Denne siden ble automatisk oversatt og nøyaktigheten av oversettelsen er ikke garantert. Vennligst referer til engelsk versjon for en kildetekst.

Multi-Omics og IPSC-er for å forbedre diagnostisering av sjeldne intellektuelle funksjonshemninger (MIDRID)

13. august 2024 oppdatert av: University Hospital, Angers

Multi-Omics og IPSCs for å forbedre diagnosen av sjeldne intellektuelle funksjonshemminger

Bakgrunn Genetiske faktorer spiller en stor rolle ved intellektuell funksjonshemming (ID), men den underliggende årsaken er ikke bestemt i mange tilfeller.

Dette forslaget er en fortsettelse av det forrige interregionale prosjektet HUGODIMS, hvis mål var å utføre hele eksomsekvensering (WES) i 69 grundig utvalgte simpleks ID foreldre-barn-trioer. Takket være HUGODIMS-konsortiet ble den underliggende genetiske årsaken til ID bestemt eller sterkt mistenkt i 48 tilfeller (69,5%) og 7 nye ID-gener ble identifisert.

Hypotese Etterforskere antar at en tilnærming som kombinerer genomikk, transkriptomikk, metabolomikk og morfologiske analyser utført på induserte pluripotente stamceller (iPSC)-avledede nevrale celler ville forbedre diagnosen ID. Det nåværende forslaget er derfor et proof-of-konsept-prosjekt som tar sikte på å vurdere relevansen og effektiviteten til denne multi-omics-tilnærmingen.

Mål og metoder Ti individer med ID rekruttert gjennom HUGODIMS, hvor WES ikke har klart å identifisere patogene varianter vil bli inkludert.

Arbeidsflyten er som følger:

  1. Helgenomsekvensering (WGS) (Nantes) av disse 10 negative trioene.
  2. Bioinformatikkanalyser

  3. I 3 WGS negative tilfeller, 3 positive kontroller som bærer distinkte mutasjoner i CAMK2a (et nytt ID-gen identifisert takket være HUGODIMS), og 3 friske negative kontroller:

    1. Avledning av induserte pluripotente stamceller (iPSC)-avledede nevrale stamceller (iPSC kjerneanlegg i Nantes)
    2. Målrettede og ikke-målrettede metabolomiske analyser utført på iPSC-avledede nevronceller (Angers)
    3. RNA-sekvensering utført på de 9 cellelinjene (Rennes)
    4. Morfologiske analyser av differensierte nevroncellelinjer avledet fra 3 berørte individer og 3 positive kontroller som bærer CMK2a-mutasjoner (Tours)
    5. Integrasjon og validering av data fra multi-omics og morfologiske tilnærminger

Forventede resultater og innvirkning Etterforskere forventer at denne tilnærmingen som kombinerer multi-omics og iPSC vil bidra til å forbedre diagnose og forståelse av genetisk ID av ukjent årsak

Studieoversikt

Status

Fullført

Forhold

Intervensjon / Behandling

Studietype

Intervensjonell

Registrering (Faktiske)

7

Fase

  • Ikke aktuelt

Kontakter og plasseringer

Denne delen inneholder kontaktinformasjon for de som utfører studien, og informasjon om hvor denne studien blir utført.

Studiesteder

  • Frankrike
      • Angers, Frankrike
        • CHU Angers
      • Bron, Frankrike
        • HCL LYON
      • Dijon, Frankrike
        • CHU de Bourgogne
      • Nantes, Frankrike
        • CHU Nantes
      • Poitiers, Frankrike
        • CHU Poitiers
      • Rennes, Frankrike
        • Chu Rennes

Deltakelseskriterier

Forskere ser etter personer som passer til en bestemt beskrivelse, kalt kvalifikasjonskriterier. Noen eksempler på disse kriteriene er en persons generelle helsetilstand eller tidligere behandlinger.

Kvalifikasjonskriterier

Alder som er kvalifisert for studier

2 år til 25 år (Barn, Voksen)

Tar imot friske frivillige

Nei

Beskrivelse

Inkluderingskriterier:

  • 3 Whole Genome Sequencing negative tilfeller
  • 3 positive kontroller som bærer distinkte mutasjoner i CAMK2a

Ekskluderingskriterier:

  • ikke informert samtykke/avslag

Studieplan

Denne delen gir detaljer om studieplanen, inkludert hvordan studien er utformet og hva studien måler.

Hvordan er studiet utformet?

