (Tatsächlich)
Primärer Abschluss
Studienabschluss (Tatsächlich)
Studienabschluss
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
Zuerst gepostet
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
Letztes Update gepostet
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Zuletzt verifiziert
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Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
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- 2023-CHITS-017
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Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
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