Metagenómica de Sequenciação de Nova Geração para o Diagnóstico de Infeção Relacionada com Fratura (METADIAG 2)
Contribuição da Sequenciação Metagenómica Utilizando Tecnologia Nanopore para a Gestão de Infeções Ósseas e Articulares Pós-traumáticas
O valor do sequenciamento de próxima geração (NGS) utilizando a tecnologia Nanopore foi demonstrado no caso de feridas de doentes diabéticos ou em infeções de próteses articulares. O objetivo deste estudo é demonstrar a sua relevância como uma nova abordagem de diagnóstico para infeções relacionadas com fraturas (FRI).
Amostras ósseas de doentes com FRI serão submetidas a sequenciamento metagenómico shotgun de próxima geração utilizando a tecnologia Oxford Nanopore (ONT) para estabelecer o seu valor de diagnóstico neste contexto em comparação com o método de referência.
Visão geral do estudo
Status
Status
Condições
Condições
Intervenção / Tratamento
Intervenção / Tratamento
Descrição detalhada
As amostras de tecido de doentes com FRI utilizadas para cultura de rotina e as restantes após esta etapa serão recuperadas para sequenciação metagenómica.
Serão realizados tanto os passos de extração de ADN como de depleção de ADN do hospedeiro. O protocolo de sequenciação por ligação de nanoporos juntamente com a codificação por código de barras nativo será utilizado para realizar a preparação da biblioteca de ADN. A sequenciação será executada utilizando o dispositivo ONT GridION. As leituras geradas serão informatizadas para serem atribuídas a cada nível taxonómico. Os resultados serão comparados com os do diagnóstico de rotina para determinar a concordância do NGS com a cultura.
Tipo de estudo
Tipo de estudo
Inscrição (Real)
Inscrição
Contactos e Locais
Locais de estudo
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Bouches-du-Rhône
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Marseille, Bouches-du-Rhône, França, 13005
- IHU, service des maladies infectieuses chroniques
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VAR
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Toulon, VAR, França, 83000
- Military Teaching Hospital Sainte Anne
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Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
- Adulto
- Adulto mais velho
Aceita Voluntários Saudáveis
Método de amostragem
População do estudo
Descrição
Critérios de Inclusão:
- Idade ≥ 18 anos
- Diagnóstico de infeção relacionada com fratura (grupo de consenso FRI)
- Paciente agendado para realizar uma biópsia óssea e/ou de tecidos moles como parte dos cuidados de rotina
Critérios de Exclusão:
- Oposição do paciente
- Paciente sob medida de proteção legal.
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
Número de grupos/coortes
Coortes e Intervenções
Grupo / CoorteGrupo / Coorte |
Intervenção / TratamentoIntervenção / Tratamento |
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Infeção relacionada com fratura
Pacientes com suspeita de infeção osteoarticular aguda ou crónica pós-traumática de acordo com os critérios do grupo de consenso FRI (Fracture-Related Infection) e agendados para realizar uma biópsia óssea e/ou de tecidos moles como parte dos cuidados de rotina
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As amostras serão submetidas a sequenciamento de alto rendimento usando as tecnologias illumine MiSeq e Oxford Nanopore.
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
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Concordância entre a documentação microbiológica obtida por sequenciação e a da técnica de referência (cultura)
Prazo: 1 mês
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A sequenciação metagenómica será utilizada para determinar o microbioma das infeções relacionadas com fraturas. Os dados serão comparados com os das técnicas de identificação microbiológica de referência (cultura). |
1 mês
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Medidas de resultados secundários
Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Tempo para obter os resultados microbiológicos finais por sequenciação em comparação com a técnica de referência (cultura)
Prazo: 1 mês
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Duração (em dias) para diagnóstico microbiológico definitivo utilizando protocolos baseados em cultura e NGS.
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1 mês
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Número de casos em que um ajuste da antibioticoterapia dirigida seria efetuado com base nos resultados do NGS.
Prazo: 1 mês
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Número de casos em que um ajuste da terapia antibiótica direcionada seria feito com base nos resultados do NGS.
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1 mês
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Abundância microbiana definida pelo número de leituras (sequências lidas) obtidas por filótipo
Prazo: 1 mês
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Descrever o microbioma da infeção relacionada com fratura em termos de diversidade e abundância microbiana, de modo a discutir tanto o número de leituras brutas como o papel da abundância relativa ao considerar resultados de NGS neste contexto.
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1 mês
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Colaboradores e Investigadores
Patrocinador
Patrocinador
Colaboradores
Colaboradores
Investigadores
Investigadores
- Diretor de estudo: LACÔTE-DELARBRE David, MD, Military Teaching Hospital Sainte Anne
Publicações e links úteis
Publicações Gerais
- Tarabichi M, Shohat N, Goswami K, Alvand A, Silibovsky R, Belden K, Parvizi J. Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing. J Bone Joint Surg Am. 2018 Jan 17;100(2):147-154. doi: 10.2106/JBJS.17.00434.
- Goswami K, Shope AJ, Tokarev V, Wright JR, Unverdorben LV, Ly T, Chen See J, McLimans CJ, Wong HT, Lock L, Clarkson S, Parvizi J, Lamendella R. Comparative meta-omics for identifying pathogens associated with prosthetic joint infection. Sci Rep. 2021 Dec 9;11(1):23749. doi: 10.1038/s41598-021-02505-7.
- Sanderson ND, Street TL, Foster D, Swann J, Atkins BL, Brent AJ, McNally MA, Oakley S, Taylor A, Peto TEA, Crook DW, Eyre DW. Real-time analysis of nanopore-based metagenomic sequencing from infected orthopaedic devices. BMC Genomics. 2018 Sep 27;19(1):714. doi: 10.1186/s12864-018-5094-y.
- Ivy MI, Thoendel MJ, Jeraldo PR, Greenwood-Quaintance KE, Hanssen AD, Abdel MP, Chia N, Yao JZ, Tande AJ, Mandrekar JN, Patel R. Direct Detection and Identification of Prosthetic Joint Infection Pathogens in Synovial Fluid by Metagenomic Shotgun Sequencing. J Clin Microbiol. 2018 Aug 27;56(9):e00402-18. doi: 10.1128/JCM.00402-18. Print 2018 Sep.
- Walter N, Orbenes N, Rupp M, Alt V. The State of Research in Fracture-Related Infection-A Bibliometric Analysis. Medicina (Kaunas). 2022 Aug 29;58(9):1170. doi: 10.3390/medicina58091170.
Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Início do estudo
Conclusão Primária (Real)
Conclusão Primária
Conclusão do estudo (Real)
Conclusão do estudo
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Primeira postagem
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última Atualização Postada
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
Última verificação
Mais Informações
Termos relacionados a este estudo
Palavras-chave
Termos MeSH relevantes adicionais
Outros números de identificação do estudo
Outros números de identificação do estudo
- 2023-CHITS-017
Plano para dados de participantes individuais (IPD)
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