Beitrag der optischen Genomkartierung (OGM) zur Diagnose multipler kongenitaler Fehlbildungen mit oder ohne intellektuelle Beeinträchtigung ohne genetische Anomalie (CARTOGEN-N)
CARTOGEN-N_Beitrag des optischen Genommappings (OGM) zur Diagnose multipler angeborener Fehlbildungen mit oder ohne geistige Behinderung ohne durch Ganzgenomsequenzierung festgestellte genetische Anomalie
Angeborene Fehlbildungen resultieren aus einer embryonalen oder fötalen Entwicklungsstörung (DD), die ein oder mehrere Systeme (kardial, skelettal, nervös usw.) betrifft. Diese werden als multiple angeborene Anomalien (MCAs) bezeichnet. Sie können mit einer intellektuellen Beeinträchtigung (ID)1 assoziiert sein.
Chromosomenanalyse mittels Chromosomal Microarray Analysis (CMA) sowie Genpanels oder Exomsequenzierung sind die jeweiligen Goldstandardmethoden für die chromosomale bzw. molekulare Diagnose von DD2. In Fällen, in denen nach diesen Erstlinientests keine Diagnose gestellt wird, kann die Kurzlese-Ganzgenomsequenzierung (WGS) über das Plan France Medicine Genomic 2020-2025 (AURAGEN) in Betracht gezogen werden. Dieser Ansatz ermöglicht eine Diagnose bei fast 40 % der Patienten mit DD3,4. Dennoch verbleiben viele Patienten in einer diagnostischen Sackgasse, wahrscheinlich aufgrund der technischen Grenzen dieser Methoden, die möglicherweise durch neuartige Methoden wie optisches Genom-Mapping (OGM)5,6,7,8,9 überwunden werden können. Die Untersucher schlagen vor, bei 30 Patienten mit MCA+/-ID und unklarem WGS-Ergebnis10 systematisch OGM durchzuführen.
Das Hauptziel ist, den Beitrag von OGM zur Identifizierung struktureller Varianten zu bewerten, die durch WGS in diesem klinischen Kontext nicht erkannt oder unzureichend charakterisiert werden. Diese Arbeit wird auch zur laufenden Etablierung von OGM in der Routinediagnostik beitragen und seine Rolle in der umfassenden genetischen Diagnose von MCA+/-ID bestimmen. Zusätzlich könnte sie zur Identifizierung neuer Kandidatengene und/oder Pathogenitätsmechanismen führen. Wenn die Ergebnisse vielversprechend sind, könnten weitere klinische Studien diese Vorarbeit zu einem größeren Projekt ausweiten. Die Verbesserung der genetischen Diagnose von DD sollte das medizinische Management von Patienten, die sich derzeit in einer diagnostischen Sackgasse befinden, und ihrer Familien verbessern.
Studienübersicht
Status
Status
Bedingungen
Bedingungen
Intervention / Behandlung
Intervention / Behandlung
Detaillierte Beschreibung
Studienablauf
Präanalytische Phase
Die Teilnahme an der Studie wird allen Patienten angeboten, die die Ein- und Ausschlusskriterien erfüllen, durch einen Untersucher der Abteilung für Genetik während einer medizinischen Beratung, in der das nicht-beitragende Ergebnis der Ganzgenomsequenzierung (WGS) mitgeteilt wird (Abbildung 1). Informationen zu den Studienverfahren und -zielen werden zu diesem Zeitpunkt bereitgestellt. Das Informationsblatt und die Einwilligungserklärung werden dem Patienten (falls erwachsen) oder den Inhabern der elterlichen Sorge (falls der Patient minderjährig ist) ausgehändigt. Nach Erhalt der Einwilligung sowohl für die genetischen Untersuchungen als auch für die Teilnahme am Forschungsprojekt kann der Patient in die Studie aufgenommen werden. Die für die Studie erforderlichen Blutproben werden entnommen, ins Labor überführt und gemäß folgendem Protokoll für die Analyse gesichert:
Patient > 20 kg:
2 × 5 mL EDTA-Blutröhrchen
× 5 mL heparinisiertes Blutröhrchen
Patient 12–20 kg:
- × 5 mL EDTA-Blutröhrchen
Patient 5–12 kg:
1 × 5 mL EDTA-Blutröhrchen
Die Proben werden an die Abteilung für Zytogenetik geschickt, wo sie pseudonymisiert und gesichert werden. Mindestens drei Aliquots von 1,5 mL EDTA-Blut und das verbleibende Volumen werden bei -80 °C eingefroren, um DNA-Extraktion und Extraktion von Langfragment-DNA durchzuführen. Es wird auch eine Zellkultur (periphere Blutlymphozyten) angelegt, um aus dem heparinisierten Röhrchen, falls verfügbar, ein fixiertes Chromosomenpellet zu gewinnen. Wenn die heparinisierten Proben nicht verfügbar sind und die Ergebnisse der optischen Genomkartierung eine Bestätigung einer chromosomalen Anomalie durch Karyotyp oder FISH erfordern (d.h., ein beitragendes Ergebnis), wird während der klinischen Ergebnisrückgabeberatung eine zweite Blutentnahme vorgeschlagen.
