Deze pagina is automatisch vertaald en de nauwkeurigheid van de vertaling kan niet worden gegarandeerd. Raadpleeg de Engelse versie voor een brontekst.

Bijdrage van Optical Genome Mapping (OGM) bij de Diagnose van Meerdere Aangeboren Afwijkingen met of zonder Verstandelijke Beperking zonder Genetische Afwijking (CARTOGEN-N)

3 november 2026 bijgewerkt door: Céline PEBREL-RICHARD

CARTOGEN-N_Bijdrage van Optisch Genoom Mapping (OGM) bij de Diagnose van Meerdere Aangeboren Afwijkingen Met of Zonder Verstandelijke Beperking Zonder Genetische Afwijking Gedetecteerd door Whole Genome Sequencing

Congenital malformations result from an embryonic or foetal developmental disorder (DD) affecting one or more systems (cardiac, skeletal, nervous, etc.). These are referred to as multiple congenital anomalies (MCAs). They may be associated with an intellectual disability (ID)1.

Chromosomal analysis on Chromosomal Microarray Analysis (CMA) and gene panels or exome sequencing are the respective gold standard methods for chromosomal and molecular diagnosis of DD respectively2. In cases where no diagnosis is established after these first-line tests, short-read whole genome sequencing (WGS), via the Plan France Medicine Genomic 2020-2025 (AURAGEN), may be considered. This approach allows for diagnosis in nearly 40% of patients with DD3,4. However, many patients remain in diagnostic deadlock, likely due to the technical limitations of these methods, which potentially be overcome by emerging methodologies such as optical genome mapping (OGM)5,6,7,8,9. The investigators propose to systematically perform OGM in 30 patients presenting with MCA+/-ID who have inconclusive WGS result10.

The main objective is to assess the contribution of OGM in identifying structural variants not detected or poorly characterised by WGS in this clinical context. This work will also contribute to the ongoing of OGM in routine diagnostics and determine its role in the overall genetic diagnosis of MCA+/-ID. Additionally it may lead to the identification of new candidate genes and/or mechanisms of pathogenicity. If the results are promising, further clinical could expand this preliminary work into a larger-scale project. Improving the genetic diagnosis of DD should enhance the medical management of patients, currently in diagnostic deadlock, and their families.

Studie Overzicht

Toestand

Toestand

Geeft de huidige wervingsstatus of de uitgebreide toegangsstatus aan.
Werving

Conditie

Conditie

De ziekte, stoornis, syndroom, aandoening of verwonding die wordt bestudeerd. Op ClinicalTrials.gov kunnen aandoeningen ook andere gezondheidsgerelateerde problemen omvatten, zoals levensduur, kwaliteit van leven en gezondheidsrisico's.

Interventie / Behandeling

Interventie / Behandeling

Een proces of actie die centraal staat in een klinische studie. Interventies omvatten medicijnen, medische hulpmiddelen, procedures, vaccins en andere producten die in onderzoek zijn of al beschikbaar zijn. Interventies kunnen ook niet-invasieve benaderingen omvatten, zoals onderwijs of het aanpassen van voeding en lichaamsbeweging.

Gedetailleerde beschrijving

Study Workflow

Pre-analytical Phase

Participation in the study will be offered to all patients meeting the inclusion and non-inclusion criteria by an investigator from the Department of Genetics, during a medical consultation in which the non-contributive whole-genome sequencing (WGS) result will have been communicated (Figure 1). Information regarding the study procedures and objectives will be provided at that time. The information sheet and consent form will be given to the patient (if an adult) or to the holders of parental authority (if the patient is a minor). After obtaining consent for both the genetic investigations and participation in the research project, the patient may be enrolled in the study. Blood samples required for the study will be collected, transferred to the laboratory, and secured for analysis according to the following protocol:

Patient > 20 kg:

2 × 5 mL EDTA blood tubes

  1. × 5 mL heparinized blood tube

    Patient 12-20 kg:

