気道消化管がんにおけるラジオゲノミクス

これは前向き研究であり、研究者は、次世代シーケンシング (NGS)、マイクロサテライト不安定性 (MSI)、および免疫組織化学的染色のためにルーチンの病理標本を使用します。

PD-L1、EGFRステータス、ALK、ROS-1などの病理検査。

NGS (Next Generation Sequencing): QIAamp® DNA Blood Mini Kit および QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (QIAGEN GmbH、ヒルデン、ドイツ) を使用して、EDTA 末梢静脈血およびパラフィン包埋腫瘍標本からそれぞれ全 DNA を抽出しました。 DNAの全エクソーム配列については、簡単に言えば、腫瘍と血液のDNAをCovaris M220ソニケーター（Life Technologies Europe、Gent、ベルギー）で超音波処理し、さらに増幅するためにアダプターに連結しました（Illumina® TruSeq Exome Library Prep、USA）。 ライブラリの準備はすべて、台北医科大学の癌翻訳コア施設で行われました。 ライブラリーの調製後、すべてのサンプルは、製造元 (イルミナ、サンディエゴ、米国) の指示に従って、NextSeq500 システムを使用して配列決定されました。 シーケンス パフォーマンスの後、読み取りファイル (fastq) の品質を FastQC によって評価し、参照として人間の Hg19 を使用してマッピングしました。 生殖細胞変異と体細胞変異を特定するために、Varscan アルゴリズムの入力として Bam ファイルを使用しました。 注釈が付けられ、フィルター処理されたバリアントは、IGV (Integrative Genomics Viewer) を使用して手動でチェックされ、サンガー シーケンスによって確認されました。

メガベースあたりの TMB (総突然変異負荷) を計算するには、カウントされた突然変異の総数を、標的領域のコード領域のサイズで割ります。

MATH (変異対立遺伝子腫瘍の不均一性) を計算するために、研究者はまず各腫瘍標本の MAF (遺伝子座で変異対立遺伝子を示す DNA の割合) を取得します。 MAF 分布は、腫瘍内の MAF の中央値 (分布の中心) および MD (中央値偏差) を計算するために使用されます。 MD は、MAF の中央値からすべての MAF の絶対差を取得することによって決定されます。 次に、絶対差の中央値に係数 1.4826 を掛けて MD を取得します。 MATH 値は、中央値に対する MD のパーセンテージ比として計算されます: MATH = (MD/中央値)×100。

MSI (マイクロサテライト不安定性) マイクロサテライト不安定性ポリメラーゼ連鎖反応 (MSI-PCR) MSI-PCR テストは、Promega MSI 分析キット (Promega) を使用して、台北医科大学の Cancer Translational Core Facility によって実施されました。 MSI 分析は、MSI 決定のための 5 つのほぼ単形のモノヌクレオチド マーカー (BAT-25、BAT-26、NR-21、NR-24、および MONO-27) で構成されます。 MSI 分析は、製造元 (Promega) の指示に従って実行されました。 生成物をキャピラリー電気泳動で分析し、調査員は、5 つのモノヌクレオチド遺伝子座のうち 2 つ以上でのマイクロサテライト不安定性を MSI-high、単一のモノヌクレオチド遺伝子座でのマイクロサテライト不安定性を MSI-low、どの遺伝子座にも不安定性がないことをマイクロサテライト安定と解釈しました ( MSS)。

研究者が抽出した FDG PET の画像特徴は次のとおりです。

従来の画像パラメータには、原発腫瘍の SUVmax、代謝腫瘍体積 (MTV)、および全病変解糖 (TLG) が含まれます。 従来の FDG PET パラメーターは、市販のソフトウェア (PBAS、PMOD 4.0) を使用して計算されました。 ラジオミクス（テクスチャ分析）は、治療前のFDG PETについてのみ計算されます。 ラジオミクス解析の行列には、ヒストグラム解析、グレイレベル共起行列 (GLCM)、テクスチャ特徴コーディング共起行列 (TFCCM)、グレイレベルランレングス行列 (GLRLM)、グレイレベルサイズゾーン行列 (GLSZM) が含まれます。 )、近隣グレートーン差分マトリックス (NGTDM)、テクスチャ特徴コーディング マトリックス (TFCM)、テクスチャ特徴コーディング同時生起マトリックス (TFCCM)、近隣グレー レベル依存マトリックス (NGLD)。