Deze pagina is automatisch vertaald en de nauwkeurigheid van de vertaling kan niet worden gegarandeerd. Raadpleeg de Engelse versie voor een brontekst.

Multi-Omics en IPSC's om de diagnose van zeldzame intellectuele handicaps te verbeteren (MIDRID)

13 augustus 2024 bijgewerkt door: University Hospital, Angers

Achtergrond Genetische factoren spelen een belangrijke rol bij verstandelijke beperking (ID), maar de onderliggende oorzaak is in veel gevallen niet vastgesteld.

Dit voorstel is de voortzetting van het vorige interregionale project HUGODIMS, dat tot doel had om hele exome sequencing (WES) uit te voeren in 69 zorgvuldig geselecteerde simplex ID ouder-kind trio's. Dankzij het HUGODIMS-consortium werd in 48 gevallen (69,5%) de onderliggende genetische oorzaak van ID vastgesteld of sterk vermoed, en werden 7 nieuwe ID-genen geïdentificeerd.

Hypothese Onderzoekers veronderstellen dat een aanpak die genomica, transcriptomics, metabolomics en morfologische analyses combineert, uitgevoerd op geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC)-afgeleide neurale cellen, de diagnose van ID zou verbeteren. Het huidige voorstel is daarom een ​​proof-of-concept-project dat tot doel heeft de relevantie en effectiviteit van deze multi-omics-aanpak te beoordelen.

Doelstellingen en methoden Tien via HUGODIMS gerekruteerde personen met een verstandelijke beperking, bij wie WES er niet in is geslaagd pathogene varianten te identificeren, zullen worden geïncludeerd.

De werkstroom is als volgt:

  1. Whole genome sequencing (WGS) (Nantes) van deze 10 negatieve trio's.
  2. Bio-informatica analyses

  3. In 3 WGS-negatieve gevallen, 3 positieve controles met duidelijke mutaties in CAMK2a (een nieuw ID-gen geïdentificeerd dankzij HUGODIMS), en 3 gezonde negatieve controles:

    1. Afleiding van geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC)-afgeleide neurale voorlopercellen (iPSC-kernfaciliteit in Nantes)
    2. Gerichte en niet-gerichte metabolomics-analyses uitgevoerd op van iPSC afgeleide neuronale cellen (Angers)
    3. RNA-sequencing uitgevoerd op de 9 cellijnen (Rennes)
    4. Morfologische analyses van gedifferentieerde neuronale cellijnen afgeleid van 3 getroffen individuen en 3 positieve controles met CMK2a-mutaties (Tours)
    5. Integratie en validatie van gegevens uit multi-omics en morfologische benaderingen

Verwachte resultaten en impact Onderzoekers verwachten dat deze aanpak, die multi-omics en iPSC combineert, zal helpen de diagnose en het begrip van genetische identificatie met onbekende oorzaak te verbeteren.

Studie Overzicht

Toestand

Voltooid

Conditie

Interventie / Behandeling

Studietype

Ingrijpend

Inschrijving (Werkelijk)

7

Fase

  • Niet toepasbaar

Contacten en locaties

In dit gedeelte vindt u de contactgegevens van degenen die het onderzoek uitvoeren en informatie over waar dit onderzoek wordt uitgevoerd.

Studie Locaties

  • Frankrijk
      • Angers, Frankrijk
        • CHU Angers
      • Bron, Frankrijk
        • HCL LYON
      • Dijon, Frankrijk
        • CHU de Bourgogne
      • Nantes, Frankrijk
        • CHU Nantes
      • Poitiers, Frankrijk
        • CHU Poitiers
      • Rennes, Frankrijk
        • Chu Rennes

Deelname Criteria

Onderzoekers zoeken naar mensen die aan een bepaalde beschrijving voldoen, de zogenaamde geschiktheidscriteria. Enkele voorbeelden van deze criteria zijn iemands algemene gezondheidstoestand of eerdere behandelingen.

Geschiktheidscriteria

Leeftijden die in aanmerking komen voor studie

2 jaar tot 25 jaar (Kind, Volwassen)

Accepteert gezonde vrijwilligers

Nee

Beschrijving

Inclusiecriteria:

  • 3 negatieve gevallen van Whole Genome Sequencing
  • 3 positieve controles met verschillende mutaties in CAMK2a

Uitsluitingscriteria:

  • geen geïnformeerde toestemming/weigering

Studie plan

Dit gedeelte bevat details van het studieplan, inclusief hoe de studie is opgezet en wat de studie meet.

Hoe is de studie opgezet?

