Radiogenomika u nádorů aerodigestivního traktu

Toto je prospektivní studie a vyšetřovatelé používají rutinní patologické vzorky pro sekvenování nové generace (NGS), mikrosatelitní nestabilitu (MSI) a imunohistochemické barvení.

Patologická vyšetření včetně PD-L1, stavu EGFR, ALK a ROS-1.

NGS (Next Generation Sequencing): Celková DNA byla extrahována z EDTA-periferní žilní krve a vzorků tumoru zalitých v parafínu pomocí sady QIAamp® DNA Blood Mini Kit a QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Německo). Pro celou sekvenci exomu DNA, krátce, byla nádorová a krevní DNA sonikována pomocí sonikátoru Covaris M220 (Life Technologies Europe, Gent, Belgie) a poté ligována do adaptéru pro další amplifikaci (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, USA). Veškerá příprava knihovny byla provedena v Cancer Translational Core Facility na Taipei Medical University. Po přípravě knihovny byly všechny vzorky sekvenovány pomocí systému NextSeq500 podle pokynů výrobce (Illumina, San Diego, USA). Po provedení sekvenování byla kvalita souboru čtení (fastq) hodnocena pomocí FastQC a poté mapována pomocí lidského Hg19 jako reference. Soubory Bam byly použity jako vstup pro algoritmus Varscan k identifikaci zárodečných a somatických mutací. Varianty anotované a filtrované byly ručně zkontrolovány pomocí IGV (Integrative Genomics Viewer), poté potvrzeny Sangerovou sekvencí.

Pro výpočet TMB (celková mutační zátěž) na megabázi se celkový počet spočítaných mutací vydělí velikostí kódující oblasti cílového území.

Pro výpočet MATH (heterogenita tumoru mutované alely) vyšetřovatelé nejprve získají MAF (frakci DNA, která ukazuje mutovanou alelu v genovém lokusu) každého vzorku tumoru. Distribuce MAF bude použita k výpočtu mediánu (střed distribuce) a MD (střední odchylka) MAF v nádoru. MD se určuje získáním absolutních rozdílů všech MAF z mediánu MAF. Poté se medián absolutních rozdílů vynásobí faktorem 1,4826, aby se získala MD. Hodnota MATH se vypočítá jako procentuální poměr MD k mediánu: MATH = (MD/medián) × 100.

MSI (Microsatellite instability) Nestabilita mikrosatelitů polymerázová řetězová reakce (MSI-PCR) Testování MSI-PCR bylo provedeno Cancer Translational Core Facility of Taipei Medical University pomocí analytické soupravy Promega MSI (Promega). Analýza MSI se skládá z pěti téměř monomorfních mononukleotidových markerů (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 a MONO-27) pro stanovení MSI. Analýza MSI byla provedena podle pokynů výrobce (Promega). Produkty byly analyzovány kapilární elektroforézou a výzkumníci interpretovali mikrosatelitní nestabilitu ve 2 nebo více z 5 mononukleotidových lokusů jako MSI-vysoké, mikrosatelitní nestabilitu na jediném mononukleotidovém lokusu jako MSI-nízké a žádnou nestabilitu na žádném z lokusů jako mikrosatelitově stabilní ( MSS).

Obrazové rysy FDG PET vyšetřovatelé extrahovali následovně:

Tradiční obrazové parametry zahrnují SUVmax, objem metabolického tumoru (MTV) a glykolýzu celkové léze (TLG) primárního tumoru. Tradiční FDG PET parametry byly vypočteny pomocí komerčně dostupného softwaru (PBAS, PMOD 4.0). Radiomika (analýza textury) bude počítána pouze pro předúpravu FDG PET. Mezi matrice radiomické analýzy patří histogramová analýza, matice společného výskytu na úrovni šedé (GLCM), matice kódování společných výskytů na úrovni textury (TFCCM), matice délky běhu na úrovni šedé (GRLLM), matice zón velikosti šedé na úrovni (GLSZM) )、 matice rozdílu šedého tónu sousedství (NGTDM), matice kódování funkcí textury (TFCM), matice kódování funkcí textury (TFCCM) a matice závislosti na úrovni sousedství (NGLD).