희귀 지적 장애 진단을 개선하는 다중 오믹스 및 IPSC (MIDRID)
배경 유전적 요인은 지적 장애(ID)에 중요한 역할을 하지만 많은 경우 근본 원인이 밝혀지지 않았습니다.
이 제안은 철저하게 선택된 69개의 단순 ID 부모-자식 트리오에서 전체 엑솜 시퀀싱(WES)을 수행하는 것이 목표인 이전 지역 간 프로젝트 HUGODIMS의 연속입니다. HUGODIMS 컨소시엄 덕분에 ID의 근본적인 유전적 원인이 확인되거나 고도로 의심되는 사례는 48예(69.5%)였으며 7개의 새로운 ID 유전자가 확인되었습니다.
가설 연구자들은 유도만능줄기세포(iPSC) 유래 신경 세포에 대해 수행된 유전체학, 전사체학, 대사체학 및 형태학적 분석을 결합한 접근법이 ID 진단을 향상시킬 것이라는 가설을 세웠습니다. 따라서 현재 제안은 다중 오믹스 접근 방식의 관련성과 효율성을 평가하는 것을 목표로 하는 개념 증명 프로젝트입니다.
목표 및 방법 WES가 병원성 변종을 식별하지 못한 HUGODIMS를 통해 모집된 ID를 가진 10명의 개인이 포함됩니다.
워크플로는 다음과 같습니다.
- 이 10개의 음성 트리오에 대한 전체 게놈 시퀀싱(WGS)(낭트).
- 생물정보학 분석
3개의 WGS 음성 사례에서 CAMK2a(HUGODIMS 덕분에 식별된 새로운 ID 유전자)의 뚜렷한 돌연변이를 보유한 3개의 양성 대조군과 3개의 건강한 음성 대조군이 있습니다.
- 유도만능줄기세포(iPSC) 유래 신경전구체 유도(낭트 iPSC 핵심시설)
- iPSC 유래 신경 세포에서 수행된 표적 및 비표적 대사체학 분석(Angers)
- 9개 세포주(Rennes)에 대해 수행된 RNA 서열 분석
- 영향을 받은 개체 3명과 CMK2a 돌연변이가 있는 양성 대조군 3명에서 유래한 분화된 신경 세포주의 형태학적 분석(투어)
- 다중 오믹스 및 형태학적 접근 방식의 데이터 통합 및 검증
기대효과 및 영향 연구자들은 멀티오믹스와 iPSC를 결합한 이번 접근법이 원인 불명의 유전적 ID에 대한 진단 및 이해를 높이는 데 도움이 될 것으로 기대하고 있다.
연구 개요
연구 유형
등록 (실제)
단계
- 해당 없음
연락처 및 위치
연구 장소
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Angers, 프랑스
- CHU Angers
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Bron, 프랑스
- HCL LYON
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Dijon, 프랑스
- CHU de Bourgogne
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Nantes, 프랑스
- CHU Nantes
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Poitiers, 프랑스
- CHU Poitiers
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Rennes, 프랑스
- Chu Rennes
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참여기준
자격 기준
공부할 수 있는 나이
건강한 자원 봉사자를 받아들입니다
설명
포함 기준:
- 3 전체 게놈 시퀀싱 음성 사례
- CAMK2a에 뚜렷한 돌연변이가 있는 3개의 양성 대조군
제외 기준:
- 고지된 동의/거부 없음
공부 계획
연구는 어떻게 설계됩니까?
디자인 세부사항
- 주 목적: 특수 증상
- 할당: 해당 없음
- 중재 모델: 단일 그룹 할당
- 마스킹: 없음(오픈 라벨)
무기와 개입
참가자 그룹 / 팔 |
개입 / 치료 |
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실험적: 혈액 샘플
분석용 혈액 샘플
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유도만능줄기세포(iPSC) 유래 신경세포에 대해 수행된 유전체학, 전사체학, 대사체학 및 형태학적 분석을 결합합니다.
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연구는 무엇을 측정합니까?
주요 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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알려지지 않은 유전적 기원의 ID 진단에 대한 다중 오믹스 접근법의 관련성과 효율성을 평가합니다.
기간: 1일차
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전체 게놈 시퀀싱: 게놈의 비암호화 영역의 새로운 변종, WGS는 HiSeq X Five System 5를 사용하여 수행됩니다. WGS 데이터의 생체정보학 분석 iPSC에서 유래된 신경 전구세포
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1일차
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2차 결과 측정
결과 측정 |
측정값 설명 |
기간 |
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인간 신경 전구 세포 및 분화된 신경 세포주에서 CAMK2a 돌연변이의 대사체학 결과 평가
기간: 1일차
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고해상도 질량 분석법과 결합; 전사체학 분석: RNA 품질은 RIN(RNA 무결성 번호)을 기준으로 Bioanalyzer(Agilent)를 사용하고 DV200, 즉 200개 이상의 뉴클레오티드를 포함하는 RNA 단편의 비율을 고려하여 평가됩니다. 표적 대사체 분석은 아실카르니틴, 글리세로인지질, 스핑고지질 및 당을 정량화하기 위한 초고성능 액체 크로마토그래피 플로우 주입 분석-탠덤 질량 분석법을 기반으로 하는 방법을 사용하여 수행되며, 액체 크로마토그래피는
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1일차
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인간 신경 전구 세포 및 분화된 신경 세포주에서 CAMK2a 돌연변이의 형태학적 결과 평가
기간: 1일차
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뉴런(MAP2, Tubulin 베타 3, PSD95, SNAP25), 성상교세포(GFAP) 또는 희소돌기아교세포(Gal-C)에서 발현되는 단백질에 특이적인 항체를 사용한 공초점 현미경 및 웨스턴 블롯팅을 사용한 면역세포화학 및 단백질 발현 접근법
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1일차
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공동 작업자 및 조사자
연구 기록 날짜
연구 주요 날짜
연구 시작 (실제)
기본 완료 (실제)
연구 완료 (실제)
연구 등록 날짜
최초 제출
QC 기준을 충족하는 최초 제출
처음 게시됨 (실제)
연구 기록 업데이트
마지막 업데이트 게시됨 (실제)
QC 기준을 충족하는 마지막 업데이트 제출
마지막으로 확인됨
추가 정보
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