Multi-Omics e IPSCs para melhorar o diagnóstico de deficiências intelectuais raras (MIDRID)
Antecedentes Os fatores genéticos desempenham um papel importante na deficiência intelectual (DI), mas a causa subjacente não é determinada em muitos casos.
Esta proposta é a continuação do projeto inter-regional anterior HUGODIMS, cujo objetivo era realizar o sequenciamento completo do exoma (WES) em 69 trios pais-filhos de ID simplex cuidadosamente selecionados. Graças ao consórcio HUGODIMS, a causa genética subjacente da DI foi determinada ou altamente suspeita em 48 casos (69,5%) e 7 novos genes de DI foram identificados.
Os investigadores de hipótese levantam a hipótese de que uma abordagem combinando genômica, transcriptômica, metabolômica e análises morfológicas realizadas em células neurais derivadas de células-tronco pluripotentes induzidas (iPSC) melhorariam o diagnóstico de DI. A proposta atual é, portanto, um projeto de prova de conceito que visa avaliar a relevância e a eficácia desta abordagem multiómica.
Objetivos e Métodos Serão incluídos dez indivíduos com DI recrutados através do HUGODIMS, nos quais o WES não conseguiu identificar variantes patogênicas.
O fluxo de trabalho é o seguinte:
- Sequenciação completa do genoma (WGS) (Nantes) destes 10 trios negativos.
- Análises de bioinformática
Em 3 casos WGS negativos, 3 controles positivos com mutações distintas em CAMK2a (um novo gene ID identificado graças ao HUGODIMS) e 3 controles negativos saudáveis:
- Derivação de progenitores neurais derivados de células-tronco pluripotentes induzidas (iPSC) (instalação central do iPSC em Nantes)
- Análises metabolômicas direcionadas e não direcionadas realizadas em células neuronais derivadas de iPSC (Angers)
- Sequenciamento de RNA realizado nas 9 linhas celulares (Rennes)
- Análises morfológicas de linhas celulares neuronais diferenciadas derivadas de 3 indivíduos afetados e 3 controles positivos portadores de mutações CMK2a (Tours)
- Integração e validação de dados de abordagens multiômicas e morfológicas
Resultados e impacto esperados Os investigadores esperam que esta abordagem que combina multi-ômica e iPSC ajude a melhorar o diagnóstico e a compreensão da identificação genética de causa desconhecida
Visão geral do estudo
Status
Condições
Intervenção / Tratamento
Tipo de estudo
Inscrição (Real)
Estágio
- Não aplicável
Contactos e Locais
Locais de estudo
-
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-
Angers, França
- CHU Angers
-
Bron, França
- HCL LYON
-
Dijon, França
- CHU de Bourgogne
-
Nantes, França
- CHU Nantes
-
Poitiers, França
- CHU Poitiers
-
Rennes, França
- Chu Rennes
-
-
Critérios de participação
Critérios de elegibilidade
Idades elegíveis para estudo
Aceita Voluntários Saudáveis
Descrição
Critérios de inclusão:
- 3 casos negativos de sequenciamento do genoma completo
- 3 controles positivos com mutações distintas em CAMK2a
Critérios de exclusão:
- sem consentimento/recusa informado
Plano de estudo
Como o estudo é projetado?
Detalhes do projeto
- Finalidade Principal: Diagnóstico
- Alocação: N / D
- Modelo Intervencional: Atribuição de grupo único
- Mascaramento: Nenhum (rótulo aberto)
Armas e Intervenções
Grupo de Participantes / Braço |
Intervenção / Tratamento |
|---|---|
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Experimental: Amostra de sangue
Amostra de sangue para análises
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combinando genômica, transcriptômica, metabolômica e análises morfológicas realizadas em células neurais derivadas de células-tronco pluripotentes induzidas (iPSC)
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O que o estudo está medindo?
Medidas de resultados primários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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Avaliar a relevância e eficácia de uma abordagem multiômica para o diagnóstico de DI de origem genética desconhecida.
Prazo: Dia 1
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Sequenciamento completo do genoma: variantes de novo em regiões não codificantes do genoma, WGS será realizado utilizando o HiSeq X Five System 5; Análise bioformática de dados WGS; progenitores neuronais derivados de iPSC
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Dia 1
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Medidas de resultados secundários
Medida de resultado |
Descrição da medida |
Prazo |
|---|---|---|
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A avaliação das consequências metabolômicas das mutações CAMK2a em progenitores neuronais humanos e linhagens celulares neuronais diferenciadas
Prazo: Dia 1
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Acoplado à espectrometria de massa de alta resolução; Análises transcriptômicas: a qualidade do RNA será avaliada com o Bioanalyzer (Agilent) com base no RIN (número de integridade do RNA), bem como levando em consideração o DV200, ou seja, a porcentagem de fragmentos de RNA com mais de 200 nucleotídeos Não- análises metabolômicas direcionadas serão realizadas usando um método baseado em cromatografia líquida de ultra-alta eficiência Análise de injeção de fluxo - espectrometria de massa em tandem para quantificar acilcarnitinas, glicerofosfolipídios, esfingolipídios e açúcar, enquanto a cromatografia líquida
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Dia 1
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A avaliação das consequências morfológicas das mutações CAMK2a em progenitores neuronais humanos e linhas celulares neuronais diferenciadas
Prazo: Dia 1
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abordagens de imunocitoquímica e expressão proteica usando microscopia confocal e Western blotting com anticorpos específicos para proteínas expressas em neurônios (MAP2, Tubulina beta 3, PSD95, SNAP25), astrócitos (GFAP) ou oligodendrócitos (Gal-C)
|
Dia 1
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Colaboradores e Investigadores
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Datas de registro do estudo
Datas Principais do Estudo
Início do estudo (Real)
Conclusão Primária (Real)
Conclusão do estudo (Real)
Datas de inscrição no estudo
Enviado pela primeira vez
Enviado pela primeira vez que atendeu aos critérios de CQ
Primeira postagem (Real)
Atualizações de registro de estudo
Última Atualização Postada (Real)
Última atualização enviada que atendeu aos critérios de controle de qualidade
Última verificação
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Termos relacionados a este estudo
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Outros números de identificação do estudo
- 49RC17_0224
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