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遺伝的異常のない知的障害の有無を伴う多発性先天性奇形の診断における光学ゲノムマッピング（OGM）の貢献 (CARTOGEN-N)

2026年11月3日 更新者：Céline PEBREL-RICHARD

CARTOGEN-N_全ゲノムシークエンシングで遺伝子異常が検出されなかった、知的障害を伴うまたは伴わない多発性先天性奇形の診断における光学的ゲノムマッピング（OGM）の貢献

Congenital malformations result from an embryonic or foetal developmental disorder (DD) affecting one or more systems (cardiac, skeletal, nervous, etc.). These are referred to as multiple congenital anomalies (MCAs). They may be associated with an intellectual disability (ID)1.

Chromosomal analysis on Chromosomal Microarray Analysis (CMA) and gene panels or exome sequencing are the respective gold standard methods for chromosomal and molecular diagnosis of DD respectively2. In cases where no diagnosis is established after these first-line tests, short-read whole genome sequencing (WGS), via the Plan France Medicine Genomic 2020-2025 (AURAGEN), may be considered. This approach allows for diagnosis in nearly 40% of patients with DD3,4. However, many patients remain in diagnostic deadlock, likely due to the technical limitations of these methods, which potentially be overcome by emerging methodologies such as optical genome mapping (OGM)5,6,7,8,9. The investigators propose to systematically perform OGM in 30 patients presenting with MCA+/-ID who have inconclusive WGS result10.

The main objective is to assess the contribution of OGM in identifying structural variants not detected or poorly characterised by WGS in this clinical context. This work will also contribute to the ongoing of OGM in routine diagnostics and determine its role in the overall genetic diagnosis of MCA+/-ID. Additionally it may lead to the identification of new candidate genes and/or mechanisms of pathogenicity. If the results are promising, further clinical could expand this preliminary work into a larger-scale project. Improving the genetic diagnosis of DD should enhance the medical management of patients, currently in diagnostic deadlock, and their families.

調査の概要

状態

状態

現在の募集状況やアクセス拡大状況を示します。
募集

条件

条件

研究されている疾患、障害、症候群、病気、またはけが。 ClinicalTrials.gov では、条件には、寿命、生活の質、健康上のリスクなど、他の健康関連の問題も含まれる場合があります。

介入・治療

介入・治療

臨床研究の焦点となるプロセスまたはアクション。介入には、医薬品、医療機器、処置、ワクチン、および治験中またはすでに利用可能なその他の製品が含まれます。介入には、教育や食事や運動の変更などの非侵襲的アプローチも含まれます。

詳細な説明

Study Workflow

Pre-analytical Phase

Participation in the study will be offered to all patients meeting the inclusion and non-inclusion criteria by an investigator from the Department of Genetics, during a medical consultation in which the non-contributive whole-genome sequencing (WGS) result will have been communicated (Figure 1). Information regarding the study procedures and objectives will be provided at that time. The information sheet and consent form will be given to the patient (if an adult) or to the holders of parental authority (if the patient is a minor). After obtaining consent for both the genetic investigations and participation in the research project, the patient may be enrolled in the study. Blood samples required for the study will be collected, transferred to the laboratory, and secured for analysis according to the following protocol:

Patient > 20 kg:

2 × 5 mL EDTA blood tubes

  1. × 5 mL heparinized blood tube

    Patient 12-20 kg:

  2. × 5 mL EDTA blood tubes

Patient 5-12 kg:

1 × 5 mL EDTA blood tube

Samples will be sent to the Cytogenetics Department, where they will be pseudonymized and secured. At least three aliquots of 1.5 mL EDTA blood and the remaining volume will be frozen at -80 °C for DNA extraction and long-fragment DNA extraction. A cell culture (peripheral blood lymphocytes) will also be performed to obtain a fixed chromosomal pellet from the heparinized tube, when available. If the heparinized sample is not available and the results of optical genome mapping require confirmation of a chromosomal abnormality by karyotype or FISH (i.e., contributive result), a second blood draw will be proposed during the clinical results-return consultation.

Analysis Frozen samples from the Cytogenetics Department of Clermont-Ferrand University Hospital (one per patient) will be transferred via TSE to the Department of Genetics at Reims University Hospital, designated to perform optical genome mapping while awaiting installation of the Saphyr scanner at Clermont-Ferrand University Hospital (DAN 2025 application).

Extraction, labeling, and imaging of long DNA molecules will be performed using the manufacturer's kits, following the provided instructions.

Results and Interpretation

Raw data will be analyzed and validated by cytogeneticists at Reims University Hospital using Bionano Access and Solve® software. Data will also be securely shared with the project lead, responsible for:

Performing a second independent analysis (with Bionano Access and Solve, available in the Cytogenetics Department), leveraging expertise acquired through participation in previous projects.

Providing final interpretation of results and disseminating clinically relevant findings for patient management.

Each sample will therefore benefit from dual review and dual expertise, ensuring the reliability of the results.

Parental segregation studies may be proposed to facilitate biological interpretation. If needed, collection of parental samples and consent procedures will be coordinated by the Department of Medical Genetics at Clermont-Ferrand University Hospital. Conclusive results will be communicated to the clinician who prescribed the WGS for patient management and genetic counselling.