Ontwerpdetails

  • Primair doel: Diagnostisch
  • Toewijzing: NVT
  • Interventioneel model: Opdracht voor een enkele groep
  • Masker: Geen (open label)

Wapens en interventies

Deelnemersgroep / Arm
Interventie / Behandeling
Experimenteel: Bloedmonster
Bloedmonster voor analyses
Ander: Bloedmonster
het combineren van genomica, transcriptomics, metabolomics en morfologische analyses uitgevoerd op geïnduceerde pluripotente stamcellen (iPSC)-afgeleide neurale cellen

Wat meet het onderzoek?

Primaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
Het evalueren van de relevantie en effectiviteit van een multi-omics-benadering van de diagnose van ID van onbekende genetische oorsprong.
Tijdsspanne: Dag 1
Sequencing van het hele genoom: de novo varianten in niet-coderende regio's van het genoom, WGS zal worden uitgevoerd met behulp van het HiSeq X Five System 5; Bionformatica-analyse van WGS-gegevens; neuronale voorlopercellen afgeleid van iPSC
Dag 1

Secundaire uitkomstmaten

Uitkomstmaat
Maatregel Beschrijving
Tijdsspanne
De beoordeling van de metabolomische gevolgen van CAMK2a-mutaties in menselijke neuronale voorlopercellen en gedifferentieerde neuronale cellijnen
Tijdsspanne: Dag 1
Gekoppeld aan massaspectrometrie met hoge resolutie; Transcriptomics analyses: de kwaliteit van het RNA zal worden geëvalueerd met de Bioanalyzer (Agilent) op basis van het RIN (RNA integriteitsnummer) en door rekening te houden met de DV200, d.w.z. het percentage RNA-fragmenten met meer dan 200 nucleotiden. gerichte metabolomische analyses zullen worden uitgevoerd met behulp van een methode gebaseerd op ultra-high-performance vloeistofchromatografie. Flow-injectieanalyse-tandem-massaspectrometrie voor het kwantificeren van acylcarnitines, glycerofosfolipiden, sfingolipiden en suiker, terwijl vloeistofchromatografie
Dag 1
De beoordeling van de morfologische gevolgen van CAMK2a-mutaties in menselijke neuronale voorlopercellen en gedifferentieerde neuronale cellijnen
Tijdsspanne: Dag 1
immunocytochemie en eiwitexpressiebenaderingen met behulp van confocale microscopie en Western blotting met antilichamen die specifiek zijn voor eiwitten die tot expressie worden gebracht in neuronen (MAP2, Tubulin beta 3, PSD95, SNAP25), astrocyten (GFAP) of oligodendrocyten (Gal-C)
Dag 1

Medewerkers en onderzoekers

Hier vindt u mensen en organisaties die betrokken zijn bij dit onderzoek.

Sponsor

University Hospital, Angers

Studie record data

Deze datums volgen de voortgang van het onderzoeksdossier en de samenvatting van de ingediende resultaten bij ClinicalTrials.gov. Studieverslagen en gerapporteerde resultaten worden beoordeeld door de National Library of Medicine (NLM) om er zeker van te zijn dat ze voldoen aan specifieke kwaliteitscontrolenormen voordat ze op de openbare website worden geplaatst.

Bestudeer belangrijke data

Studie start (Werkelijk)

9 januari 2019

Primaire voltooiing (Werkelijk)

11 februari 2020

Studie voltooiing (Werkelijk)

11 februari 2020

Studieregistratiedata

Eerst ingediend

10 augustus 2018

Eerst ingediend dat voldeed aan de QC-criteria

14 augustus 2018

Eerst geplaatst (Werkelijk)

17 augustus 2018

Updates van studierecords

Laatste update geplaatst (Werkelijk)

14 augustus 2024

Laatste update ingediend die voldeed aan QC-criteria

13 augustus 2024

Laatst geverifieerd

1 augustus 2024

Meer informatie

Termen gerelateerd aan deze studie

Aanvullende relevante MeSH-voorwaarden

Andere studie-ID-nummers

  • 49RC17_0224

Plan Individuele Deelnemersgegevens (IPD)

Bent u van plan om gegevens van individuele deelnemers (IPD) te delen?

NEE

Informatie over medicijnen en apparaten, studiedocumenten

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd geneesmiddel

Nee

Bestudeert een door de Amerikaanse FDA gereguleerd apparaatproduct

Nee

Deze informatie is zonder wijzigingen rechtstreeks van de website clinicaltrials.gov gehaald. Als u verzoeken heeft om uw onderzoeksgegevens te wijzigen, te verwijderen of bij te werken, neem dan contact op met register@clinicaltrials.gov. Zodra er een wijziging wordt doorgevoerd op clinicaltrials.gov, wordt deze ook automatisch bijgewerkt op onze website .

Abonneren