法国种群基因组多样性 (POPGEN)

高通量测序技术的发展为人类基因组测序和识别个体基因组中的所有遗传变异开辟了新的可能性。 在每个基因组中，发现了超过四百万个与参考序列的差异，即变体，真正的挑战是找到“针堆中的针”。 这些变异中的大多数是中性的，对个体表型没有影响，但其中一些变异可能损害个体健康并导致疾病。 已经提出了涉及疾病的序列变异和限制假阳性报告的指南。 在这些指南中，重点放在比较患者和大型对照数据集之间的变异分布的要求上，这些数据集在血统方面尽可能与患者匹配。

几个大型参考数据集，例如来自 1000 Genomes Project Consortium、Exome Sequencing Project (ESP) 或 Exome Aggregation Consortium (ExAC) 的数据集是公开的，并提供有关在具有以下血统的个体的外显子组或全基因组中发现的变异的信息不同的人群及其各自的频率。 欧洲人在这个数据库中有很好的代表性。 但是，除了与欧洲其他地区分开考虑的芬兰人之外，没有关于个人来自欧洲地理区域的信息。 然而，之前使用 SNP 芯片的研究表明，欧洲大陆人群之间的等位基因频率存在一些差异，这些差异可能导致关联研究中的假阳性结果。 正如对不同欧洲人群（包括法国）的几项研究发现的那样，在一个国家内的不同地区之间也可以检测到常见变异的这些等位基因频率差异。 描述这些地理精细尺度分层模式非常重要，以便在关联研究中有效匹配病例和对照。 当人们对稀有变体感兴趣时尤其如此，因为对于大多数变体来说，这些变体是最近出现在当地人群中并且没有传播到大片地理区域的年轻变体。

在分析个体基因组进行诊断时，获取与患者具有共同血统的个体的 DNA 序列也很有意义。 因此，有关患者具有血统的同一地理区域的等位基因频率分布的信息对于帮助选择最有可能与疾病有关的变异是必要的，因此应该在功能测定中进行测试。

第一个关注法国西部的项目正在南特的 Institut du Thorax 进行。 初步结果表明，使用这组个体可以改善具有相似血统的患者基因组中的变异过滤。 因此，应努力覆盖法国的其他地理区域。

为了为法国提供这样一个普通人口面板，POPGEN 项目将从 CONSTANCES 队列中选择 10,000 名个体，他们的祖先分布在法国西部以外的不同地区。 这些参与者将从唾液试剂盒中提取 DNA，并使用 SNP 芯片进行基因分型。 在这 10,000 人中，将对 4,000 人进行全基因组测序。 该研究是法国基因组医学计划（FMG 2025）的四个试点项目之一。 FMG2025 计划旨在在常规临床实践中引入基因组测序，以加速和改进诊断。 POPGEN 项目将提供法国普通人群所需的参考资料，以帮助从患者基因组中过滤出常见变异。