Analyse Eingefrorene Proben aus der Zytogenetikabteilung des Universitätsklinikums Clermont-Ferrand (eine pro Patient) werden per TSE an die Genetikabteilung des Universitätsklinikums Reims überführt, die für die Durchführung der optischen Genomkartierung bestimmt ist, während die Installation des Saphyr-Scanners am Universitätsklinikum Clermont-Ferrand abgewartet wird (Bewerbung DAN 2025).
Extraktion, Markierung und Bildgebung langer DNA-Moleküle werden mit den Herstellerkits gemäß den bereitgestellten Anweisungen durchgeführt.
Ergebnisse und Interpretation
Die Rohdaten werden von Zytogenetikern des Universitätsklinikums Reims mit Bionano Access und Solve® Software analysiert und validiert. Die Daten werden auch sicher mit dem Projektleiter geteilt, der für Folgendes verantwortlich ist:
Durchführung einer zweiten unabhängigen Analyse (mit Bionano Access und Solve, verfügbar in der Zytogenetikabteilung), unter Nutzung der durch die Teilnahme an früheren Projekten erworbenen Expertise.
Bereitstellung der endgültigen Interpretation der Ergebnisse und Verbreitung klinisch relevanter Befunde für das Patientenmanagement.
Jede Probe profitiert somit von einer doppelten Überprüfung und doppelten Expertise, was die Zuverlässigkeit der Ergebnisse gewährleistet.
Elterliche Segregationsstudien können vorgeschlagen werden, um die biologische Interpretation zu erleichtern. Bei Bedarf werden die Sammlung von Elternproben und Einwilligungsverfahren von der Abteilung für Medizinische Genetik am Universitätsklinikum Clermont-Ferrand koordiniert. Schlüssige Ergebnisse werden dem Kliniker mitgeteilt, der die WGS für das Patientenmanagement und die genetische Beratung veranlasst hat.
Studientyp
Studientyp
Einschreibung (Geschätzt)
Einschreibung
Phase
Phase
- Unzutreffend
Kontakte und Standorte
Studienkontakt
Studienkontakt
- Name: Lise Laclautre
- Telefonnummer: +33473754963
- E-Mail: promo_interne_drci@chu-clermontferrand.fr
Studienorte
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Clermont-Ferrand, Frankreich
- Rekrutierung
- CHU clermont-ferrand
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Kontakt:
- Lise Laclautre
- Telefonnummer: +33473754963
- E-Mail: promo_interne_drci@chu-clermontferrand.fr
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Hauptermittler:
- Céline PEBREL-RICHARD
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Teilnahmekriterien
Zulassungskriterien
Zulassungskriterien
Studienberechtigtes Alter
- Kind
- Erwachsene
- Älterer Erwachsener
Akzeptiert gesunde Freiwillige
Beschreibung
Einschlusskriterien
- Patienten mit mindestens zwei angeborenen Anomalien, mit oder ohne geistiger Behinderung, und einem Gewicht von mehr als 5 kg.
- Ganzgenomsequenzierung durch das AURAGEN-Labor, die als nicht beitragend eingestuft wurde (Fehlen von Klasse-4- oder Klasse-5-Varianten, Identifizierung einer VUS oder Identifizierung nur einer Variante im Kontext einer rezessiven Erkrankung).
- Patient, der durch ein Sozialversicherungssystem abgedeckt ist.
- Patient in der Lage, die Teilnahme an der Studie zu verstehen und zu widersprechen.
- Schriftliche Einwilligungserklärung für genetische Analysen, unterzeichnet entweder vom Patienten oder von seinen gesetzlichen Vertretern (für Minderjährige), nachdem klare und faire Informationen über die Studie bereitgestellt wurden.
Nicht-Einschlusskriterien
- Patienten, bei denen zuvor eine nicht-genetische Ursache (infektiös, umweltbedingt oder toxisch) identifiziert wurde.
- Unmöglichkeit, eine konforme Probe zu erhalten.
- Patient oder Inhaber der elterlichen Autorität unter Vormundschaft oder rechtlichem Schutz, der Freiheit beraubt oder unter gerichtlich angeordnetem Schutz steht.
Studienplan
Wie ist die Studie aufgebaut?
Designdetails
- Hauptzweck: Diagnose
- Zuteilung: N / A
- Interventionsmodell: Einzelgruppenzuweisung
- Maskierung: Keine (Offenes Etikett)
Anzahl der Arme
Waffen und Interventionen
Teilnehmergruppe / ArmTeilnehmergruppe / Arm |
Intervention / BehandlungIntervention / Behandlung |
|---|---|
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Experimental: einarmige Studie mit Patienten mit angeborenen Fehlbildungen
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Eine Blutprobe wird nach Einholung der Einwilligung des Patienten und/oder seiner gesetzlichen Vertreter entnommen.
