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遺伝的異常のない知的障害の有無を伴う多発性先天性奇形の診断における光学ゲノムマッピング（OGM）の貢献 (CARTOGEN-N)

2026年1月20日 更新者：Céline PEBREL-RICHARD

CARTOGEN-N_全ゲノムシークエンシングで遺伝子異常が検出されなかった、知的障害を伴うまたは伴わない多発性先天性奇形の診断における光学的ゲノムマッピング（OGM）の貢献

先天性奇形は、1つ以上のシステム（心臓、骨格、神経など）に影響を与える胚または胎児の発達障害（DD）に起因します。 これらは多発性先天性奇形（MCA）と呼ばれます。 これらは知的障害（ID）と関連している場合があります1。

染色体マイクロアレイ解析（CMA）および遺伝子パネルまたはエクソームシーケンシングは、それぞれDDの染色体および分子診断のそれぞれのゴールドスタンダード手法です2。 これらの第一線検査後に診断が確立されない場合、Plan France Medicine Genomic 2020-2025（AURAGEN）を介したショートリード全ゲノムシーケンシング（WGS）が考慮される場合があります。 このアプローチにより、DDを持つ患者の約40％で診断が可能になります3,4。 しかしながら、多くの患者が診断の行き詰まりに陥っており、これはこれらの手法の技術的限界による可能性があり、光学ゲノムマッピング（OGM）などの新興手法によって克服される可能性があります5,6,7,8,9。 研究者は、WGS結果が決定的でないMCA+/-IDを呈する30人の患者に対して、OGMを体系的に実施することを提案します10。

主な目的は、この臨床的状況においてWGSで検出されなかった、または十分に特徴付けられなかった構造バリアントを特定する上でのOGMの貢献を評価することです。 この研究は、日常診断におけるOGMの継続的な発展にも貢献し、MCA+/-IDの全体的な遺伝子診断におけるその役割を決定します。 さらに、新しい候補遺伝子および/または病原性のメカニズムの同定につながる可能性があります。 結果が有望であれば、さらなる臨床研究により、この予備的研究を大規模プロジェクトに拡大することができます。 DDの遺伝子診断の改善は、現在診断の行き詰まりに陥っている患者とその家族の医療管理を強化するはずです。

調査の概要

状態

募集

条件

介入・治療

詳細な説明

研究ワークフロー

前分析フェーズ

非寄与的全ゲノムシーケンス（WGS）の結果が伝えられた医療相談（図1）において、遺伝学部の研究者により、適格基準を満たし非適格基準に該当しない全ての患者に対し、研究への参加が提案されます。 研究手順と目的に関する情報はその際に提供されます。 情報シートと同意書は、患者（成人の場合）または親権者（患者が未成年の場合）に渡されます。 遺伝学的検査および研究プロジェクトへの参加の両方に対する同意を得た後、患者は研究に登録される可能性があります。 研究に必要な血液サンプルは、以下のプロトコルに従って収集され、研究室に移送され、分析のために保管されます：

患者 > 20 kg：

2 × 5 mL EDTA採血管

  1. × 5 mL ヘパリン採血管

    患者 12-20 kg：

  2. × 5 mL EDTA採血管

患者 5-12 kg：

1 × 5 mL EDTA採血管

サンプルは細胞遺伝学部に送られ、匿名化され保管されます。 DNA抽出および長鎖DNA抽出のために、少なくとも1.5 mL EDTA血液の3つの分注と残量が-80°Cで凍結されます。 入手可能な場合、ヘパリン採血管から固定染色体ペレットを得るために、細胞培養（末梢血リンパ球）も行われます。 ヘパリンサンプルが利用できず、光学的ゲノムマッピングの結果が核型またはFISHによる染色体異常の確認を必要とする場合（すなわち、寄与的な結果）、臨床結果返却相談時に2回目の採血が提案されます。