研究の種類

研究の種類

臨床研究の性質について説明します。研究の種類には、介入研究 (臨床試験とも呼ばれます)、観察研究 (患者登録を含む)、および拡張アクセスが含まれます。
介入

入学 (推定)

入学

臨床試験の参加者数。 「予想される」登録は、研究者が研究に必要とする参加者の目標数です。
55

段階

段階

米国食品医薬品局 (FDA) によって開発された定義に基づく、医薬品または生物学的製品を研究する臨床試験の段階。フェーズは、研究の目的、参加者の数、およびその他の特性に基づいています。初期フェーズ 1 (以前はフェーズ 0 としてリストされていた)、フェーズ 1、フェーズ 2、フェーズ 3、およびフェーズ 4 の 5 つのフェーズがあります。該当なしは、デバイスまたは行動介入の治験を含む、FDA が定義したフェーズのない治験を説明するために使用されます。
  • 適用できない

連絡先と場所

このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。

研究連絡先

研究連絡先

臨床試験の登録に関する質問に回答できる担当者の名前と連絡先情報。研究が実施されている各場所には、これらの質問により適切に回答できる特定の連絡先がある場合もあります。

研究場所

参加基準

研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。

適格基準

適格基準

臨床研究への参加を希望する人々が満たさなければならない重要な要件、または彼らが持つべき特徴。適格基準は、包含基準 (人が研究に参加するために必要な基準) と除外基準 (人が研究に参加するのを妨げる基準) の両方で構成されます。適格基準のタイプには、研究が健康なボランティアを受け入れるかどうか、年齢または年齢グループの要件があるかどうか、または性別によって制限されるかどうかが含まれます。

就学可能な年齢

  • 子
  • 大人
  • 高齢者

健康ボランティアの受け入れ

いいえ

受講資格のある性別

全て

説明

Inclusion Criteria

  • Patients presenting with at least two congenital anomalies, with or without intellectual disability, and weighing more than 5 kg.
  • Whole-genome sequencing performed by the AURAGEN laboratory deemed non-contributive (absence of class 4 or 5 variants, or identification of a VUS, or identification of only one variant in the context of a recessive disorder).
  • Patient covered by a social security scheme.
  • Patient able to understand and to oppose participation in the study.
  • Written informed consent for genetic analyses, signed either by the patient or by their legal representatives (for minors), after clear and fair information about the study has been provided.

Non-Inclusion Criteria

  • Patients for whom a non-genetic cause (infectious, environmental, or toxic) has been previously identified.
  • Inability to obtain a compliant sample.
  • Patient or holder of parental authority under guardianship or legal protection, deprived of liberty, or placed under court-ordered protection.

研究計画

このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。

研究はどのように設計されていますか？

デザインの詳細

  • 主な目的：診断
  • 割り当て：なし
  • 介入モデル：単一グループの割り当て
  • マスキング：なし（オープンラベル）

武器と介入

参加者グループ / アーム

参加者グループ / アーム

臨床試験のプロトコルに従って、特定の介入/治療を受ける、または介入を受けない、臨床試験の参加者のグループまたはサブグループ。
介入・治療

介入・治療

臨床研究の焦点となるプロセスまたはアクション。介入には、医薬品、医療機器、処置、ワクチン、および治験中またはすでに利用可能なその他の製品が含まれます。介入には、教育や食事や運動の変更などの非侵襲的アプローチも含まれます。
実験的：先天奇形を有する患者の単一アーム
遺伝的：blood sample

A blood sample will be collected after obtaining consent from the patient and/or their legal guardians. The number of tubes required (1 to 3) will be determined according to the patient's weight, for the purpose of performing optical genome mapping and any necessary confirmatory analyses in the event that a structural variant is identified.

この研究は何を測定していますか？

主要な結果の測定

主要な結果の測定

臨床研究のプロトコルにおいて、介入/治療の効果を評価するために最も重要な、計画された結果の尺度。ほとんどの臨床研究には 1 つの主要な結果の測定値がありますが、複数の測定値を持つものもあります。
結果測定
メジャーの説明
時間枠
diagnostic yield of optical genome mapping (OGM) in multiple congenital anomalies with or without intellectual disability when whole-genome sequencing (WGS) is non-contributive
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)

Assessing the diagnostic yield of optical genome mapping (OGM) in multiple congenital anomalies with or without intellectual disability when whole-genome sequencing (WGS) is non-contributive (absence of causal genetic variation or detection of a variant of uncertain significance (VUS) or a single variant in a recessive disorder).
day 1 (inclusion and blood collection)

二次結果の測定

二次結果の測定

臨床研究のプロトコルにおいて、介入の効果を評価するための主要な結果測定ほど重要ではないが、依然として重要な計画された結果測定。ほとんどの臨床研究には、複数の副次的アウトカム指標があります。
結果測定
メジャーの説明
時間枠
新規候補遺伝子／病原性メカニズムが特定された患者数
時間枠：第1日目（組み入れおよび採血）
第1日目（組み入れおよび採血）
Number of reclassified variants intially considered as VUS (Variants of Uncertain/Unknown Signification)
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)