Die Anzahl der benötigten Röhrchen (1 bis 3) wird entsprechend dem Gewicht des Patienten bestimmt, um optische Genomkartierung und eventuell erforderliche Bestätigungsanalysen durchzuführen, falls eine strukturelle Variante identifiziert wird.
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Was misst die Studie?
Primäre Ergebnismessungen
Primäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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diagnostische Ausbeute der optischen Genomkartierung (OGM) bei multiplen angeborenen Anomalien mit oder ohne geistiger Behinderung, wenn die Whole-Genome-Sequenzierung (WGS) nicht beitragend ist
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewertung der diagnostischen Ausbeute von optischem Genom-Mapping (OGM) bei multiplen kongenitalen Anomalien mit oder ohne intellektuelle Beeinträchtigung, wenn die Ganzgenomsequenzierung (WGS) nicht beitragend ist (Fehlen kausaler genetischer Variationen oder Nachweis einer Variante unklarer Signifikanz (VUS) oder einer einzelnen Variante bei einer rezessiven Erkrankung).
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Sekundäre Ergebnismessungen
Sekundäre Ergebnismessungen
Ergebnis Maßnahme |
Maßnahmenbeschreibung |
Zeitfenster |
|---|---|---|
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Anzahl der neu klassifizierten Varianten, die ursprünglich als VUS (Variants of Uncertain/Unknown Signification) eingestuft wurden
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewertung der Anzahl von Varianten, die ursprünglich als VUS (Variants of Uncertain/Unknown Significance, Varianten mit unklarer/unbekannter Signifikanz) klassifiziert wurden und als benigne oder pathogene Varianten neu klassifiziert wurden
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Anzahl der Patienten, bei denen ein neues Kandidatengen/pathogener Mechanismus identifiziert wird
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewertung der Machbarkeit (Dauer) der Technik in der aktuellen Praxis in der 1. Linie, 2. Linie (nach routinemäßigen Tests wie chromosomaler Mikroarray, Exomsequenzierung…) oder 3. Linie im Falle von nicht beitragender Ganzgenomsequenzierung basierend auf mehreren Kriterien
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewertung der technischen Dauer (Stunden)
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewertung der Machbarkeit der Technik (Misserfolg) in der aktuellen Praxis in der 1. Linie, 2. Linie (nach Routineuntersuchungen wie chromosomalem Mikroarray, Exom-Sequenzierung…) oder 3. Linie im Falle eines nicht beitragenden WGS basierend auf mehreren Kriterien
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Fehlerrate Nummer
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewertung der Machbarkeit der Technik (Nachbearbeitung) in der aktuellen Praxis in der 1. Linie, 2. Linie (nach routinemäßigen Tests wie Chromosomen-Mikroarray, Exom-Sequenzierung…) oder 3. Linie im Falle eines nicht beitragenden Ganzgenomsequenzierung basierend auf mehreren Kriterien
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Reprocessing-Rate-Nummer
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewertung der Durchführbarkeit der Technik (Interpretation) in der aktuellen Praxis als Erstlinien-, Zweitlinien- (nach Routineuntersuchungen wie chromosomalem Mikroarray, Exomsequenzierung…) oder Drittlinienverfahren bei nicht aussagekräftiger Ganzgenomsequenzierung basierend auf mehreren Kriterien
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Auswertung der biologischen Interpretationszeit (Stunden)
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Bewerten Sie die Auswirkungen des Einsatzes dieser neuen Technologien auf das Patientenmanagement.
Zeitfenster: Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Prozentsatz der Patienten, bei denen die OGM-Ergebnisse zu einer Änderung des klinischen Managements führten.
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Tag 1 (Einschluss und Blutentnahme)
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Mitarbeiter und Ermittler
Sponsor
Sponsor
Ermittler
Ermittler
- Studienstuhl: Lise Laclautre, University Hospital, Clermont-Ferrand
Studienaufzeichnungsdaten
Haupttermine studieren
Studienbeginn (Tatsächlich)
Studienbeginn
Primärer Abschluss (Geschätzt)
Primärer Abschluss
Studienabschluss (Geschätzt)
Studienabschluss
Studienanmeldedaten
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst eingereicht, das die QC-Kriterien erfüllt hat
Zuerst gepostet (Tatsächlich)
Zuerst gepostet
Studienaufzeichnungsaktualisierungen
Letztes Update gepostet (Tatsächlich)
Letztes Update gepostet
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Letztes eingereichtes Update, das die QC-Kriterien erfüllt
Zuletzt verifiziert
Zuletzt verifiziert
Mehr Informationen
Begriffe im Zusammenhang mit dieser Studie
Schlüsselwörter
Zusätzliche relevante MeSH-Bedingungen
Andere Studien-ID-Nummern
Andere Studien-ID-Nummern
- AOI 2024 PEBREL-RICHARD
Plan für individuelle Teilnehmerdaten (IPD)
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Arzneimittel- und Geräteinformationen, Studienunterlagen
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Arzneimittelprodukt
Studiert ein von der US-amerikanischen FDA reguliertes Geräteprodukt
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