多组学和 IPSC 改善罕见智力障碍的诊断 (MIDRID)
2024年8月13日 更新者：University Hospital, Angers
背景 遗传因素在智力障碍 (ID) 中发挥着重要作用，但在许多情况下，根本原因尚未确定。
该提案是之前区域间项目 HUGODIMS 的延续，该项目的目的是对 69 个经过彻底选择的单工 ID 亲子三人组进行全外显子组测序 (WES)。 感谢 HUGODIMS 联盟，在 48 例 (69.5%) 病例中确定或高度怀疑 ID 的潜在遗传原因，并鉴定了 7 个新的 ID 基因。
假设 研究人员假设，对诱导多能干细胞 (iPSC) 衍生的神经细胞进行基因组学、转录组学、代谢组学和形态学分析相结合的方法将改善 ID 的诊断。 因此，当前的提案是一个概念验证项目，旨在评估这种多组学方法的相关性和有效性。
目的和方法 通过 HUGODIMS 招募 10 名 ID 个体，WES 未能识别出其中的致病变异。
工作流程如下：
- 这 10 个阴性三人组的全基因组测序 (WGS)（南特）。
- 生物信息学分析
在 3 个 WGS 阴性病例中，3 个阳性对照带有 CAMK2a（一种通过 HUGODIMS 鉴定的新型 ID 基因）的明显突变，以及 3 个健康阴性对照：
- 诱导多能干细胞 (iPSC) 衍生的神经祖细胞的衍生（南特的 iPSC 核心设施）
- 对 iPSC 衍生的神经元细胞（Angers）进行靶向和非靶向代谢组学分析
- 对 9 种细胞系（雷恩）进行 RNA 测序
- 对源自 3 个受影响个体和 3 个带有 CMK2a 突变的阳性对照的分化神经元细胞系进行形态学分析 (Tours)
- 多组学和形态学方法数据的整合和验证
预期结果和影响 研究人员预计，这种结合多组学和 iPSC 的方法将有助于改善对未知原因遗传 ID 的诊断和理解
研究概览
研究类型
介入性
注册 (实际的)
7
阶段
- 不适用
联系人和位置
本节提供了进行研究的人员的详细联系信息，以及有关进行该研究的地点的信息。
学习地点
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Angers、法国
- CHU Angers
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Bron、法国
- HCL LYON
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Dijon、法国
- CHU de Bourgogne
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Nantes、法国
- CHU Nantes
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Poitiers、法国
- CHU Poitiers
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Rennes、法国
- Chu Rennes
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参与标准
研究人员寻找符合特定描述的人，称为资格标准。这些标准的一些例子是一个人的一般健康状况或先前的治疗。
资格标准
适合学习的年龄
2年 至 25年 (孩子、成人)
接受健康志愿者
不
描述
纳入标准：
- 3 全基因组测序阴性病例
- 3 个阳性对照带有 CAMK2a 的不同突变
排除标准：
- 没有知情同意/拒绝
学习计划
本节提供研究计划的详细信息，包括研究的设计方式和研究的衡量标准。
研究是如何设计的？
设计细节
- 主要用途：诊断
- 分配：不适用
- 介入模型：单组作业
- 屏蔽：无（打开标签）
武器和干预
参与者组/臂 |
干预/治疗 |
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实验性的：血液样本
用于分析的血液样本
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结合对诱导多能干细胞 (iPSC) 衍生的神经细胞进行基因组学、转录组学、代谢组学和形态学分析
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研究衡量的是什么？
主要结果指标
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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评估多组学方法诊断遗传来源不明的 ID 的相关性和有效性。
大体时间：第一天
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全基因组测序：基因组非编码区域的从头变异，WGS 将使用 HiSeq X Five System 5 进行； WGS数据的生物信息学分析； iPSC 衍生的神经元祖细胞
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第一天
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次要结果测量
结果测量 |
措施说明 |
大体时间 |
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人类神经祖细胞和分化神经细胞系中 CAMK2a 突变的代谢组学后果的评估
大体时间：第一天
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与高分辨率质谱联用；转录组学分析：RNA 的质量将使用生物分析仪（安捷伦）根据 RIN（RNA 完整性数）以及 DV200（即超过 200 个核苷酸的 RNA 片段的百分比）进行评估将使用基于超高效液相色谱流动注射分析-串联质谱法的方法进行靶向代谢组学分析，以定量酰基肉碱、甘油磷脂、鞘脂和糖，而液相色谱法
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第一天
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人类神经祖细胞和分化神经细胞系中 CAMK2a 突变的形态学后果的评估
大体时间：第一天
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使用共聚焦显微镜和蛋白质印迹法进行免疫细胞化学和蛋白质表达方法，使用针对神经元（MAP2、微管蛋白β3、PSD95、SNAP25）、星形胶质细胞（GFAP）或少突胶质细胞（Gal-C）中表达的蛋白质特异的抗体
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第一天
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合作者和调查者
在这里您可以找到参与这项研究的人员和组织。
研究记录日期
这些日期跟踪向 ClinicalTrials.gov 提交研究记录和摘要结果的进度。研究记录和报告的结果由国家医学图书馆 (NLM) 审查，以确保它们在发布到公共网站之前符合特定的质量控制标准。
研究主要日期
学习开始 (实际的)
2019年1月9日
初级完成 (实际的)
2020年2月11日
研究完成 (实际的)
2020年2月11日
研究注册日期
首次提交
2018年8月10日
首先提交符合 QC 标准的
2018年8月14日
首次发布 (实际的)
2018年8月17日
研究记录更新
最后更新发布 (实际的)
2024年8月14日
上次提交的符合 QC 标准的更新
2024年8月13日
最后验证
2024年8月1日
更多信息
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