  2. × 5 mL EDTA blood tubes

Patient 5-12 kg:

1 × 5 mL EDTA blood tube

Samples will be sent to the Cytogenetics Department, where they will be pseudonymized and secured. At least three aliquots of 1.5 mL EDTA blood and the remaining volume will be frozen at -80 °C for DNA extraction and long-fragment DNA extraction. A cell culture (peripheral blood lymphocytes) will also be performed to obtain a fixed chromosomal pellet from the heparinized tube, when available. If the heparinized sample is not available and the results of optical genome mapping require confirmation of a chromosomal abnormality by karyotype or FISH (i.e., contributive result), a second blood draw will be proposed during the clinical results-return consultation.

Analysis Frozen samples from the Cytogenetics Department of Clermont-Ferrand University Hospital (one per patient) will be transferred via TSE to the Department of Genetics at Reims University Hospital, designated to perform optical genome mapping while awaiting installation of the Saphyr scanner at Clermont-Ferrand University Hospital (DAN 2025 application).

Extraction, labeling, and imaging of long DNA molecules will be performed using the manufacturer's kits, following the provided instructions.

Results and Interpretation

Raw data will be analyzed and validated by cytogeneticists at Reims University Hospital using Bionano Access and Solve® software. Data will also be securely shared with the project lead, responsible for:

Performing a second independent analysis (with Bionano Access and Solve, available in the Cytogenetics Department), leveraging expertise acquired through participation in previous projects.

Providing final interpretation of results and disseminating clinically relevant findings for patient management.

Each sample will therefore benefit from dual review and dual expertise, ensuring the reliability of the results.

Parental segregation studies may be proposed to facilitate biological interpretation. If needed, collection of parental samples and consent procedures will be coordinated by the Department of Medical Genetics at Clermont-Ferrand University Hospital. Conclusive results will be communicated to the clinician who prescribed the WGS for patient management and genetic counselling.

Studietype

Studietype

Beschrijft de aard van een klinische studie. Onderzoekstypen omvatten interventionele studies (ook wel klinische studies genoemd), observationele studies (inclusief patiëntenregistraties) en uitgebreide toegang.
Ingrijpend

Inschrijving (Geschat)

Inschrijving

Het aantal deelnemers aan een klinische studie. De "verwachte" inschrijving is het beoogde aantal deelnemers dat de onderzoekers nodig hebben voor het onderzoek.
55

Fase

Fase

De fase van een klinische proef waarin een medicijn of biologisch product wordt bestudeerd, gebaseerd op definities die zijn ontwikkeld door de Amerikaanse Food and Drug Administration (FDA). De fase is gebaseerd op het doel van het onderzoek, het aantal deelnemers en andere kenmerken. Er zijn vijf fasen: vroege fase 1 (voorheen vermeld als fase 0), fase 1, fase 2, fase 3 en fase 4. Niet van toepassing wordt gebruikt om onderzoeken te beschrijven zonder door de FDA gedefinieerde fasen, inclusief onderzoeken van apparaten of gedragsinterventies.
  • Niet toepasbaar

Contacten en locaties

In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.

Studiecontact

Studiecontact

De naam en contactgegevens van de persoon die inschrijvingsvragen voor een klinische studie kan beantwoorden. Ook kan elke locatie waar het onderzoek wordt uitgevoerd een specifieke contactpersoon hebben, die die vragen wellicht beter kan beantwoorden.

Studie Locaties

Deelname Criteria

Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.

Geschiktheidscriteria

Geschiktheidscriteria

De belangrijkste eisen waaraan mensen die willen deelnemen aan een klinische studie moeten voldoen of de eigenschappen die ze moeten hebben. Geschiktheidscriteria bestaan ​​uit zowel inclusiecriteria (die vereist zijn voor een persoon om deel te nemen aan het onderzoek) als uitsluitingscriteria (die voorkomen dat een persoon deelneemt). Soorten geschiktheidscriteria zijn onder meer of een onderzoek gezonde vrijwilligers accepteert, leeftijds- of leeftijdsgroepvereisten heeft, of wordt beperkt door geslacht.

