フランスの集団ゲノム多様性 (POPGEN)

ハイスループット シーケンシング技術の開発により、ヒト ゲノムをシーケンシングし、個々のゲノムのすべての遺伝子バリアントを特定する新しい可能性が開かれました。 各ゲノムには、参照配列との 400 万を超える違い、つまりバリアントが見つかります。本当の課題は、「針の山の中の針」を見つけることです。 これらのバリアントの大部分は中立であり、個々の表現型に影響を与えませんが、それらのいくつかは個々の健康を損ない、病気につながる可能性があります. 疾患における配列バリアントの関与を示し、偽陽性報告を制限するためのガイドラインが提案されています。 これらのガイドラインでは、祖先の観点から患者に可能な限り一致する患者と大規模な対照データセット間のバリアントの分布を比較する要件に重点が置かれています。

1000 Genomes Project Consortium、Exome Sequencing Project (ESP)、または Exome Aggregation Consortium (ExAC) からのものなど、いくつかの大規模な参照データセットが公開されており、祖先を持つ個人のエクソームまたは全ゲノムで見つかったバリアントに関する情報を提供します。異なる集団とそれぞれの頻度。 ヨーロッパ人は、このデータベースで十分に代表されています。 ただし、ヨーロッパの他の地域とは別に考えられているフィンランド人を除いて、個人の出身地であるヨーロッパの地理的地域に関する情報はありません。 ただし、SNP チップを使用した以前の研究では、大陸ヨーロッパの集団間で対立遺伝子頻度にいくつかの違いが存在し、これらの違いが関連研究で偽陽性の結果につながる可能性があることが示されています。 フランスを含むさまざまなヨーロッパの集団に関するいくつかの研究で発見されたように、共通のバリアントでのこれらの対立遺伝子頻度の違いは、国内の地域間でも検出可能です。 関連研究でケースとコントロールを効率的に一致させるには、これらの地理的な細かいスケールの成層パターンを記述することが非常に重要です。 これらの亜種は、ほとんどの場合、地元の集団に最近出現した若い亜種であり、広い地理的領域に広がっていないため、関心がまれな亜種にある場合、これは特に当てはまります。

患者と共通の祖先を持つ個人の DNA 配列にアクセスできることも、診断のために個々のゲノムを分析する際に重要です。 したがって、疾患に関与する可能性が最も高いバリアントを選択するためには、患者が祖先を持つ同じ地理的領域における対立遺伝子頻度分布に関する情報が必要であり、したがって機能アッセイでテストする必要があります。

フランス西部に焦点を当てた最初のプロジェクトは、ナントの Institut du Thorax で進行中です。 予備的な結果は、個人のこのパネルを使用すると、同様の祖先を持つ患者のゲノムのバリアント フィルタリングが改善されることを示しています。 したがって、フランスの他の地理的地域をカバーするように努力する必要があります。

フランスにこのような一般集団パネルを提供するために、POPGEN プロジェクトは、西部以外のフランスのさまざまな地域に祖先を持つ CONSTANCES コホートから 10,000 人を選択します。 これらの参加者は、唾液キットから DNA を抽出し、SNP チップを使用して遺伝子型を特定します。 この 10,000 人のうち、4,000 人の全ゲノム配列が解読されます。 この研究は、フランスのゲノム医療計画 (FMG 2025) の 4 つのパイロット プロジェクトの 1 つです。 FMG2025計画は、診断を加速および改善するために、日常の臨床診療にゲノム配列決定を導入することを目的としています。 POPGEN プロジェクトは、一般的なフランス人集団から必要な参照を提供し、患者のゲノムから一般的なバリアントを除外するのに役立ちます。