Diversidad genómica de la población de Francia (POPGEN)
Tener acceso a secuencias de ADN de individuos que comparten ancestros comunes con pacientes es de interés cuando se analizan genomas individuales para diagnósticos. La información sobre la distribución de frecuencias de alelos en las mismas áreas geográficas donde los pacientes tienen ascendencia será necesaria para ayudar a seleccionar las variantes que tienen más probabilidades de estar involucradas en la enfermedad y, por lo tanto, deben analizarse en ensayos funcionales.
Para proporcionar un panel de población general de este tipo para Francia, el proyecto POPGEN seleccionará a 10 000 individuos de la cohorte CONSTANCES con ascendencia en diferentes regiones de Francia fuera de la parte occidental. A estos participantes se les extraerá el ADN de los kits salivales y se les genotipificará utilizando SNP-chip. Entre estos 10.000 individuos, se secuenciará el genoma completo de 4.000 individuos. Este estudio es uno de los cuatro proyectos piloto del plan France Genomic Medicine (FMG 2025). El plan FMG2025 tiene como objetivo introducir la secuenciación del genoma en la práctica clínica habitual para acelerar y mejorar los diagnósticos. El proyecto POPGEN proporcionará las referencias requeridas de la población general francesa para ayudar a filtrar las variantes comunes de los genomas de los pacientes.
Descripción general del estudio
Estado
Condiciones
Intervención / Tratamiento
Descripción detallada
El desarrollo de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento ha abierto nuevas posibilidades para secuenciar el genoma humano e identificar todas las variantes genéticas en el genoma individual. En cada genoma se encuentran más de cuatro millones de diferencias con respecto a la secuencia de referencia, es decir, variantes, y el verdadero desafío es encontrar "las agujas en montones de agujas". La mayoría de estas variantes son neutrales y no tienen impacto en el fenotipo individual, pero algunas de ellas podrían afectar la salud individual y provocar enfermedades. Se han propuesto directrices para implicar variantes de secuencia en enfermedades y limitar los informes de falsos positivos. En estas pautas, se hace hincapié en el requisito de comparar las distribuciones de variantes entre pacientes y grandes conjuntos de datos de control que coincidan lo más posible con los pacientes en términos de ascendencia.
Varios grandes conjuntos de datos de referencia, como los del 1000 Genomes Project Consortium, el Exome Sequencing Project (ESP) o el Exome Aggregation Consortium (ExAC), están disponibles públicamente y brindan información sobre las variantes encontradas en los exomas o genomas completos de individuos con ascendencia en diferentes poblaciones y sus respectivas frecuencias. Los europeos están bien representados en esta base de datos. Sin embargo, no hay información sobre la región geográfica de Europa de donde son originarios los individuos, a excepción de los finlandeses que se consideran por separado del resto de Europa. Sin embargo, estudios previos que utilizaron chips SNP han demostrado que existen algunas diferencias en las frecuencias alélicas entre las poblaciones de Europa continental y que estas diferencias podrían conducir a resultados falsos positivos en los estudios de asociación. Estas diferencias de frecuencia de alelos en variantes comunes también son detectables entre regiones dentro de un país, como lo encontraron varios estudios en diferentes poblaciones europeas, incluida Francia. Es muy importante describir estos patrones de estratificación geográfica a escala fina para permitir un emparejamiento eficiente de casos y controles en estudios de asociación. Esto es especialmente cierto cuando el interés está en las variantes raras, ya que estas variantes son, en su mayoría, variantes jóvenes que han aparecido recientemente en las poblaciones locales y no se han extendido por grandes regiones geográficas.
Tener acceso a secuencias de ADN de individuos que comparten ascendencia común con los pacientes también es de interés cuando se analizan genomas individuales para diagnósticos. Por lo tanto, será necesaria la información sobre la distribución de frecuencias de alelos en las mismas áreas geográficas donde los pacientes tienen ascendencia para ayudar a seleccionar las variantes que tienen más probabilidades de estar involucradas en la enfermedad y, por lo tanto, deben analizarse en ensayos funcionales.
Un primer proyecto centrado en la parte occidental de Francia está en marcha en el Institut du Thorax de Nantes. Los resultados preliminares han demostrado que el uso de este panel de individuos mejora el filtrado de variantes en los genomas de pacientes con ancestros similares. Por lo tanto, se deben hacer esfuerzos para cubrir otras regiones geográficas de Francia.
Para proporcionar un panel de población general de este tipo para Francia, el proyecto POPGEN seleccionará a 10 000 individuos de la cohorte CONSTANCES con ascendencia en diferentes regiones de Francia fuera de la parte occidental. A estos participantes se les extraerá el ADN de los kits salivales y se les genotipificará utilizando SNP-chip. Entre estos 10.000 individuos, se secuenciará el genoma completo de 4.000 individuos. Este estudio es uno de los cuatro proyectos piloto del plan France Genomic Medicine (FMG 2025). El plan FMG2025 tiene como objetivo introducir la secuenciación del genoma en la práctica clínica habitual para acelerar y mejorar los diagnósticos. El proyecto POPGEN proporcionará las referencias requeridas de la población general francesa para ayudar a filtrar las variantes comunes de los genomas de los pacientes.