Leeftijden die in aanmerking komen voor studie

  • Kind
  • Volwassen
  • Oudere volwassene

Accepteert gezonde vrijwilligers

Nee

Geslachten die in aanmerking komen voor studie

Allemaal

Beschrijving

Inclusion Criteria

  • Patients presenting with at least two congenital anomalies, with or without intellectual disability, and weighing more than 5 kg.
  • Whole-genome sequencing performed by the AURAGEN laboratory deemed non-contributive (absence of class 4 or 5 variants, or identification of a VUS, or identification of only one variant in the context of a recessive disorder).
  • Patient covered by a social security scheme.
  • Patient able to understand and to oppose participation in the study.
  • Written informed consent for genetic analyses, signed either by the patient or by their legal representatives (for minors), after clear and fair information about the study has been provided.

Non-Inclusion Criteria

  • Patients for whom a non-genetic cause (infectious, environmental, or toxic) has been previously identified.
  • Inability to obtain a compliant sample.
  • Patient or holder of parental authority under guardianship or legal protection, deprived of liberty, or placed under court-ordered protection.

Studie plan

Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.

Hoe is de studie opgezet?

Ontwerpdetails

  • Primair doel: Diagnostisch
  • Toewijzing: NVT
  • Interventioneel model: Opdracht voor een enkele groep
  • Masker: Geen (open label)

Wapens en interventies

Deelnemersgroep / Arm

Deelnemersgroep / Arm

Een groep of subgroep van deelnemers aan een klinische studie die een specifieke interventie/behandeling krijgt, of geen interventie, volgens het protocol van de studie.
Interventie / Behandeling

Interventie / Behandeling

Een proces of actie die centraal staat in een klinische studie. Interventies omvatten medicijnen, medische hulpmiddelen, procedures, vaccins en andere producten die in onderzoek zijn of al beschikbaar zijn. Interventies kunnen ook niet-invasieve benaderingen omvatten, zoals onderwijs of het aanpassen van voeding en lichaamsbeweging.
Experimenteel: één arm van patiënten met aangeboren afwijkingen
Genetisch: blood sample

A blood sample will be collected after obtaining consent from the patient and/or their legal guardians. The number of tubes required (1 to 3) will be determined according to the patient's weight, for the purpose of performing optical genome mapping and any necessary confirmatory analyses in the event that a structural variant is identified.

Wat meet het onderzoek?

Primaire uitkomstmaten

Primaire uitkomstmaten

In het protocol van een klinische studie, de geplande uitkomstmaat die het belangrijkst is voor het evalueren van het effect van een interventie/behandeling. De meeste klinische onderzoeken hebben één primaire uitkomstmaat, maar sommige hebben er meer dan één.
Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
diagnostic yield of optical genome mapping (OGM) in multiple congenital anomalies with or without intellectual disability when whole-genome sequencing (WGS) is non-contributive
Tijdsspanne: day 1 (inclusion and blood collection)

Assessing the diagnostic yield of optical genome mapping (OGM) in multiple congenital anomalies with or without intellectual disability when whole-genome sequencing (WGS) is non-contributive (absence of causal genetic variation or detection of a variant of uncertain significance (VUS) or a single variant in a recessive disorder).
day 1 (inclusion and blood collection)

Secundaire uitkomstmaten

Secundaire uitkomstmaten

In het protocol van een klinische studie, een geplande uitkomstmaat die niet zo belangrijk is als de primaire uitkomstmaat voor het evalueren van het effect van een interventie, maar die nog steeds van belang is. De meeste klinische onderzoeken hebben meer dan één secundaire uitkomstmaat.
Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Aantal patiënten bij wie een nieuw kandidaatgen/pathogeen mechanisme wordt geïdentificeerd
Tijdsspanne: dag 1 (inclusie en bloedafname)
dag 1 (inclusie en bloedafname)
Number of reclassified variants intially considered as VUS (Variants of Uncertain/Unknown Signification)
Tijdsspanne: day 1 (inclusion and blood collection)

