Impatto delle alterazioni della metilazione nel cancro del colon: epidemiologia e prognosi

Abbiamo condotto uno studio preliminare nel 2010 utilizzando l'innovativo Illumina GoldenGate (test di metilazione) che ci ha permesso di caratterizzare il livello di metilazione di 807 potenziali marcatori su una serie di 200 adenocarcinomi del colon (C18) e della giunzione rettosigmoidea (C19) resecati tra 1998 e 2001. I risultati, convalidati dal pirosequenziamento, ci hanno permesso di stabilire un pannello di 12 marcatori per valutare il livello di metilazione. Lo scopo di questo progetto è di validare il valore prognostico di questo pannello in una seconda coorte di pazienti con adenocarcinomi (stadio da I a IV) resecati tra il 2002 e il 2006 in ospedali pubblici e privati ​​(n=685).

Questo studio si basa su una raccolta originale di campioni chirurgici di tumori del colon-retto resecati in ospedali pubblici e privati ​​tra pazienti residenti nel dipartimento della Côte-d'Or e seguiti dal registro dei tumori della Borgogna. I campioni ottenuti da ciascun tumore e dalla mucosa normale adiacente vengono conservati in azoto liquido nel Centro risorse biologiche Ferdinand Cabane (certificato S 96900). Le annotazioni sono raccolte dal personale del registro tumori da più fonti (patologi, gastroenterologi, oncologi e radioterapisti).

Il pirosequenziamento sarà utilizzato per quantificare il livello di metilazione. Verrà determinata la percentuale di allele metilato per ciascun marcatore sul DNA canceroso e il rapporto tra marcatori metilati e numero di marcatori analizzati. Verrà preso in considerazione lo stato molecolare di MSI, BRAF, KRAS e PI3K.

Per studiare la prognosi, verrà calcolata la sopravvivenza libera relativa e da recidiva. Verrà eseguita un'analisi di sopravvivenza relativa multivariata per determinare fattori prognostici indipendenti tenendo conto delle caratteristiche dei pazienti e dei tumori e delle alterazioni epigenetiche e molecolari. Le alterazioni epigenetiche saranno descritte per fascia di età, sesso e sottosede. I fenotipi epigenetici saranno valutati secondo lo stato molecolare già noto utilizzando modelli di regressione logistica.