Tipo de estudio
Inscripción (Actual)
Contactos y Ubicaciones
Ubicaciones de estudio
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Brest, Francia
- Inserm - UMR1078 GGB
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Criterios de participación
Criterio de elegibilidad
Edades elegibles para estudiar
Acepta Voluntarios Saludables
Método de muestreo
Población de estudio
Los participantes serán reclutados entre los voluntarios de la cohorte CONSTANCES que aceptaron la transmisión de sus datos y proporcionaron información sobre el lugar de nacimiento de sus padres y abuelos. Entre todos esos individuos, 15,000 serán seleccionados al azar de acuerdo con los siguientes criterios:
- El lugar de nacimiento de los ascendientes es conocido y agrupado en un área geográfica restringida (la distancia máxima entre los lugares de nacimiento se definirá después del análisis de su distribución en todo el conjunto de datos),
- Distribución demográfica en la Francia metropolitana.
Descripción
Criterios de inclusión:
- participante incluido en la Cohorte CONSTANCES y ha aceptado transmitir sus datos con fines de investigación,
- participante que cumple con los criterios geográficos del estudio,
- participante que ha dado su consentimiento para participar en este estudio.
Criterio de exclusión:
- participante que no ha devuelto su consentimiento informado o el consentimiento informado no cumple
- participante que no haya proporcionado un consentimiento informado libre por escrito, como en el caso de personas bajo tutela o tutela.
Plan de estudios
¿Cómo está diseñado el estudio?
Detalles de diseño
- Modelos observacionales: Ecológico o Comunitario
- Perspectivas temporales: Futuro
Cohortes e Intervenciones
Grupo / Cohorte |
Intervención / Tratamiento |
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Brazo único
Hay un brazo único en el que estarán incluidos todos los participantes. La intervención consiste en la recogida de una muestra salival. Los voluntarios que accedan a participar deberán recoger su saliva con el dispositivo de autorecogida. A continuación, le devolverán su muestra de saliva y una copia fechada y firmada del formulario de consentimiento informado en el sobre de devolución con franqueo pagado. Todo el ADN de las muestras de saliva se extraerá automáticamente, luego se genotipificarán las muestras de ADN y se secuenciará un subconjunto de 4000 ADN. El genotipado consistirá en la medición de la variación genética general, incluidos los polimorfismos de un solo nucleótido. El genotipado de SNP se realizará mediante chips de alta densidad Illumina, en plataforma de producción CNRGH. La secuenciación se realizará para alcanzar una cobertura media de 30X para cada muestra y una cobertura media mínima de 25X. Finalmente, se realizará un análisis bioinformático sobre los datos de secuenciación. |
Los voluntarios que accedieron a participar tendrán que recoger su saliva con el dispositivo de autorecogida. A continuación, le devolverán su muestra de saliva y una copia fechada y firmada del formulario de consentimiento informado en el sobre de devolución con franqueo pagado. Todo el ADN de las muestras de saliva se extraerá automáticamente, luego se genotipificarán las muestras de ADN y se secuenciarán 4.000 de ellas. El genotipado consistirá en la medición de la variación genética general, incluidos los polimorfismos de un solo nucleótido. El genotipado de SNP se realizará mediante chips de alta densidad Illumina, en plataforma de producción CNRGH. Se seleccionará un subconjunto de 4000 individuos para proporcionar una cobertura geográfica homogénea y evitar la inclusión de individuos relacionados que compartirán grandes regiones genómicas. La secuenciación se realizará para alcanzar una cobertura media de 30X para cada muestra y una cobertura media mínima de 25X. Finalmente, se realizará un análisis bioinformático sobre los datos de secuenciación. |
¿Qué mide el estudio?
Medidas de resultado primarias
Medida de resultado |
Medida Descripción |
Periodo de tiempo |
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Genotipos y frecuencias alélicas de los participantes
Periodo de tiempo: Al finalizar los estudios, un promedio de 1 año
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Se seleccionarán 4.000 personas en función de los lugares de nacimiento de sus abuelos para asegurar una cobertura homogénea de las diferentes regiones geográficas.
Se secuenciará el ADN de estos 4.000 individuos.
Los genotipos y las frecuencias alélicas en las diferentes posiciones genómicas donde se observarán variaciones en la población POPGEN se calcularán mediante el simple conteo de sus ocurrencias en el conjunto de datos.
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Al finalizar los estudios, un promedio de 1 año
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Colaboradores e Investigadores
Colaboradores
Investigadores
- Director de estudio: Emmanuelle GENIN, Researcher, Inserm - UMR1078 GGB
Fechas de registro del estudio
Fechas importantes del estudio
Inicio del estudio (Actual)
Finalización primaria (Actual)
Finalización del estudio (Estimado)
Fechas de registro del estudio
Enviado por primera vez
Primero enviado que cumplió con los criterios de control de calidad
Publicado por primera vez (Actual)
Actualizaciones de registros de estudio
Última actualización publicada (Estimado)
Última actualización enviada que cumplió con los criterios de control de calidad
Última verificación
Más información
Términos relacionados con este estudio
Palabras clave
Otros números de identificación del estudio
- C19-39
- 2019-A01862-55 (Otro identificador: ANSM)
Información sobre medicamentos y dispositivos, documentos del estudio
Estudia un producto farmacéutico regulado por la FDA de EE. UU.
Estudia un producto de dispositivo regulado por la FDA de EE. UU.
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