Dopad methylačních změn u rakoviny tlustého střeva: Epidemiologie a prognóza

V roce 2010 jsme provedli předběžnou studii za použití inovativního Illumina GoldenGate (methylační test), který nám umožnil charakterizovat úroveň metylace 807 potenciálních markerů na sérii 200 adenokarcinomů tlustého střeva (C18) a rektosigmoidálního spojení (C19) resekovaných mezi 1998 a 2001. Výsledky, ověřené pyrosekvenováním, nám umožnily sestavit panel 12 markerů pro posouzení úrovně methylace. Cílem tohoto projektu je ověřit prognostickou hodnotu tohoto panelu u druhé kohorty pacientů s adenokarcinomy (stadium I až IV) resekovaných v letech 2002 až 2006 ve veřejných a soukromých nemocnicích (n=685).

Tato studie se opírá o původní sbírku chirurgických vzorků kolorektálních karcinomů resekovaných ve veřejných a soukromých nemocnicích u pacientů s bydlištěm v departementu Côte-d'Or a sledovaných rakovinným registrem Burgundska. Vzorky získané z každé rakoviny a z přilehlé normální sliznice jsou uloženy v kapalném dusíku ve Ferdinand Cabane Biological Resources Centre (certifikováno S 96900). Anotace shromažďují pracovníci onkologického registru z různých zdrojů (patologové, gastroenterologové, onkologové a radioterapeuti).

Ke kvantifikaci úrovně methylace bude použito pyrosekvenování. Bude stanoveno procento methylované alely pro každý marker na rakovinné DNA a poměr methylovaných markerů k počtu analyzovaných markerů. Bude zohledněn molekulární stav MSI, BRAF, KRAS a PI3K.

Pro studium prognózy bude vypočteno relativní přežití a přežití bez relapsu. Bude provedena mnohorozměrná analýza relativního přežití za účelem stanovení nezávislých prognostických faktorů s přihlédnutím k charakteristikám pacientů a nádorů a epigenetickým a molekulárním změnám. Epigenetické změny budou popsány podle věkové skupiny, pohlaví a podoblasti. Epigenetické fenotypy budou hodnoceny podle již známého molekulárního stavu pomocí logistických regresních modelů.