分析 クレルモン＝フェラン大学病院細胞遺伝学部の凍結サンプル（患者1人につき1つ）は、TSEを介してランス大学病院遺伝学部に移送され、クレルモン＝フェラン大学病院へのSaphyrスキャナーの設置待ち（DAN 2025申請）の間、光学的ゲノムマッピングを実施するために指定されます。

長鎖DNA分子の抽出、標識、およびイメージングは、提供された指示に従って、メーカーのキットを使用して行われます。

結果と解釈

生データは、ランス大学病院の細胞遺伝学者によってBionano AccessおよびSolve®ソフトウェアを使用して分析および検証されます。 データはまた、以下の責任を負うプロジェクトリーダーと安全に共有されます：

2回目の独立した分析（細胞遺伝学部で利用可能なBionano AccessおよびSolveを使用）を実施し、以前のプロジェクトへの参加を通じて得られた専門知識を活用する。

結果の最終解釈を提供し、患者管理のための臨床的に関連性のある所見を普及させる。

したがって、各サンプルは二重のレビューと二重の専門知識の恩恵を受け、結果の信頼性を確保します。

生物学的解釈を容易にするために、親の分離研究が提案される場合があります。 必要に応じて、親サンプルの収集と同意手続きは、クレルモン＝フェラン大学病院医療遺伝学部によって調整されます。 決定的な結果は、患者管理および遺伝カウンセリングのためにWGSを処方した臨床医に伝えられます。

研究の種類

介入

入学 (推定)

55

段階

  • 適用できない

連絡先と場所

このセクションには、調査を実施する担当者の連絡先の詳細と、この調査が実施されている場所に関する情報が記載されています。

研究連絡先

研究場所

参加基準

研究者は、適格基準と呼ばれる特定の説明に適合する人を探します。これらの基準のいくつかの例は、人の一般的な健康状態または以前の治療です。

適格基準

就学可能な年齢

  • 子
  • 大人
  • 高齢者

健康ボランティアの受け入れ

いいえ

説明

参加基準

  • 先天性異常を少なくとも2つ有し、知的障害の有無を問わず、体重が5 kgを超える患者。
  • AURAGEN研究所によって実施された全ゲノムシークエンシングが非寄与性と判断された場合（クラス4または5の変異がない、またはVUSが特定された、または潜性遺伝性疾患の文脈で1つの変異のみが特定された）。
  • 社会保障制度に加入している患者。
  • 研究への参加を理解し、拒否できる患者。
  • 研究について明確かつ公正な情報提供を受けた後、患者または法的代理人（未成年者の場合）によって署名された、遺伝子解析に関する書面によるインフォームド・コンセント。

非参加基準

  • 非遺伝的原因（感染性、環境性、または毒性）が以前に特定された患者。
  • 適切なサンプルを入手できない場合。
  • 後見または法的保護下、自由を奪われている、または裁判所命令による保護下にある患者または親権者。

研究計画

このセクションでは、研究がどのように設計され、研究が何を測定しているかなど、研究計画の詳細を提供します。

研究はどのように設計されていますか？

デザインの詳細

  • 主な目的：診断
  • 割り当て：なし
  • 介入モデル：単一グループの割り当て
  • マスキング：なし（オープンラベル）

武器と介入

参加者グループ / アーム
介入・治療
実験的：先天奇形を有する患者の単一アーム
遺伝的：血液サンプル
患者および／またはその法定後見人から同意を得た後に、血液サンプルを採取します。 必要となるチューブの数（1本から3本）は、患者の体重に応じて決定され、これは構造的変異が特定された場合に光学ゲノムマッピングおよび必要な確認分析を実施する目的で行われます。

この研究は何を測定していますか？

主要な結果の測定

結果測定
メジャーの説明
時間枠
全ゲノムシーケンシング（WGS）が非寄与性である場合の、知的障害の有無にかかわらず多発性先天性異常における光学ゲノムマッピング（OGM）の診断収率
時間枠：1日目（組み入れと採血）
全ゲノムシーケンス（WGS）が非寄与的（原因となる遺伝的変異の不在、不確実な意義を有する変異（VUS）の検出、または潜性遺伝性疾患における単一変異の検出）である場合、知的障害の有無を問わず、多発性先天性異常における光学ゲノムマッピング（OGM）の診断収量を評価する。
1日目（組み入れと採血）

