Multi-Omicit ja IPSC:t harvinaisten henkisten vammojen diagnosoinnin parantamiseen (MIDRID)
Multi-Omicit ja IPSC:t harvinaisten henkisten vammojen diagnosoinnin parantamiseksi
Tausta Geneettisillä tekijöillä on suuri merkitys älyllisissä vammauksissa (ID), mutta perimmäistä syytä ei monissa tapauksissa määritellä.
Tämä ehdotus on jatkoa aikaisemmalle alueidenväliselle hankkeelle HUGODIMS, jonka tavoitteena oli suorittaa koko eksomesekvensointi (WES) 69:ssä perusteellisesti valitussa simplex ID:ssä vanhempi-lapsi triossa. HUGODIMS-konsortion ansiosta ID:n taustalla oleva geneettinen syy määritettiin tai sitä epäiltiin voimakkaasti 48 tapauksessa (69,5 %) ja tunnistettiin 7 uutta ID-geeniä.
Hypoteesi Tutkijat olettavat, että lähestymistapa, jossa yhdistyvät genomiikka, transkriptomiikka, metabolomiikka ja morfologiset analyysit, jotka suoritetaan indusoiduille pluripotenteille kantasoluille (iPSC) johdetuille hermosoluille, parantaisi ID:n diagnosointia. Tämän vuoksi tämä ehdotus on proof-of-konseptihanke, jonka tavoitteena on arvioida tämän multiomiikka-lähestymistavan merkitystä ja tehokkuutta.
Tavoitteet ja menetelmät Mukaan otetaan kymmenen HUGODIMS:n kautta rekrytoitua ID-henkilöä, joista WES ei ole onnistunut tunnistamaan patogeenisiä variantteja.
Työnkulku on seuraava:
- Koko genomin sekvensointi (WGS) (Nantes) näistä 10 negatiivisesta triosta.
- Bioinformatiikan analyysit
Kolmessa WGS-negatiivisessa tapauksessa 3 positiivista kontrollia, joissa oli erilliset mutaatiot CAMK2a:ssa (HUGODIMS:n ansiosta tunnistettu uusi ID-geeni), ja 3 tervettä negatiivista kontrollia:
- Indusoitujen pluripotenttien kantasolujen (iPSC) johdettujen hermosolujen progenitorien johtaminen (iPSC-ydinlaitos Nantesissa)
- Kohdennettuja ja ei-kohdennettuja metabolomisia analyyseja suoritettu iPSC:stä johdetuille hermosoluille (Angers)
- RNA-sekvensointi suoritettu 9 solulinjalla (Rennes)
- Morfologiset analyysit erilaistuneista hermosolulinjoista, jotka on saatu kolmesta sairastuneesta yksilöstä ja kolmesta positiivisesta kontrollista, joissa oli CMK2a-mutaatioita (Tours)
- Multiomiikka- ja morfologisista lähestymistavoista saatujen tietojen integrointi ja validointi
Odotetut tulokset ja vaikutukset Tutkijat odottavat, että tämä lähestymistapa, jossa yhdistyvät multi-omiikka ja iPSC, auttaa parantamaan tuntemattomasta syystä johtuvan geneettisen ID:n diagnosointia ja ymmärtämistä
Tutkimuksen yleiskatsaus
Opintotyyppi
Ilmoittautuminen (Todellinen)
Vaihe
- Ei sovellettavissa
Yhteystiedot ja paikat
Opiskelupaikat
-
-
-
Angers, Ranska
- CHU Angers
-
Bron, Ranska
- HCL LYON
-
Dijon, Ranska
- CHU de Bourgogne
-
Nantes, Ranska
- CHU Nantes
-
Poitiers, Ranska
- CHU Poitiers
-
Rennes, Ranska
- Chu Rennes
-
-
Osallistumiskriteerit
Kelpoisuusvaatimukset
Opintokelpoiset iät
Hyväksyy terveitä vapaaehtoisia
Kuvaus
Sisällön kriteerit:
- 3 Koko genomisekvenssin negatiivista tapausta
- 3 positiivista kontrollia, joissa oli selkeät mutaatiot CAMK2a:ssa
Poissulkemiskriteerit:
- ei tietoista suostumusta/kieltäytymistä
Opintosuunnitelma
Miten tutkimus on suunniteltu?