Designdetaljer

  • Primært formål: Diagnostisk
  • Tildeling: N/A
  • Intervensjonsmodell: Enkeltgruppeoppdrag
  • Masking: Ingen (Open Label)

Våpen og intervensjoner

Deltakergruppe / Arm
Intervensjon / Behandling
Eksperimentell: Blodprøve
Blodprøve for analyser
Annen: Blodprøve
kombinerer genomikk, transkriptomikk, metabolomikk og morfologiske analyser utført på induserte pluripotente stamceller (iPSC)-avledede nevrale celler

Hva måler studien?

Primære resultatmål

Resultatmål
Tiltaksbeskrivelse
Tidsramme
For å evaluere relevansen og effektiviteten av en multi-omics-tilnærming til diagnostisering av ID av ukjent genetisk opprinnelse.
Tidsramme: Dag 1
Helgenomsekvensering: de novo-varianter i ikke-kodende regioner av genomet, WGS vil bli utført ved bruk av HiSeq X Five System 5; Bionformatikkanalyse av WGS-data; nevronale stamceller avledet fra iPSC
Dag 1

Sekundære resultatmål

Resultatmål
Tiltaksbeskrivelse
Tidsramme
Vurderingen av metabolomiske konsekvenser av CAMK2a-mutasjoner i humane nevronale stamceller og differensierte nevroncellelinjer
Tidsramme: Dag 1
Koblet til høyoppløselig massespektrometri ; Transkriptomiske analyser: kvaliteten på RNA vil bli evaluert med Bioanalyzer (Agilent) på grunnlag av RIN (RNA-integritetsnummer) samt ved å ta hensyn til DV200, dvs. prosentandelen av RNA-fragmenter med mer enn 200 nukleotider Ikke- målrettede metabolomiske analyser vil bli utført ved hjelp av en metode basert på ultra-høyytelses væskekromatografi. Strømningsinjeksjonsanalyse-tandem massespektrometri for kvantifisering av acylkarnitiner, glyserofosfolipider, sfingolipider og sukker, mens væskekromatografi
Dag 1
Vurderingen av morfologiske konsekvenser av CAMK2a-mutasjoner i humane nevronale stamceller og differensierte nevroncellelinjer
Tidsramme: Dag 1
immunocytokjemi og proteinekspresjonstilnærminger ved bruk av konfokal mikroskopi og Western blotting med antistoffer spesifikke for proteiner uttrykt i nevroner (MAP2, Tubulin beta 3, PSD95, SNAP25), astrocytter (GFAP) eller oligodendrocytter (Gal-C)
Dag 1

Samarbeidspartnere og etterforskere

Det er her du vil finne personer og organisasjoner som er involvert i denne studien.

Sponsor

University Hospital, Angers

Studierekorddatoer

Disse datoene sporer fremdriften for innsending av studieposter og sammendragsresultater til ClinicalTrials.gov. Studieposter og rapporterte resultater gjennomgås av National Library of Medicine (NLM) for å sikre at de oppfyller spesifikke kvalitetskontrollstandarder før de legges ut på det offentlige nettstedet.

Studer hoveddatoer

Studiestart (Faktiske)

9. januar 2019

Primær fullføring (Faktiske)

11. februar 2020

Studiet fullført (Faktiske)

11. februar 2020

Datoer for studieregistrering

Først innsendt

10. august 2018

Først innsendt som oppfylte QC-kriteriene

14. august 2018

Først lagt ut (Faktiske)

17. august 2018

Oppdateringer av studieposter

Sist oppdatering lagt ut (Faktiske)

14. august 2024

Siste oppdatering sendt inn som oppfylte QC-kriteriene

13. august 2024

Sist bekreftet

1. august 2024

Mer informasjon

Begreper knyttet til denne studien

Ytterligere relevante MeSH-vilkår

Andre studie-ID-numre

  • 49RC17_0224

Plan for individuelle deltakerdata (IPD)

Planlegger du å dele individuelle deltakerdata (IPD)?

NEI

Legemiddel- og utstyrsinformasjon, studiedokumenter

Studerer et amerikansk FDA-regulert medikamentprodukt

Nei

Studerer et amerikansk FDA-regulert enhetsprodukt

Nei

Denne informasjonen ble hentet direkte fra nettstedet clinicaltrials.gov uten noen endringer. Hvis du har noen forespørsler om å endre, fjerne eller oppdatere studiedetaljene dine, vennligst kontakt register@clinicaltrials.gov. Så snart en endring er implementert på clinicaltrials.gov, vil denne også bli oppdatert automatisk på nettstedet vårt. .

Abonnere