Ta strona została przetłumaczona automatycznie i dokładność tłumaczenia nie jest gwarantowana. Proszę odnieść się do angielska wersja za tekst źródłowy.

Multi-omiki i IPSC w celu poprawy diagnostyki rzadkich niepełnosprawności intelektualnej (MIDRID)

13 sierpnia 2024 zaktualizowane przez: University Hospital, Angers

Tło Czynniki genetyczne odgrywają główną rolę w niepełnosprawności intelektualnej (ID), ale w wielu przypadkach przyczyna nie jest ustalona.

Propozycja ta stanowi kontynuację poprzedniego międzyregionalnego projektu HUGODIMS, którego celem było wykonanie sekwencjonowania całego egzonu (WES) w 69 dokładnie wybranych triach typu simplex ID rodzic-dziecko. Dzięki konsorcjum HUGODIMS w 48 przypadkach (69,5%) ustalono genetyczną przyczynę ID lub podejrzewano ją z dużym prawdopodobieństwem oraz zidentyfikowano 7 nowych genów ID.

Hipoteza Badacze stawiają hipotezę, że podejście łączące genomikę, transkryptomikę, metabolomikę i analizy morfologiczne przeprowadzane na komórkach nerwowych pochodzących z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC) poprawiłoby diagnostykę ID. Obecny wniosek jest zatem projektem weryfikującym koncepcję, mającym na celu ocenę przydatności i skuteczności tego podejścia opartego na multiomice.

Cele i metody Zostanie uwzględnionych dziesięć osób z identyfikatorem, zrekrutowanych za pomocą HUGODIMS, u których WES nie udało się zidentyfikować wariantów patogennych.

Przepływ pracy jest następujący:

  1. Sekwencjonowanie całego genomu (WGS) (Nantes) tych 10 negatywnych trio.
  2. Analizy bioinformatyczne

  3. W 3 przypadkach ujemnych WGS, 3 pozytywnych kontrolach z wyraźnymi mutacjami w CAMK2a (nowym genie ID zidentyfikowanym dzięki HUGODIMS) i 3 zdrowych kontrolach negatywnych:

    1. Wyprowadzenie neuronalnych progenitorów pochodzących z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC) (ośrodek podstawowy iPSC w Nantes)
    2. Ukierunkowane i nieukierunkowane analizy metabolomiczne przeprowadzone na komórkach neuronalnych pochodzących z iPSC (Angers)
    3. Sekwencjonowanie RNA przeprowadzone na 9 liniach komórkowych (Rennes)
    4. Analizy morfologiczne zróżnicowanych linii komórek neuronalnych pochodzących od 3 osób chorych i 3 kontroli pozytywnych noszących mutacje CMK2a (Tours)
    5. Integracja i walidacja danych z podejść multiomicznych i morfologicznych

Oczekiwane wyniki i wpływ Badacze spodziewają się, że to podejście łączące multiomiki i iPSC pomoże poprawić diagnostykę i zrozumienie identyfikacji genetycznej o nieznanej przyczynie

Przegląd badań

Status

Zakończony

Warunki

Interwencja / Leczenie

Typ studiów

Interwencyjne

Zapisy (Rzeczywisty)

7

Faza

  • Nie dotyczy

Kontakty i lokalizacje

Ta sekcja zawiera dane kontaktowe osób prowadzących badanie oraz informacje o tym, gdzie badanie jest przeprowadzane.

Lokalizacje studiów

  • Francja
      • Angers, Francja
        • CHU Angers
      • Bron, Francja
        • HCL LYON
      • Dijon, Francja
        • CHU de Bourgogne
      • Nantes, Francja
        • CHU Nantes
      • Poitiers, Francja
        • CHU Poitiers
      • Rennes, Francja
        • Chu Rennes

Kryteria uczestnictwa

Badacze szukają osób, które pasują do określonego opisu, zwanego kryteriami kwalifikacyjnymi. Niektóre przykłady tych kryteriów to ogólny stan zdrowia danej osoby lub wcześniejsze leczenie.

Kryteria kwalifikacji

Wiek uprawniający do nauki

2 lata do 25 lat (Dziecko, Dorosły)

Akceptuje zdrowych ochotników

Nie

Opis

Kryteria włączenia:

  • 3 Negatywne przypadki sekwencjonowania całego genomu
  • 3 kontrole pozytywne niosące różne mutacje w CAMK2a

Kryteria wykluczenia:

  • brak świadomej zgody/odmowy

Plan studiów

Ta sekcja zawiera szczegółowe informacje na temat planu badania, w tym sposób zaprojektowania badania i jego pomiary.

Jak projektuje się badanie?