Suunnittelun yksityiskohdat
- Ensisijainen käyttötarkoitus: Diagnostiikka
- Jako: Ei käytössä
- Inventiomalli: Yksittäinen ryhmätehtävä
- Naamiointi: Ei mitään (avoin tarra)
Aseet ja interventiot
Osallistujaryhmä / Arm |
Interventio / Hoito |
|---|---|
|
Kokeellinen: Verinäyte
Verinäyte analyyseja varten
|
yhdistämällä genomiikka, transkriptomiikka, metabolomiikka ja morfologiset analyysit, jotka on suoritettu indusoiduista pluripotenteista kantasoluista (iPSC) peräisin olevista hermosoluista
|
Mitä tutkimuksessa mitataan?
Ensisijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
Arvioida multi-omics-lähestymistavan merkitystä ja tehokkuutta tuntemattoman geneettisen alkuperän ID:n diagnosoinnissa.
Aikaikkuna: Päivä 1
|
Koko genomin sekvensointi: de novo -variantit genomin ei-koodaavilla alueilla, WGS suoritetaan käyttämällä HiSeq X Five System 5 -järjestelmää; WGS-tietojen bioformaattinen analyysi; iPSC:stä johdetut hermosolujen progenitorit
|
Päivä 1
|
Toissijaiset tulostoimenpiteet
Tulosmittaus |
Toimenpiteen kuvaus |
Aikaikkuna |
|---|---|---|
|
CAMK2a-mutaatioiden metabolomiikkavaikutusten arviointi ihmisen hermosolujen progenitoreissa ja erilaistuneissa hermosolulinjoissa
Aikaikkuna: Päivä 1
|
Yhdistetty korkearesoluutioiseen massaspektrometriaan ; Transkriptomiikkaanalyysit: RNA:n laatu arvioidaan Bioanalyzerilla (Agilent) RIN:n (RNA-eheysluku) perusteella sekä ottamalla huomioon DV200, eli yli 200 nukleotidin RNA-fragmenttien prosenttiosuus Ei- kohdennettuja metabolomia analyyseja tehdään ultra-suorituskykyiseen nestekromatografiaan perustuvalla menetelmällä. Virtausinjektioanalyysi-tandemmassaspektrometria asyylikarnitiinien, glyserofosfolipidien, sfingolipidien ja sokerin kvantifioimiseksi, kun taas nestekromatografia
|
Päivä 1
|
|
CAMK2a-mutaatioiden morfologisten seurausten arviointi ihmisen hermosolujen progenitoreissa ja erilaistuneissa hermosolulinjoissa
Aikaikkuna: Päivä 1
|
immunosytokemian ja proteiinien ilmentymisen lähestymistavat käyttämällä konfokaalimikroskopiaa ja Western blotting -testiä vasta-aineilla, jotka ovat spesifisiä neuroneissa (MAP2, tubuliini beeta 3, PSD95, SNAP25), astrosyyteissä (GFAP) tai oligodendrosyyteissä (Gal-C) ilmennetyille proteiineille
|
Päivä 1
|
Yhteistyökumppanit ja tutkijat
Sponsori
Opintojen ennätyspäivät
Opi tärkeimmät päivämäärät
Opiskelun aloitus (Todellinen)
Ensisijainen valmistuminen (Todellinen)
Opintojen valmistuminen (Todellinen)
Opintoihin ilmoittautumispäivät
Ensimmäinen lähetetty
Ensimmäinen toimitettu, joka täytti QC-kriteerit
Ensimmäinen Lähetetty (Todellinen)
Tutkimustietojen päivitykset
Viimeisin päivitys julkaistu (Todellinen)
Viimeisin lähetetty päivitys, joka täytti QC-kriteerit
Viimeksi vahvistettu
Lisää tietoa
Tähän tutkimukseen liittyvät termit
Muita asiaankuuluvia MeSH-ehtoja
Muut tutkimustunnusnumerot
- 49RC17_0224
Yksittäisten osallistujien tietojen suunnitelma (IPD)
Aiotko jakaa yksittäisten osallistujien tietoja (IPD)?
Lääke- ja laitetiedot, tutkimusasiakirjat
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää lääkevalmistetta
Tutkii yhdysvaltalaista FDA sääntelemää laitetuotetta
Nämä tiedot haettiin suoraan verkkosivustolta clinicaltrials.gov ilman muutoksia. Jos sinulla on pyyntöjä muuttaa, poistaa tai päivittää tutkimustietojasi, ota yhteyttä register@clinicaltrials.gov. Heti kun muutos on otettu käyttöön osoitteessa clinicaltrials.gov, se päivitetään automaattisesti myös verkkosivustollemme .