結腸癌におけるメチル化変化の影響: 疫学と予後

私たちは2010年に革新的なIllumina GoldenGate（メチル化アッセイ）を使用して予備研究を実施しました。これにより、結腸（C18）と直腸S状結腸接合部（C19）の間で切除された一連の200個の腺癌について、807個の潜在的マーカーのメチル化レベルを特徴付けることができました。 1998 年と 2001 年。 パイロシーケンスによって検証された結果により、メチル化レベルを評価するための 12 個のマーカーのパネルを確立することができました。 このプロジェクトの目的は、2002 年から 2006 年の間に公立および私立病院で切除された腺癌患者 (ステージ I ～ IV) の第 2 コホート (n=685) において、このパネルの予後価値を検証することです。

この研究は、コートドール県在住の患者を対象に公立および私立の病院で切除された結腸直腸がんの外科標本の独自のコレクションに基づいており、その後ブルゴーニュのがん登録に基づいています。 各がんおよび隣接する正常粘膜から採取されたサンプルは、フェルディナンド・カバン生物資源センター（S 96900 認証）の液体窒素中で保管されます。 注釈は、がん登録スタッフによって複数の情報源 (病理学者、消化器病専門医、腫瘍学者、放射線療法士) から収集されます。

パイロシーケンスはメチル化レベルを定量化するために使用されます。 癌性 DNA 上の各マーカーのメチル化対立遺伝子の割合、および分析されたマーカーの数に対するメチル化マーカーの比率が決定されます。 MSI、BRAF、KRAS、PI3K の分子状態が考慮されます。

予後を研究するために、相対生存率と無再発生存率が計算されます。 多変量相対生存分析は、患者と腫瘍の特徴、およびエピジェネティックな変化と分子的変化を考慮して独立した予後因子を決定するために実行されます。 エピジェネティックな変化については、年齢層、性別、部位別に説明します。 エピジェネティックな表現型は、ロジスティック回帰モデルを使用して、既知の分子状態に従って評価されます。