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Multi-Omics e IPSC per migliorare la diagnosi delle disabilità intellettive rare (MIDRID)

13 agosto 2024 aggiornato da: University Hospital, Angers

Background I fattori genetici svolgono un ruolo importante nella disabilità intellettiva (ID), ma in molti casi la causa sottostante non è determinata.

Questa proposta è la continuazione del precedente progetto interregionale HUGODIMS, il cui scopo era eseguire il sequenziamento dell'intero esoma (WES) in 69 trii genitore-figlio con ID simplex accuratamente selezionati. Grazie al consorzio HUGODIMS, la causa genetica alla base dell'ID è stata determinata o fortemente sospettata in 48 casi (69,5%) e sono stati identificati 7 nuovi geni dell'ID.

Ipotesi I ricercatori ipotizzano che un approccio che combini genomica, trascrittomica, metabolomica e analisi morfologiche eseguite su cellule neurali derivate da cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) migliorerebbe la diagnosi di ID. L'attuale proposta è quindi un progetto di prova di concetto che mira a valutare la rilevanza e l'efficacia di questo approccio multi-omico.

Obiettivi e metodi Verranno inclusi dieci individui con ID reclutati tramite HUGODIMS, nei quali WES non è riuscito a identificare varianti patogene.

Il flusso di lavoro è il seguente:

  1. Sequenziamento dell'intero genoma (WGS) (Nantes) di questi 10 trii negativi.
  2. Analisi bioinformatiche

  3. In 3 casi WGS negativi, 3 controlli positivi portavano mutazioni distinte in CAMK2a (un nuovo gene ID identificato grazie a HUGODIMS) e 3 controlli negativi sani:

    1. Derivazione di progenitori neurali derivati ​​da cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC) (impianto principale iPSC a Nantes)
    2. Analisi metabolomiche mirate e non mirate eseguite su cellule neuronali derivate da iPSC (Angers)
    3. Sequenziamento dell'RNA eseguito sulle 9 linee cellulari (Rennes)
    4. Analisi morfologiche di linee cellulari neuronali differenziate derivate da 3 individui affetti e 3 controlli positivi portatori di mutazioni CMK2a (Tours)
    5. Integrazione e validazione di dati provenienti da approcci multi-omici e morfologici

Risultati attesi e impatto I ricercatori si aspettano che questo approccio che combina multi-omics e iPSC aiuterà a migliorare la diagnosi e la comprensione dell'ID genetico di causa sconosciuta

Panoramica dello studio

Stato

Completato

Condizioni

Intervento / Trattamento

Tipo di studio

Interventistico

Iscrizione (Effettivo)

7

Fase

  • Non applicabile

Contatti e Sedi

Questa sezione fornisce i recapiti di coloro che conducono lo studio e informazioni su dove viene condotto lo studio.

Luoghi di studio

  • Francia
      • Angers, Francia
        • CHU Angers
      • Bron, Francia
        • HCL Lyon
      • Dijon, Francia
        • CHU de Bourgogne
      • Nantes, Francia
        • CHU Nantes
      • Poitiers, Francia
        • CHU Poitiers
      • Rennes, Francia
        • CHU Rennes

Criteri di partecipazione

I ricercatori cercano persone che corrispondano a una certa descrizione, chiamata criteri di ammissibilità. Alcuni esempi di questi criteri sono le condizioni generali di salute di una persona o trattamenti precedenti.

Criteri di ammissibilità

Età idonea allo studio

Da 2 anni a 25 anni (Bambino, Adulto)

Accetta volontari sani

No

Descrizione

Criteri di inclusione:

  • 3 casi negativi al sequenziamento dell'intero genoma
  • 3 controlli positivi recanti mutazioni distinte in CAMK2a

Criteri di esclusione:

  • nessun consenso/rifiuto informato

Piano di studio

Questa sezione fornisce i dettagli del piano di studio, compreso il modo in cui lo studio è progettato e ciò che lo studio sta misurando.

Come è strutturato lo studio?

Dettagli di progettazione

  • Scopo principale: Diagnostico
  • Assegnazione: N / A
  • Modello interventistico: Assegnazione di gruppo singolo
  • Mascheramento: Nessuno (etichetta aperta)

Armi e interventi

Gruppo di partecipanti / Arm
Intervento / Trattamento
Sperimentale: Campione di sangue
Campione di sangue per analisi
Altro: Campione di sangue
combinando analisi genomiche, trascrittomiche, metabolomiche e morfologiche eseguite su cellule neurali derivate da cellule staminali pluripotenti indotte (iPSC)

Cosa sta misurando lo studio?

