Metylaatiomuutosten vaikutus paksusuolensyövässä: epidemiologia ja ennuste

Teimme alustavan tutkimuksen vuonna 2010 käyttämällä innovatiivista Illumina GoldenGatea (metylaatiomääritys), jonka avulla olemme pystyneet karakterisoimaan 807 potentiaalisen markkerin metylaatiotasoa 200 paksusuolen (C18) ja rektosigmoidisen liitoskohdan (C19) adenokarsinooman sarjassa. 1998 ja 2001. Pyrosekvensoinnilla validoidut tulokset antoivat meille mahdollisuuden perustaa 12 markkerin paneelin metylaatiotason arvioimiseksi. Tämän projektin tavoitteena on validoida tämän paneelin prognostinen arvo toisessa ryhmässä potilaita, joilla on adenokarsinooma (vaihe I–IV), jotka on leikattu vuosina 2002–2006 julkisissa ja yksityisissä sairaaloissa (n=685).

Tämä tutkimus perustuu alkuperäiseen kokoelmaan kolorektaalisyöpien kirurgisia näytteitä, jotka on leikattu julkisissa ja yksityisissä sairaaloissa Côte-d'Orin departementissa asuvien potilaiden keskuudessa ja joita seurasi Burgundin syöpärekisteri. Jokaisesta syövästä ja viereisestä normaalista limakalvosta otettuja näytteitä säilytetään nestetypessä Ferdinand Cabane Biological Resources Centressä (sertifioitu S 96900). Syöpärekisterin henkilökunta kerää huomautuksia useista lähteistä (patologit, gastroenterologit, onkologit ja sädeterapeutit).

Pyrosekvensointia käytetään metylaatiotason kvantifiointiin. Metyloituneen alleelin prosenttiosuus kullekin syöpä-DNA:n markkerille ja metyloituneiden markkerien suhde analysoitujen markkerien määrään määritetään. MSI:n, BRAF:n, KRAS:n ja PI3K:n molekyylitila otetaan huomioon.

Ennusteen tutkimiseksi lasketaan suhteellinen ja uusiutumisvapaa eloonjääminen. Suhteellinen monimuuttujaanalyysi tehdään riippumattomien ennustetekijöiden määrittämiseksi ottaen huomioon potilaiden ja kasvainten ominaisuudet sekä epigeneettiset ja molekyylimuutokset. Epigeneettiset muutokset kuvataan ikäryhmän, sukupuolen ja alakohdan mukaan. Epigeneettisiä fenotyyppejä arvioidaan jo tunnetun molekyylistatuksen mukaan käyttämällä logistisia regressiomalleja.