Multi-Omics e IPSC para mejorar el diagnóstico de discapacidades intelectuales raras (MIDRID)
Antecedentes Los factores genéticos desempeñan un papel importante en la discapacidad intelectual (DI), pero en muchos casos no se determina la causa subyacente.
Esta propuesta es la continuación del proyecto interregional anterior HUGODIMS, cuyo objetivo era realizar la secuenciación del exoma completo (WES) en 69 tríos de padres e hijos con identificación simplex cuidadosamente seleccionados. Gracias al consorcio HUGODIMS, se determinó o se sospechó altamente de la causa genética subyacente de la DI en 48 casos (69,5%) y se identificaron siete nuevos genes de la DI.
Hipótesis Los investigadores plantean la hipótesis de que un enfoque que combine genómica, transcriptómica, metabolómica y análisis morfológicos realizados en células neurales derivadas de células madre pluripotentes inducidas (iPSC) mejoraría el diagnóstico de la DI. Por lo tanto, la propuesta actual es un proyecto de prueba de concepto cuyo objetivo es evaluar la relevancia y eficacia de este enfoque multiómico.
Objetivos y métodos Diez personas con DI reclutadas a través de HUGODIMS, en quienes WES no pudo identificar variantes patogénicas.
El flujo de trabajo es el siguiente:
- Secuenciación del genoma completo (WGS) (Nantes) de estos 10 tríos negativos.
- Análisis bioinformáticos.
En 3 casos negativos de WGS, 3 controles positivos con mutaciones distintas en CAMK2a (un nuevo gen ID identificado gracias a HUGODIMS) y 3 controles negativos sanos:
- Derivación de progenitores neuronales derivados de células madre pluripotentes inducidas (iPSC) (instalación central de iPSC en Nantes)
- Análisis metabolómicos dirigidos y no dirigidos realizados en células neuronales derivadas de iPSC (Angers)
- Secuenciación de ARN realizada en las 9 líneas celulares (Rennes)
- Análisis morfológicos de líneas celulares neuronales diferenciadas derivadas de 3 individuos afectados y 3 controles positivos portadores de mutaciones CMK2a (Tours)
- Integración y validación de datos desde enfoques multiómicos y morfológicos.
Resultados e impacto esperados Los investigadores esperan que este enfoque que combina multiómicas e iPSC ayude a mejorar el diagnóstico y la comprensión de la identificación genética de causa desconocida.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Fase
- No aplica
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Angers, Francia
- CHU Angers
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Bron, Francia
- HCL LYON
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Dijon, Francia
- CHU de Bourgogne
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Nantes, Francia
- CHU Nantes
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Poitiers, Francia
- CHU Poitiers
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Rennes, Francia
- Chu Rennes
-
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Descripción
Criterios de inclusión:
- 3 casos negativos de secuenciación del genoma completo
- 3 controles positivos con mutaciones distintas en CAMK2a
Criterios de exclusión:
- sin consentimiento/rechazo informado
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Propósito principal: Diagnóstico
- Asignación: N / A
- Modelo Intervencionista: Asignación de un solo grupo
- Enmascaramiento: Ninguno (etiqueta abierta)
Armas e Intervenciones
Grupo de participantes/brazo |
Intervención / Tratamiento |
|---|---|
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Experimental: Muestra de sangre
Muestra de sangre para análisis.
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combinando análisis genómicos, transcriptómicos, metabolómicos y morfológicos realizados en células neurales derivadas de células madre pluripotentes inducidas (iPSC)
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¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
|---|---|---|
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Evaluar la relevancia y eficacia de un enfoque multiómico para el diagnóstico de la DI de origen genético desconocido.
Periodo de tiempo: Día 1
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Secuenciación del genoma completo: variantes de novo en regiones no codificantes del genoma, WGS se realizará utilizando HiSeq X Five System 5; Análisis bioformático de datos WGS; progenitores neuronales derivados de iPSC
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Día 1
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Medidas de resultado secundarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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La evaluación de las consecuencias metabolómicas de las mutaciones de CAMK2a en progenitores neuronales humanos y líneas celulares neuronales diferenciadas.
Periodo de tiempo: Día 1
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Acoplado a espectrometría de masas de alta resolución; Análisis transcriptómicos: la calidad del ARN se evaluará con el Bioanalizador (Agilent) en función del RIN (número de integridad del ARN), así como teniendo en cuenta el DV200, es decir, el porcentaje de fragmentos de ARN con más de 200 nucleótidos. Los análisis metabolómicos específicos se realizarán utilizando un método basado en cromatografía líquida de ultra alto rendimiento. Análisis de inyección de flujo-espectrometría de masas en tándem para cuantificar acilcarnitinas, glicerofosfolípidos, esfingolípidos y azúcares, mientras que la cromatografía líquida
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Día 1
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La evaluación de las consecuencias morfológicas de las mutaciones CAMK2a en progenitores neuronales humanos y líneas celulares neuronales diferenciadas.
Periodo de tiempo: Día 1
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Enfoques de inmunocitoquímica y expresión de proteínas mediante microscopía confocal y transferencia Western con anticuerpos específicos para proteínas expresadas en neuronas (MAP2, tubulina beta 3, PSD95, SNAP25), astrocitos (GFAP) u oligodendrocitos (Gal-C).
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Día 1
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Colaboradores e Investigadores
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Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Actual)
Finalización del estudio (Actual)
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- 49RC17_0224
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Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
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