Szczegóły projektu

  • Główny cel: Diagnostyczny
  • Przydział: Nie dotyczy
  • Model interwencyjny: Zadanie dla jednej grupy
  • Maskowanie: Brak (otwarta etykieta)

Broń i interwencje

Grupa uczestników / Arm
Interwencja / Leczenie
Eksperymentalny: Próbka krwi
Próbka krwi do analiz
Inny: Próbka krwi
łączenie genomiki, transkryptomiki, metabolomiki i analiz morfologicznych przeprowadzanych na komórkach nerwowych pochodzących z indukowanych pluripotencjalnych komórek macierzystych (iPSC)

Co mierzy badanie?

Podstawowe miary wyniku

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Ocena przydatności i skuteczności podejścia multiomicznego do diagnozy ID o nieznanym pochodzeniu genetycznym.
Ramy czasowe: Dzień 1
Sekwencjonowanie całego genomu: warianty de novo w niekodujących regionach genomu, WGS zostanie przeprowadzone przy użyciu HiSeq X Five System 5; Analiza bioformatyczna danych WGS; neuronalne progenitory pochodzące z iPSC
Dzień 1

Miary wyników drugorzędnych

Miara wyniku
Opis środka
Ramy czasowe
Ocena konsekwencji metabolomicznych mutacji CAMK2a w ludzkich progenitorach neuronalnych i zróżnicowanych liniach komórek neuronalnych
Ramy czasowe: Dzień 1
W połączeniu ze spektrometrią mas o wysokiej rozdzielczości; Analizy transkryptomiczne: jakość RNA będzie oceniana za pomocą Bioanalyzera (Agilent) na podstawie RIN (liczba integralności RNA) oraz z uwzględnieniem DV200, czyli odsetka fragmentów RNA o długości powyżej 200 nukleotydów. ukierunkowane analizy metabolomiczne będą wykonywane metodą opartą na ultrawysokosprawnej chromatografii cieczowej Analiza przepływowo-wstrzykowa – tandemowa spektrometria mas do ilościowego oznaczania acylokarnityny, glicerofosfolipidów, sfingolipidów i cukru, natomiast chromatografia cieczowa
Dzień 1
Ocena skutków morfologicznych mutacji CAMK2a w ludzkich progenitorach neuronalnych i zróżnicowanych liniach komórek neuronalnych
Ramy czasowe: Dzień 1
metody immunocytochemii i ekspresji białek z wykorzystaniem mikroskopii konfokalnej i Western blot z przeciwciałami specyficznymi dla białek ulegających ekspresji w neuronach (MAP2, Tubulina beta 3, PSD95, SNAP25), astrocytach (GFAP) lub oligodendrocytach (Gal-C)
Dzień 1

Współpracownicy i badacze

Tutaj znajdziesz osoby i organizacje zaangażowane w to badanie.

Sponsor

University Hospital, Angers

Daty zapisu na studia

Daty te śledzą postęp w przesyłaniu rekordów badań i podsumowań wyników do ClinicalTrials.gov. Zapisy badań i zgłoszone wyniki są przeglądane przez National Library of Medicine (NLM), aby upewnić się, że spełniają określone standardy kontroli jakości, zanim zostaną opublikowane na publicznej stronie internetowej.

Główne daty studiów

Rozpoczęcie studiów (Rzeczywisty)

9 stycznia 2019

Zakończenie podstawowe (Rzeczywisty)

11 lutego 2020

Ukończenie studiów (Rzeczywisty)

11 lutego 2020

Daty rejestracji na studia

Pierwszy przesłany

10 sierpnia 2018

Pierwszy przesłany, który spełnia kryteria kontroli jakości

14 sierpnia 2018

Pierwszy wysłany (Rzeczywisty)

17 sierpnia 2018

Aktualizacje rekordów badań

Ostatnia wysłana aktualizacja (Rzeczywisty)

14 sierpnia 2024

Ostatnia przesłana aktualizacja, która spełniała kryteria kontroli jakości

13 sierpnia 2024

Ostatnia weryfikacja

1 sierpnia 2024

Więcej informacji

Terminy związane z tym badaniem

Dodatkowe istotne warunki MeSH

Inne numery identyfikacyjne badania

  • 49RC17_0224

Plan dla danych uczestnika indywidualnego (IPD)

Planujesz udostępniać dane poszczególnych uczestników (IPD)?

NIE

Informacje o lekach i urządzeniach, dokumenty badawcze

Bada produkt leczniczy regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Bada produkt urządzenia regulowany przez amerykańską FDA

Nie

Te informacje zostały pobrane bezpośrednio ze strony internetowej clinicaltrials.gov bez żadnych zmian. Jeśli chcesz zmienić, usunąć lub zaktualizować dane swojego badania, skontaktuj się z register@clinicaltrials.gov. Gdy tylko zmiana zostanie wprowadzona na stronie clinicaltrials.gov, zostanie ona automatycznie zaktualizowana również na naszej stronie internetowej .

Subskrybuj