Secuenciación Metagenómica de Próxima Generación para el Diagnóstico de Infección Relacionada con Fractura (METADIAG 2)
Contribución de la Secuenciación Metagenómica mediante Tecnología Nanopore a la Gestión de Infecciones Óseas y Articulares Postraumáticas
El valor de la secuenciación de nueva generación (NGS) mediante la tecnología Nanopore se ha demostrado en el caso de heridas de pacientes diabéticos o en infecciones de prótesis articulares. El objetivo de este estudio es demostrar su relevancia como un nuevo enfoque diagnóstico para infecciones relacionadas con fracturas (FRI).
Las muestras óseas de pacientes con FRI se someterán a secuenciación de nueva generación metagenómica de escopeta utilizando la tecnología Oxford Nanopore (ONT) para establecer su valor diagnóstico en este contexto en comparación con el método de referencia.
Descripción general del estudio
Estado
Estado
Condiciones
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
Se recuperarán muestras de tejido de pacientes con FRI utilizadas para cultivo rutinario y que queden después de este paso para realizar secuenciación metagenómica.
Se realizarán tanto los pasos de extracción de ADN como de eliminación de ADN del huésped. Se utilizará el protocolo de secuenciación por ligación de nanoporos junto con códigos de barras nativos para llevar a cabo la preparación de la librería de ADN. La secuenciación se ejecutará utilizando el dispositivo ONT GridION. Las lecturas generadas se informatizarán para ser asignadas en cada nivel taxonómico. Los resultados se compararán con los del diagnóstico rutinario para determinar la concordancia de la NGS con el cultivo.
Tipo de estudio
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Inscripción
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Bouches-du-Rhône
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Marseille, Bouches-du-Rhône, Francia, 13005
- IHU, service des maladies infectieuses chroniques
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VAR
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Toulon, VAR, Francia, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
- Adulto
- Adulto Mayor
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Descripción
Criterios de inclusión:
- Edad ≥ 18 años
- Diagnóstico de infección relacionada con fractura (grupo de consenso FRI)
- Paciente programado para someterse a una biopsia ósea y/o de tejidos blandos como parte de la atención de rutina
Criterios de exclusión:
- Oposición del paciente
- Paciente bajo una medida de protección legal.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
Número de grupos/cohortes
Cohortes e Intervenciones
Grupo / CohorteGrupo / Cohorte |
Intervención / TratamientoIntervención / Tratamiento |
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Infección relacionada con la fractura
Pacientes con sospecha de infección osteoarticular postraumática aguda o crónica según los criterios del grupo de consenso FRI (Fracture-Related Infection) y programados para someterse a una biopsia ósea y/o de tejido blando como parte de la atención rutinaria
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Las muestras se someterán a una secuenciación de alto rendimiento con illumine MiSeq y Oxford Nanopore Technologies.
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Concordancia entre la documentación microbiológica obtenida mediante secuenciación y la de la técnica de referencia (cultivo)
Periodo de tiempo: 1 mes
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La secuenciación metagenómica se utilizará para determinar el microbioma de las infecciones relacionadas con fracturas. Los datos se compararán con los de las técnicas de identificación microbiológica de referencia (cultivo). |
1 mes
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Medidas de resultado secundarias
Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Tiempo para obtener resultados microbiológicos finales mediante secuenciación en comparación con la técnica de referencia (cultivo)
Periodo de tiempo: 1 mes
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Duración (en días) para el diagnóstico microbiológico definitivo utilizando tanto protocolos basados en cultivo como en NGS.
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1 mes
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Número de casos en los que se realizaría un ajuste de la terapia antibiótica dirigida basándose en los resultados de NGS.
Periodo de tiempo: 1 mes
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Número de casos en los que se realizaría un ajuste de la terapia antibiótica dirigida basándose en los resultados de NGS.
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1 mes
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Abundancia microbiana definida por el número de lecturas (lecturas de secuencia) obtenidas por filotipo
Periodo de tiempo: 1 mes
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Describir el microbioma de la infección relacionada con fracturas en términos de diversidad y abundancia microbiana para discutir tanto el número de lecturas brutas como el papel de la abundancia relativa al considerar los resultados de NGS en este contexto.
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1 mes
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Patrocinador
Colaboradores
Colaboradores
Investigadores
Investigadores
- Director de estudio: LACÔTE-DELARBRE David, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publicaciones y enlaces útiles
Publicaciones Generales
- Tarabichi M, Shohat N, Goswami K, Alvand A, Silibovsky R, Belden K, Parvizi J. Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing. J Bone Joint Surg Am. 2018 Jan 17;100(2):147-154. doi: 10.2106/JBJS.17.00434.
- Goswami K, Shope AJ, Tokarev V, Wright JR, Unverdorben LV, Ly T, Chen See J, McLimans CJ, Wong HT, Lock L, Clarkson S, Parvizi J, Lamendella R. Comparative meta-omics for identifying pathogens associated with prosthetic joint infection. Sci Rep. 2021 Dec 9;11(1):23749. doi: 10.1038/s41598-021-02505-7.
- Sanderson ND, Street TL, Foster D, Swann J, Atkins BL, Brent AJ, McNally MA, Oakley S, Taylor A, Peto TEA, Crook DW, Eyre DW. Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices. BMC Genomics. 2018 Sep 27;19(1):714. doi: 10.1186/s12864-018-5094-y.
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Walter N, Orbenes N, Rupp M, Alt V. The State of Research in Fracture-Related Infection-A Bibliometric Analysis. Medicina (Kaunas). 2022 Aug 29;58(9):1170. doi: 10.3390/medicina58091170.
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Inicio del estudio
Finalización primaria (Actual)
Finalización primaria
Finalización del estudio (Actual)
Finalización del estudio
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Más información
Términos relacionados con este estudio
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- 2023-CHITS-017
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Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
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