프랑스의 인구 게놈 다양성 (POPGEN)

높은 처리량 시퀀싱 기술의 개발은 인간 게놈을 시퀀싱하고 개별 게놈에서 모든 유전 변이를 식별할 수 있는 새로운 가능성을 열었습니다. 각 게놈에서 참조 서열과의 400만 개 이상의 차이, 즉 변이가 발견되며 실제 과제는 "바늘 더미 속의 바늘"을 찾는 것입니다. 이러한 변종의 대부분은 개별 표현형에 영향을 미치지 않고 중립적이지만 일부는 개인의 건강을 손상시키고 질병을 유발할 수 있습니다. 질병의 서열 변이를 암시하고 위양성 보고를 제한하기 위한 지침이 제안되었습니다. 이 가이드라인에서는 가계 측면에서 환자와 최대한 가깝게 일치하는 대규모 제어 데이터 세트와 환자 간의 변이 분포를 비교해야 한다는 요구 사항을 강조합니다.

1000 Genomes Project Consortium, Exome Sequencing Project(ESP) 또는 Exome Aggregation Consortium(ExAC)과 같은 몇 가지 대규모 참조 데이터 세트는 공개적으로 사용할 수 있으며 조상을 가진 개인의 엑솜 또는 전체 게놈에서 발견된 변형에 대한 정보를 제공합니다. 다른 모집단과 각각의 빈도. 유럽인은 이 데이터베이스에서 잘 나타납니다. 그러나 유럽의 나머지 지역과 별도로 간주되는 핀란드인을 제외하고 개인이 출신인 유럽의 지리적 지역에 대한 정보는 없습니다. 그러나 SNP 칩을 사용한 이전 연구에서는 유럽 대륙 인구 사이에 대립유전자 빈도에 약간의 차이가 존재하고 이러한 차이가 연관 연구에서 위양성 결과로 이어질 수 있음을 보여주었습니다. 프랑스를 포함한 다른 유럽 인구에 대한 여러 연구에서 발견된 바와 같이 공통 변이체에서의 이러한 대립 유전자 빈도 차이는 국가 내의 지역 간에도 감지할 수 있습니다. 연관성 연구에서 케이스와 컨트롤을 효율적으로 일치시킬 수 있도록 이러한 지리적 미세한 계층화 패턴을 설명하는 것이 매우 중요합니다. 희귀 변종에 대한 관심이 있는 경우 특히 그렇습니다. 이러한 변종은 대다수의 경우 최근에 지역 개체군에 나타나고 넓은 지역에 퍼지지 않은 어린 변종이기 때문입니다.

진단을 위해 개별 게놈을 분석할 때 환자와 공통 조상을 공유하는 개인의 DNA 서열에 접근하는 것도 중요합니다. 따라서 환자의 조상이 있는 동일한 지리적 영역에서 대립유전자 빈도 분포에 관한 정보는 질병에 가장 많이 관여할 가능성이 있는 변이를 선택하는 데 도움이 되며 따라서 기능적 분석에서 테스트되어야 합니다.

프랑스 서부 지역에 초점을 맞춘 첫 번째 프로젝트가 낭트의 Institut du Thorax에서 진행 중입니다. 예비 결과는 이 개인 패널을 사용하는 것이 유사한 조상을 가진 환자의 게놈에서 변이체 필터링을 개선한다는 것을 보여주었습니다. 따라서 프랑스의 다른 지역을 포괄하기 위한 노력을 기울여야 합니다.

프랑스에 이러한 일반 인구 패널을 제공하기 위해 POPGEN 프로젝트는 서부 이외의 프랑스 여러 지역에 조상이 있는 CONSTANCES 코호트에서 10,000명의 개인을 선택할 것입니다. 이 참가자들은 타액 키트에서 DNA를 추출하고 SNP 칩을 사용하여 유전자형을 결정합니다. 이 10,000명의 개인 중에서 4,000명의 개인이 전체 게놈 시퀀싱을 받게 됩니다. 이 연구는 프랑스 유전체 의학 계획(FMG 2025)의 4개 파일럿 프로젝트 중 하나입니다. FMG2025 계획은 진단을 가속화하고 개선하기 위해 일상적인 임상 실습에 게놈 시퀀싱을 도입하는 것을 목표로 합니다. POPGEN 프로젝트는 환자의 게놈에서 일반적인 변이를 걸러내는 데 도움이 되도록 일반 프랑스 인구에서 필요한 참고 자료를 제공할 것입니다.