Radiogenómica en cánceres del tracto aerodigestivo

Este es un estudio prospectivo y los investigadores utilizan las muestras patológicas de rutina para la secuenciación de próxima generación (NGS), la inestabilidad de microsatélites (MSI) y las tinciones inmunohistoquímicas.

Exámenes patológicos que incluyen PD-L1, estado de EGFR, ALK y ROS-1.

NGS (Secuenciación de próxima generación): El ADN total se extrajo de muestras de sangre venosa periférica con EDTA y de tumores incluidos en parafina con el kit QIAamp® DNA Blood Mini y el kit QIAamp DNA FFPE Tissue (QIAGEN GmbH, Hilden, Alemania), respectivamente. Para la secuencia del exoma completo del ADN, brevemente, el ADN del tumor y de la sangre se sonicó con un sonicador Covaris M220 (Life Technologies Europe, Gent, Bélgica) y luego se ligó al adaptador para una mayor amplificación (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, EE. UU.). Toda la preparación de la biblioteca se realizó en el Centro de traducción del cáncer de la Universidad Médica de Taipei. Después de la preparación de la biblioteca, todas las muestras se secuenciaron utilizando el sistema NextSeq500 de acuerdo con las instrucciones del fabricante (Illumina, San Diego, EE. UU.). Después de secuenciar el rendimiento, FastQC evaluó la calidad del archivo de lecturas (fastq) y luego mapeó utilizando Hg19 humano como referencia. Los archivos Bam se utilizaron como entrada para el algoritmo Varscan para identificar mutaciones somáticas y de línea germinal. Las variantes anotadas y filtradas se verificaron manualmente utilizando IGV (Integrative Genomics Viewer), luego se confirmaron mediante la secuencia de Sanger.

Para calcular la TMB (carga total de mutaciones) por megabase, el número total de mutaciones contadas se divide por el tamaño de la región de codificación del territorio objetivo.

Para calcular MATH (heterogeneidad tumoral de alelos mutantes), los investigadores primero obtendrán el MAF (la fracción de ADN que muestra el alelo mutado en un locus genético) de cada muestra de tumor. La distribución de MAF se utilizará para calcular la mediana (centro de distribución) y la MD (desviación de la mediana) de MAF en un tumor. La MD se determina obteniendo las diferencias absolutas de todas las MAF a partir de la mediana de la MAF. Luego, la mediana de las diferencias absolutas se multiplica por un factor de 1,4826 para obtener la DM. El valor MATH se calcula como la relación porcentual entre la MD y la mediana: MATH = (MD/mediana) × 100.

MSI (Inestabilidad de microsatélites) Inestabilidad de microsatélites Reacción en cadena de la polimerasa (MSI-PCR) La prueba MSI-PCR fue realizada por el Cancer Translational Core Facility de Taipei Medical University utilizando el kit de análisis Promega MSI (Promega). El análisis de MSI consta de cinco marcadores de mononucleótidos casi monomórficos (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 y MONO-27) para la determinación de MSI. El análisis MSI se realizó de acuerdo con las instrucciones del fabricante (Promega). Los productos se analizaron mediante electroforesis capilar y los investigadores interpretaron la inestabilidad de microsatélites en 2 o más de los 5 loci de mononucleótidos como MSI alto, la inestabilidad de microsatélites en un solo locus de mononucleótido como MSI bajo y la ausencia de inestabilidad en cualquiera de los loci como microsatélite estable ( SMS).

Las características de la imagen de FDG PET que los investigadores extrajeron de la siguiente manera:

Los parámetros de imagen tradicionales incluyen SUVmax, volumen tumoral metabólico (MTV) y glucólisis de lesión total (TLG) del tumor primario. Los parámetros FDG PET tradicionales se calcularon utilizando un software comercializado (PBAS, PMOD 4.0). La radiómica (análisis de la textura) se calculará solo para el pretratamiento FDG PET. Las matrices de análisis radiómico incluyen análisis de histograma, matriz de coocurrencia de nivel de gris (GLCM), matriz de coocurrencia de codificación de características de textura (TFCCM), matriz de longitud de ejecución de nivel de gris (GLLRM), matriz de zona de tamaño de nivel de gris (GLSZM). ), Matriz de diferencia de tono de gris del vecindario (NGTDM), Matriz de codificación de características de textura (TFCM), Matriz de co-ocurrencia de codificación de características de textura (TFCCM) y Matriz de dependencia del nivel de gris vecino (NGLD).