二次結果の測定

結果測定
メジャーの説明
時間枠
当初VUS（意義不明変異体）とみなされた再分類変異体の数
時間枠：1日目（スクリーニングおよび採血）
当初VUS（意義不明なバリアント）として分類されたバリアントのうち、良性または病原性バリアントとして再分類された数の評価
1日目（スクリーニングおよび採血）
新規候補遺伝子／病原性メカニズムが特定された患者数
時間枠：第1日目（組み入れおよび採血）
第1日目（組み入れおよび採血）
複数の基準に基づく非寄与的な全ゲノムシーケンシングの場合における、第1選択、第2選択（染色体マイクロアレイ、エクソームシーケンシングなどのルーチン検査後）、または第3選択での現在の診療における技術の実現可能性（所要時間）の評価
時間枠：1日目（組み入れおよび採血）
技術的持続時間（時間）の評価
1日目（組み入れおよび採血）
現在の診療における技術の実現可能性の評価（失敗）を、いくつかの基準に基づいて、1次検査、2次検査（染色体マイクロアレイ、エクソームシーケンシングなどのルーチン検査後）、または非寄与的WGSの場合の3次検査において行う
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)
故障率数
day 1 (inclusion and blood collection)
いくつかの基準に基づいて、第1選択、第2選択（染色体マイクロアレイ、エクソームシーケンシングなどのルーチン検査後）、または非寄与的な全ゲノムシーケンシング（WGS）の場合の第3選択において、現在の診療における技術（再処理）の実現可能性の評価
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)
再処理率数
day 1 (inclusion and blood collection)
複数の基準に基づき、第1選択、第2選択（染色体マイクロアレイ、エクソームシーケンシングなどのルーチン検査後）、または非寄与的全ゲノムシーケンシング（WGS）の場合の第3選択における、現在の実践における技術（解釈）の実現可能性の評価
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)
生物学的解釈時間の評価（時間）
day 1 (inclusion and blood collection)
これらの新技術の使用が患者管理に与える影響を評価する。
時間枠：day 1 (inclusion and blood collection)
OGM結果が臨床管理の変更につながった患者の割合。
day 1 (inclusion and blood collection)

協力者と研究者

ここでは、この調査に関係する人々や組織を見つけることができます。

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Céline PEBREL-RICHARD

捜査官

  • スタディチェア：Lise Laclautre、University Hospital, Clermont-Ferrand

研究記録日

これらの日付は、ClinicalTrials.gov への研究記録と要約結果の提出の進捗状況を追跡します。研究記録と報告された結果は、国立医学図書館 (NLM) によって審査され、公開 Web サイトに掲載される前に、特定の品質管理基準を満たしていることが確認されます。

主要日程の研究

研究開始 (実際)

2025年11月18日

一次修了 (推定)

2028年11月1日

研究の完了 (推定)

2028年11月1日

試験登録日

最初に提出

2025年12月9日

QC基準を満たした最初の提出物

2026年1月20日

最初の投稿 (実際)

2026年1月27日

学習記録の更新

投稿された最後の更新 (実際)

2026年1月27日

QC基準を満たした最後の更新が送信されました

2026年1月20日

最終確認日

2026年1月1日

詳しくは

本研究に関する用語

キーワード

追加の関連 MeSH 用語

その他の研究ID番号

  • AOI 2024 PEBREL-RICHARD

個々の参加者データ (IPD) の計画

個々の参加者データ (IPD) を共有する予定はありますか?

いいえ

医薬品およびデバイス情報、研究文書

米国FDA規制医薬品の研究

いいえ

米国FDA規制機器製品の研究

いいえ

この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。

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