Misure di risultato primarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
Valutare la rilevanza e l'efficacia di un approccio multi-omico alla diagnosi di ID di origine genetica sconosciuta.
Lasso di tempo: Giorno 1
Sequenziamento dell'intero genoma: varianti de novo nelle regioni non codificanti del genoma, il WGS sarà eseguito utilizzando HiSeq X Five System 5; Analisi bioinformatica dei dati WGS; progenitori neuronali derivati ​​da iPSC
Giorno 1

Misure di risultato secondarie

Misura del risultato
Misura Descrizione
Lasso di tempo
La valutazione delle conseguenze metabolomiche delle mutazioni CAMK2a nei progenitori neuronali umani e nelle linee cellulari neuronali differenziate
Lasso di tempo: Giorno 1
Accoppiato alla spettrometria di massa ad alta risoluzione; Analisi trascrittomiche: la qualità dell'RNA verrà valutata con il Bioanalyzer (Agilent) sulla base del RIN (RNA Integrity Number) oltre che tenendo conto del DV200, cioè della percentuale di frammenti di RNA con più di 200 nucleotidi Non- analisi metabolomiche mirate saranno eseguite utilizzando un metodo basato sulla cromatografia liquida ad altissima prestazione. Analisi con iniezione di flusso e spettrometria di massa tandem per quantificare acilcarnitine, glicerofosfolipidi, sfingolipidi e zucchero, mentre la cromatografia liquida
Giorno 1
La valutazione delle conseguenze morfologiche delle mutazioni CAMK2a nei progenitori neuronali umani e nelle linee cellulari neuronali differenziate
Lasso di tempo: Giorno 1
approcci immunocitochimici ed espressione proteica utilizzando la microscopia confocale e Western blotting con anticorpi specifici per le proteine ​​espresse nei neuroni (MAP2, Tubulina beta 3, PSD95, SNAP25), astrociti (GFAP) o oligodendrociti (Gal-C)
Giorno 1

Collaboratori e investigatori

Qui è dove troverai le persone e le organizzazioni coinvolte in questo studio.

Sponsor

University Hospital, Angers

Studiare le date dei record

Queste date tengono traccia dell'avanzamento della registrazione dello studio e dell'invio dei risultati di sintesi a ClinicalTrials.gov. I record degli studi e i risultati riportati vengono esaminati dalla National Library of Medicine (NLM) per assicurarsi che soddisfino specifici standard di controllo della qualità prima di essere pubblicati sul sito Web pubblico.

Studia le date principali

Inizio studio (Effettivo)

9 gennaio 2019

Completamento primario (Effettivo)

11 febbraio 2020

Completamento dello studio (Effettivo)

11 febbraio 2020

Date di iscrizione allo studio

Primo inviato

10 agosto 2018

Primo inviato che soddisfa i criteri di controllo qualità

14 agosto 2018

Primo Inserito (Effettivo)

17 agosto 2018

Aggiornamenti dei record di studio

Ultimo aggiornamento pubblicato (Effettivo)

14 agosto 2024

Ultimo aggiornamento inviato che soddisfa i criteri QC

13 agosto 2024

Ultimo verificato

1 agosto 2024

Maggiori informazioni

Termini relativi a questo studio

Termini MeSH pertinenti aggiuntivi

Altri numeri di identificazione dello studio

  • 49RC17_0224

Piano per i dati dei singoli partecipanti (IPD)

Hai intenzione di condividere i dati dei singoli partecipanti (IPD)?

NO

Informazioni su farmaci e dispositivi, documenti di studio

Studia un prodotto farmaceutico regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Studia un dispositivo regolamentato dalla FDA degli Stati Uniti

No

Queste informazioni sono state recuperate direttamente dal sito web clinicaltrials.gov senza alcuna modifica. In caso di richieste di modifica, rimozione o aggiornamento dei dettagli dello studio, contattare register@clinicaltrials.gov. Non appena verrà implementata una modifica su clinicaltrials.gov, questa verrà aggiornata automaticamente anche sul nostro sito web .

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