Assessment of the number of variants initially classified as VUS (variants of uncertain/unknown significance) that were reclassified as benign or pathogenic variants
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility (duration) of the technique in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)

Evaluation of technical duration (hours)
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility of the technique (failure) in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)

failure rate number
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility of the technique (reprocessing) in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)

reprocessing rate number
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility of the technique (interpretation) in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)

Evaluation of biological interpretation time (hours)
day 1 (inclusion and blood collection)
Assess the impact of using these new technologies on patient management.
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)

Percentage of patients for whom the OGM results led to a change in clinical management.
day 1 (inclusion and blood collection)

協力者と研究者

ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。

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研究を開始し、研究に対する権限と管理権を持つ組織または個人。
Céline PEBREL-RICHARD

捜査官

捜査官

臨床研究に携わる研究者。関連用語には、施設主任研究者、施設副調査官、研究委員長、研究責任者、および研究主任研究者が含まれます。
  • スタディチェア：Lise LACLAUTRE、University Hospital, Clermont-Ferrand

研究記録日

これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。

主要日程の研究

研究開始 (実際)

研究開始

最初の参加者が臨床試験に登録された実際の日付。 「予想される」研究開始日は、研究者が研究開始日になると考える日付です。
2025年11月18日

一次修了 (推定)

一次修了

臨床研究の最後の参加者が検査された、または主要な結果測定のための最終データを収集するための介入を受けた日付。治験がプロトコルに従って終了したか終了したかは、この日付には影響しません。完了日が異なる複数の主要評価項目を含む臨床研究の場合、この用語は、すべての主要評価項目のデータ収集が完了した日付を指します。 「予想される」一次完了日は、研究者がその研究の一次完了日になると考える日付です。
2029年11月18日

研究の完了 (推定)

研究の完了

臨床研究の最後の参加者が検査された、または介入/治療を受けて、主要な結果の尺度、副次的な結果の尺度、および有害事象の最終データを収集した日付 (つまり、最後の参加者の最後の訪問)。 「予想される」研究完了日は、研究者が研究完了日になると考える日付です。
2029年11月18日

試験登録日

最初に提出

最初に提出

治験依頼者または治験責任医師が初めて治験記録を ClinicalTrials.gov に提出した日付。通常、最初の提出日と ClinicalTrials.gov での記録の利用可能日 (最初の投稿日) の間には数日の遅延があります。
2025年12月9日

QC基準を満たした最初の提出物

QC基準を満たした最初の提出物

研究スポンサーまたは治験責任医師が、国立医学図書館 (NLM) の品質管理 (QC) 審査基準と一致する研究記録を最初に提出した日付。治験依頼者または研究者は、NLM の QC 審査基準が満たされるまでに、研究記録を 1 回または複数回修正して提出する必要がある場合があります。研究記録がNLM QC審査基準と一致していることを確認するのは、治験依頼者または治験責任医師の責任です。
2026年1月20日

最初の投稿 (実際)

最初の投稿

国立医学図書館 (NLM) の品質管理 (QC) レビューが終了した後、ClinicalTrials.gov で研究記録が最初に利用可能になった日付。通常、治験依頼者または治験責任医師が治験記録を提出した日と最初に投稿された日との間には数日の遅延があります。
2026年1月27日

学習記録の更新

投稿された最後の更新 (実際)

投稿された最後の更新

ClinicalTrials.gov で、研究記録が変更された最新の日付。研究のスポンサーまたは治験責任医師によって変更が ClinicalTrials.gov に提出されたとき (最終更新が提出された日) と最終更新が投稿された日との間に遅延が生じる場合があります。
2026年11月4日

QC基準を満たした最後の更新が送信されました

QC基準を満たした最後の更新が送信されました

治験依頼者または治験責任医師が、国立医学図書館（NLM）の品質管理（QC）審査基準と一致する治験記録の変更を提出した最新の日付。研究記録がNLM QC審査基準と一致していることを確認するのは、治験依頼者または治験責任医師の責任です。
2026年11月3日

最終確認日

最終確認日

治験依頼者または治験責任医師が、ClinicalTrials.gov で臨床治験に関する情報が正確かつ最新であることを確認した最新の日付。募集ステータスが募集中の研究の場合。まだ募集していません。過去 2 年以内に募集が確認されていない場合、研究の募集状況は不明として表示されます。
2026年11月1日

詳しくは

本研究に関する用語

キーワード

追加の関連 MeSH 用語

その他の研究ID番号

その他の研究ID番号

NCT 番号以外の識別子または ID 番号で、治験依頼者、資金提供者、その他によって臨床治験に割り当てられたもの。これらの番号には、他の治験登録機関や国立衛生研究所の助成金番号からの一意の識別子が含まれる場合があります。
  • AOI 2024 PEBREL-RICHARD

個々の参加者データ (IPD) の計画

個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?

いいえ

医薬品およびデバイス情報、研究文書

米国FDA規制医薬品の研究

いいえ

米国FDA規制機器製品の研究

いいえ

この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。

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