Мультиомики и IPSC для улучшения диагностики редких нарушений умственного развития (MIDRID)
Актуальность проблемы Генетические факторы играют важную роль в умственной отсталости (ИН), но во многих случаях основная причина не определена.
Это предложение является продолжением предыдущего межрегионального проекта HUGODIMS, целью которого было выполнение полного секвенирования экзома (WES) в 69 тщательно отобранных трио родитель-потомок с симплексной идентификацией. Благодаря консорциуму HUGODIMS основная генетическая причина ID была определена или с высокой долей вероятности установлена в 48 случаях (69,5%) и было идентифицировано 7 новых генов ID.
Гипотеза Исследователи предполагают, что подход, сочетающий геномику, транскриптомику, метаболомику и морфологический анализ, выполняемый на нервных клетках, полученных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (иПСК), улучшит диагностику ID. Таким образом, нынешнее предложение представляет собой проект по проверке концепции, направленный на оценку актуальности и эффективности этого мультиомного подхода.
Цели и методы. Будут включены десять человек с ID, набранных через HUGODIMS, у которых WES не смог идентифицировать патогенные варианты.
Рабочий процесс следующий:
- Полногеномное секвенирование (WGS) (Нант) этих 10 отрицательных трио.
- Биоинформатический анализ
В 3 отрицательных случаях WGS, 3 положительных контроля с отчетливыми мутациями в CAMK2a (новый ген ID, идентифицированный благодаря HUGODIMS), и 3 здоровых отрицательных контроля:
- Получение нейрональных предшественников, происходящих из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (иПСК) (основной центр ИПСК в Нанте)
- Целевые и нецелевые метаболомные анализы, выполненные на нейрональных клетках, полученных из ИПСК (Ангерс)
- Секвенирование РНК выполнено на 9 клеточных линиях (Ренн)
- Морфологический анализ линий дифференцированных нейрональных клеток, полученных от 3 больных людей и 3 положительных контролей, несущих мутации CMK2a (Турс)
- Интеграция и проверка данных мультиомики и морфологических подходов
Ожидаемые результаты и влияние Исследователи ожидают, что этот подход, сочетающий мультиомику и ИПСК, поможет улучшить диагностику и понимание генетической идентификации неизвестной причины.
Обзор исследования
Статус
Вмешательство/лечение
Тип исследования
Регистрация (Действительный)
Фаза
- Непригодный
Контакты и местонахождение
Места учебы
-
-
-
Angers, Франция
- CHU Angers
-
Bron, Франция
- HCL LYON
-
Dijon, Франция
- CHU de Bourgogne
-
Nantes, Франция
- CHU Nantes
-
Poitiers, Франция
- CHU Poitiers
-
Rennes, Франция
- Chu Rennes
-
-
Критерии участия
Критерии приемлемости
Возраст, подходящий для обучения
Принимает здоровых добровольцев
Описание
Критерии включения:
- 3 отрицательных случая полногеномного секвенирования
- 3 положительных контроля, несущих различные мутации в CAMK2a
Критерии исключения:
- отсутствие информированного согласия/отказа
Учебный план
Как устроено исследование?
Детали дизайна
- Основная цель: Диагностика
- Распределение: Н/Д
- Интервенционная модель: Одногрупповое задание
- Маскировка: Нет (открытая этикетка)
Оружие и интервенции
Группа участников / Армия |
Вмешательство/лечение |
|---|---|
|
Экспериментальный: Образец крови
Образец крови для анализов
|
сочетание геномики, транскриптомики, метаболомики и морфологического анализа, выполняемого на нервных клетках, полученных из индуцированных плюрипотентных стволовых клеток (ИПСК)
|
Что измеряет исследование?
Первичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Оценить актуальность и эффективность мультиомного подхода к диагностике ИД неизвестного генетического происхождения.
Временное ограничение: День 1
|
Полногеномное секвенирование: варианты de novo в некодирующих областях генома, WGS будет выполняться с использованием системы HiSeq X Five System 5; Биоинформатический анализ данных WGS; предшественники нейронов, полученные из ИПСК
|
День 1
|
Вторичные показатели результатов
Мера результата |
Мера Описание |
Временное ограничение |
|---|---|---|
|
Оценка метаболомических последствий мутаций CAMK2a в предшественниках нейронов человека и дифференцированных линиях нейрональных клеток
Временное ограничение: День 1
|
В сочетании с масс-спектрометрией высокого разрешения; Транскриптомный анализ: качество РНК будет оцениваться с помощью биоанализатора (Agilent) на основе RIN (числа целостности РНК), а также с учетом DV200, т.е. процента фрагментов РНК с более чем 200 нуклеотидами, не целевые метаболомные анализы будут проводиться с использованием метода, основанного на сверхвысокоэффективной жидкостной хроматографии. Проточно-инжекционный анализ - тандемная масс-спектрометрия для количественного определения ацилкарнитинов, глицерофосфолипидов, сфинголипидов и сахара, тогда как жидкостная хроматография
|
День 1
|
|
Оценка морфологических последствий мутаций CAMK2a в предшественниках нейронов человека и дифференцированных линиях нейрональных клеток
Временное ограничение: День 1
|
иммуноцитохимия и подходы к экспрессии белков с использованием конфокальной микроскопии и вестерн-блоттинга с антителами, специфичными к белкам, экспрессируемым в нейронах (MAP2, тубулин бета 3, PSD95, SNAP25), астроцитах (GFAP) или олигодендроцитах (Gal-C)
|
День 1
|
Соавторы и исследователи
Спонсор
Даты записи исследования
Изучение основных дат
Начало исследования (Действительный)
Первичное завершение (Действительный)
Завершение исследования (Действительный)
Даты регистрации исследования
Первый отправленный
Впервые представлено, что соответствует критериям контроля качества
Первый опубликованный (Действительный)
Обновления учебных записей
Последнее опубликованное обновление (Действительный)
Последнее отправленное обновление, отвечающее критериям контроля качества
Последняя проверка
Дополнительная информация
Термины, связанные с этим исследованием
Дополнительные соответствующие термины MeSH
Другие идентификационные номера исследования
- 49RC17_0224
Планирование данных отдельных участников (IPD)
Планируете делиться данными об отдельных участниках (IPD)?
Информация о лекарствах и устройствах, исследовательские документы
Изучает лекарственный продукт, регулируемый FDA США.
Изучает продукт устройства, регулируемый Управлением по санитарному надзору за качеством пищевых продуктов и медикаментов США.
Эта информация была получена непосредственно с веб-сайта clinicaltrials.gov без каких-либо изменений. Если у вас есть запросы на изменение, удаление или обновление сведений об исследовании, обращайтесь по адресу register@clinicaltrials.gov. Как только изменение будет реализовано на clinicaltrials.gov, оно будет автоматически обновлено и на нашем веб-сайте. .