Auswirkungen von Methylierungsveränderungen bei Darmkrebs: Epidemiologie und Prognose

Im Jahr 2010 führten wir eine vorläufige Studie mit dem innovativen Illumina GoldenGate (Methylierungsassay) durch, die es uns ermöglichte, den Grad der Methylierung von 807 potenziellen Markern an einer Reihe von 200 Adenokarzinomen des Dickdarms (C18) und des Rektosigmoidübergangs (C19) zu charakterisieren, die dazwischen reseziert wurden 1998 und 2001. Die durch Pyrosequenzierung validierten Ergebnisse ermöglichten es uns, ein Panel aus 12 Markern zur Beurteilung des Methylierungsgrads zu erstellen. Ziel dieses Projekts ist es, den prognostischen Wert dieses Panels in einer zweiten Kohorte von Patienten mit Adenokarzinomen (Stadium I bis IV) zu validieren, die zwischen 2002 und 2006 in öffentlichen und privaten Krankenhäusern reseziert wurden (n=685).

Diese Studie stützt sich auf eine Originalsammlung von chirurgischen Proben von Darmkrebs, die in öffentlichen und privaten Krankenhäusern bei Patienten mit Wohnsitz im Département Côte-d'Or reseziert wurden und auf der das Krebsregister von Burgund basiert. Von jedem Krebs und von angrenzender normaler Schleimhaut entnommene Proben werden im Ferdinand Cabane Biological Resources Centre (zertifiziert nach S 96900) in flüssigem Stickstoff gelagert. Anmerkungen werden von den Mitarbeitern des Krebsregisters aus mehreren Quellen (Pathologen, Gastroenterologen, Onkologen und Strahlentherapeuten) gesammelt.

Zur Quantifizierung des Methylierungsgrads wird Pyrosequenzierung eingesetzt. Der Prozentsatz des methylierten Allels für jeden Marker auf der Krebs-DNA und das Verhältnis der methylierten Marker zur Anzahl der analysierten Marker werden bestimmt. Der molekulare Status von MSI, BRAF, KRAS und PI3K wird berücksichtigt.

Um die Prognose zu untersuchen, werden das relative Überleben und das rezidivfreie Überleben berechnet. Zur Bestimmung unabhängiger Prognosefaktoren wird eine multivariate relative Überlebensanalyse durchgeführt, die die Charakteristika von Patienten und Tumoren sowie epigenetische und molekulare Veränderungen berücksichtigt. Epigenetische Veränderungen werden nach Altersgruppe, Geschlecht und Subsite beschrieben. Die epigenetischen Phänotypen werden anhand des bereits bekannten molekularen Status mithilfe logistischer Regressionsmodelle bewertet.