Assessment of the number of variants initially classified as VUS (variants of uncertain/unknown significance) that were reclassified as benign or pathogenic variants
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility (duration) of the technique in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
Tijdsspanne: day 1 (inclusion and blood collection)

Evaluation of technical duration (hours)
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility of the technique (failure) in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
Tijdsspanne: day 1 (inclusion and blood collection)

failure rate number
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility of the technique (reprocessing) in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
Tijdsspanne: day 1 (inclusion and blood collection)

reprocessing rate number
day 1 (inclusion and blood collection)
Evaluation of the feasibility of the technique (interpretation) in current practice in 1st-line, 2nd-line (after routine tests such as chromosomal microarray, exome sequencing…), or 3rd-line in the case of non-contributive WGS based on several criteria
Tijdsspanne: day 1 (inclusion and blood collection)

Evaluation of biological interpretation time (hours)
day 1 (inclusion and blood collection)
Assess the impact of using these new technologies on patient management.
Tijdsspanne: day 1 (inclusion and blood collection)

Percentage of patients for whom the OGM results led to a change in clinical management.
day 1 (inclusion and blood collection)

Medewerkers en onderzoekers

Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.

Sponsor

Sponsor

De organisatie of persoon die het onderzoek initieert en die autoriteit en controle heeft over het onderzoek.
Céline PEBREL-RICHARD

Onderzoekers

Onderzoekers

Een onderzoeker die betrokken is bij een klinische studie. Verwante termen zijn onder meer hoofdonderzoeker van de locatie, subonderzoeker van de locatie, onderzoeksvoorzitter, onderzoeksleider en hoofdonderzoeker van de studie.
  • Studie stoel: Lise LACLAUTRE, University Hospital, Clermont-Ferrand

Studie record data

Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.

Bestudeer belangrijke data

Studie start (Werkelijk)

Studie start

De daadwerkelijke datum waarop de eerste deelnemer aan een klinische studie deelnam. De "verwachte" startdatum van de studie is de datum waarvan de onderzoekers denken dat deze de startdatum van de studie zal zijn.
18 november 2025

Primaire voltooiing (Geschat)

Primaire voltooiing

De datum waarop de laatste deelnemer aan een klinische studie is onderzocht of een interventie heeft ondergaan om definitieve gegevens voor de primaire uitkomstmaat te verzamelen. Of de klinische studie volgens het protocol is beëindigd of is beëindigd, heeft geen invloed op deze datum. Voor klinische onderzoeken met meer dan één primaire uitkomstmaat met verschillende voltooiingsdata verwijst deze term naar de datum waarop de gegevensverzameling voor alle primaire uitkomstmaten is voltooid. De "verwachte" primaire voltooiingsdatum is de datum waarvan de onderzoekers denken dat deze de primaire voltooiingsdatum voor het onderzoek zal zijn.
18 november 2029

Studie voltooiing (Geschat)

Studie voltooiing

De datum waarop de laatste deelnemer aan een klinisch onderzoek is onderzocht of een interventie/behandeling heeft ondergaan om definitieve gegevens te verzamelen voor de primaire uitkomstmaten, secundaire uitkomstmaten en bijwerkingen (d.w.z. het laatste bezoek van de laatste deelnemer). De "verwachte" voltooiingsdatum van de studie is de datum waarvan de onderzoekers denken dat deze de voltooiingsdatum van de studie zal zijn.
18 november 2029

Studieregistratiedata

Eerst ingediend

Eerst ingediend

De datum waarop de onderzoekssponsor of onderzoeker voor het eerst een onderzoeksdossier heeft ingediend bij ClinicalTrials.gov. Er is meestal een vertraging van een paar dagen tussen de eerste ingediende datum en de beschikbaarheid van het dossier op ClinicalTrials.gov (de eerste geposte datum).
9 december 2025

