稀な知的障害の診断を改善するマルチオミクスと IPSC (MIDRID)
背景 遺伝的要因は知的障害 (ID) に大きな役割を果たしていますが、多くの場合、根本的な原因は特定されていません。
この提案は、以前の地域間プロジェクト HUGODIMS の継続であり、その目的は、徹底的に選択された 69 個のシンプレックス ID 親子トリオで全エクソーム シーケンス (WES) を実行することでした。 HUGODIMS コンソーシアムのおかげで、48 例 (69.5%) で ID の根本的な遺伝的原因が特定または強く疑われることが判明し、7 つの新規 ID 遺伝子が同定されました。
仮説 研究者らは、人工多能性幹細胞 (iPSC) 由来の神経細胞に対して行われるゲノミクス、トランスクリプトミクス、メタボロミクス、形態学的解析を組み合わせたアプローチが ID の診断を改善するだろうと仮説を立てています。 したがって、現在の提案は、このマルチオミックスアプローチの関連性と有効性を評価することを目的とした概念実証プロジェクトです。
目的と方法 HUGODIMS を通じて募集された ID を持つ 10 人の個人のうち、WES が病原性多様体を特定できなかった人が含まれる。
ワークフローは次のとおりです。
- これら 10 のネガティブなトリオの全ゲノム配列決定 (WGS) (ナント)。
- バイオインフォマティクス解析
3 人の WGS 陰性症例、CAMK2a (HUGODIMS のおかげで同定された新規 ID 遺伝子) に異なる変異を持つ 3 人の陽性対照、および 3 人の健康な陰性対照:
- 人工多能性幹細胞（iPSC）由来の神経前駆細胞の導出（ナントのiPSC中核施設）
- iPSC 由来神経細胞に対して実行された標的および非標的メタボロミクス解析 (Angers)
- 9 つの細胞株に対して実行された RNA シーケンス (レンヌ)
- CMK2a 変異を持つ 3 人の罹患者と 3 人の陽性対照に由来する分化した神経細胞株の形態学的分析 (Tours)
- マルチオミクスおよび形態学的アプローチからのデータの統合と検証
期待される結果と影響 研究者らは、マルチオミクスと iPSC を組み合わせたこのアプローチが、原因不明の遺伝子 ID の診断と理解を向上させるのに役立つと期待しています。
調査の概要
研究の種類
入学 (実際)
段階
- 適用できない
連絡先と場所
研究場所
-
-
-
Angers、フランス
- CHU Angers
-
Bron、フランス
- HCL LYON
-
Dijon、フランス
- CHU de Bourgogne
-
Nantes、フランス
- CHU Nantes
-
Poitiers、フランス
- CHU Poitiers
-
Rennes、フランス
- Chu Rennes
-
-
参加基準
適格基準
就学可能な年齢
健康ボランティアの受け入れ
説明
包含基準:
- 3 全ゲノム配列決定が陰性の場合
- CAMK2a に異なる変異を持つ 3 つのポジティブコントロール
除外基準:
- インフォームドコンセントなし/拒否
研究計画
研究はどのように設計されていますか？
デザインの詳細
- 主な目的：診断
- 割り当て：なし
- 介入モデル：単一グループの割り当て
- マスキング：なし（オープンラベル）
武器と介入
参加者グループ / アーム |
介入・治療 |
|---|---|
|
実験的：血液サンプル
分析用の血液サンプル
|
ゲノミクス、トランスクリプトミクス、メタボロミクス、および人工多能性幹細胞 (iPSC) 由来の神経細胞に対して実行される形態学的解析を組み合わせます。
|
この研究は何を測定していますか？
主要な結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
未知の遺伝的起源のIDの診断に対するマルチオミクスアプローチの関連性と有効性を評価すること。
時間枠：1日目
|
全ゲノム配列決定: ゲノムの非コード領域の新規変異体、WGS は HiSeq X Five System 5 を使用して実行されます。 WGS データのバイオフォマティクス分析。 iPSC由来の神経前駆細胞
|
1日目
|
二次結果の測定
結果測定 |
メジャーの説明 |
時間枠 |
|---|---|---|
|
ヒト神経前駆細胞および分化した神経細胞株におけるCAMK2a変異のメタボロミクスへの影響の評価
時間枠：1日目
|
高分解能質量分析と結合。トランスクリプトミクス分析: RNA の品質は、RIN (RNA 完全性数) に基づいて、また DV200、つまり 200 ヌクレオチドを超える RNA 断片の割合を考慮して、Bioanalyzer (Agilent) で評価されます。ターゲットを絞ったメタボロミクス分析は、アシルカルニチン、グリセロリン脂質、スフィンゴ脂質、糖を定量するための超高速液体クロマトグラフィー、フローインジェクション分析 - タンデム質量分析に基づく方法を使用して実行されます。
|
1日目
|
|
ヒト神経前駆細胞および分化した神経細胞株におけるCAMK2a変異の形態学的影響の評価
時間枠：1日目
|
共焦点顕微鏡法とニューロン (MAP2、チューブリン ベータ 3、PSD95、SNAP25)、アストロ サイト (GFAP) または希突起膠細胞 (Gal-C) で発現されるタンパク質に特異的な抗体を用いたウェスタンブロッティングを使用した免疫細胞化学およびタンパク質発現アプローチ
|
1日目
|
協力者と研究者
研究記録日
主要日程の研究
研究開始 (実際)
一次修了 (実際)
研究の完了 (実際)
試験登録日
最初に提出
QC基準を満たした最初の提出物
最初の投稿 (実際)
学習記録の更新
投稿された最後の更新 (実際)
QC基準を満たした最後の更新が送信されました
最終確認日
詳しくは
この情報は、Web サイト clinicaltrials.gov から変更なしで直接取得したものです。研究の詳細を変更、削除、または更新するリクエストがある場合は、register@clinicaltrials.gov。 までご連絡ください。 clinicaltrials.gov に変更が加えられるとすぐに、ウェブサイトでも自動的に更新されます。