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

De datum waarop de onderzoekssponsor of onderzoeker voor het eerst een onderzoeksdossier indient dat consistent is met de beoordelingscriteria voor kwaliteitscontrole (QC) van de National Library of Medicine (NLM). De sponsor of onderzoeker moet mogelijk een of meerdere keren een onderzoeksdossier herzien en indienen voordat aan de QC-beoordelingscriteria van NLM wordt voldaan. Het is de verantwoordelijkheid van de sponsor of onderzoeker om ervoor te zorgen dat het onderzoeksdossier consistent is met de NLM QC-beoordelingscriteria.
20 januari 2026

Eerst geplaatst (Werkelijk)

Eerst geplaatst

De datum waarop het onderzoeksdossier voor het eerst beschikbaar was op ClinicalTrials.gov nadat de beoordeling van de kwaliteitscontrole (QC) van de National Library of Medicine (NLM) is afgerond. Er is meestal een vertraging van een paar dagen tussen de datum waarop de onderzoekssponsor of onderzoeker het onderzoeksdossier heeft ingediend en de eerste geposte datum.
27 januari 2026

Updates van studierecords

Laatste update geplaatst (Werkelijk)

Laatste update geplaatst

De meest recente datum waarop wijzigingen in een onderzoeksdossier beschikbaar zijn gemaakt op ClinicalTrials.gov. Er kan een vertraging optreden tussen het moment waarop de wijzigingen zijn ingediend bij ClinicalTrials.gov door de sponsor of onderzoeker van het onderzoek (de datum waarop de laatste update is ingediend) en de datum waarop de laatste update is gepost.
4 november 2026

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

De meest recente datum waarop de onderzoekssponsor of onderzoeker wijzigingen in een onderzoeksdossier heeft ingediend die in overeenstemming zijn met de beoordelingscriteria voor kwaliteitscontrole (QC) van de National Library of Medicine (NLM). Het is de verantwoordelijkheid van de sponsor of onderzoeker om ervoor te zorgen dat het onderzoeksdossier consistent is met de NLM QC-beoordelingscriteria.
3 november 2026

Laatst geverifieerd

Laatst geverifieerd

De meest recente datum waarop de onderzoekssponsor of onderzoeker de informatie over een klinisch onderzoek op ClinicalTrials.gov als nauwkeurig en actueel heeft bevestigd. Indien een studie met een wervingsstatus van werving; nog niet aan het werven; of actief, geen rekrutering is niet bevestigd in de afgelopen 2 jaar, de rekruteringsstatus van de studie wordt weergegeven als onbekend.
1 november 2026

Meer informatie

Termen gerelateerd aan deze studie

Trefwoorden

Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden

Andere studie-ID-nummers

Andere studie-ID-nummers

Identificatoren of ID-nummers anders dan het NCT-nummer die aan een klinisch onderzoek zijn toegewezen door de sponsor, financiers of anderen van het onderzoek. Deze nummers kunnen unieke identificatoren van andere onderzoeksregisters en subsidienummers van de National Institutes of Health bevatten.
  • AOI 2024 PEBREL-RICHARD

Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)

Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?

NEE

Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel

Nee

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct

Nee

Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .

Cookie-instellingen

We gebruiken cookies om ervoor te zorgen dat we u de beste ervaring op onze website bieden. Lees ons privacy- en cookiebeleid voor meer informatie. ...>>>U kunt uw voorkeuren op elk moment wijzigen of uw toestemming intrekken door de cookies van uw website of computer te verwijderen zoals beschreven in het beleid. Accepteer het en kies uw voorkeuren door de overeenkomstige vakjes aan te vinken in het gedeelte "Instellingen beheren" hieronder. Lees onze Servicevoorwaarden zorgvuldig door voordat u verder gaat met het gebruiken van enig onderdeel van deze website.
«Beheer instellingen