Radiogenômica em cânceres do trato aerodigestivo

Este é um estudo prospectivo e os investigadores usam as amostras patológicas de rotina para sequenciamento de próxima geração (NGS), instabilidade de microssatélites (MSI) e manchas imuno-histoquímicas.

Exames patológicos incluindo PD-L1, status EGFR, ALK e ROS-1.

NGS (Sequenciamento de Próxima Geração): O DNA total foi extraído de sangue venoso periférico com EDTA e espécimes de tumores embebidos em parafina com o QIAamp® DNA Blood Mini Kit e o QIAamp DNA FFPE Tissue Kit (QIAGEN GmbH, Hilden, Alemanha), respectivamente. Para a sequência completa do exoma do DNA, brevemente, o DNA do tumor e do sangue foram sonicados pelo sonicador Covaris M220 (Life Technologies Europe, Gent, Bélgica) e depois ligados ao adaptador para amplificação adicional (Illumina® TruSeq Exome Library Prep, EUA). Toda a preparação da biblioteca foi realizada no Cancer Translational Core Facility da Taipei Medical University. Após a preparação da biblioteca, todas as amostras foram sequenciadas usando o sistema NextSeq500 de acordo com as instruções do fabricante (Illumina, San Diego, EUA). Após o desempenho do sequenciamento, a qualidade do arquivo de leituras (fastq) foi avaliada por FastQC e então mapeada usando Hg19 humano como referência. Os arquivos Bam foram usados ​​como entrada para o algoritmo Varscan para identificar mutações germinativas e somáticas. As variantes anotadas e filtradas foram verificadas manualmente usando IGV (Integrative Genomics Viewer) e confirmadas pela sequência de Sanger.

Para calcular o TMB (carga total de mutação) por megabase, o número total de mutações contadas é dividido pelo tamanho da região de codificação do território alvo.

Para calcular MATH (heterogeneidade tumoral de alelo mutante), os investigadores primeiro obterão o MAF (a fração de DNA que mostra o alelo mutante em um locus de gene) de cada amostra de tumor. A distribuição MAF será usada para calcular a mediana (centro de distribuição) e o MD (desvio mediano) de MAFs em um tumor. O MD é determinado obtendo as diferenças absolutas de todos os MAFs do MAF mediano. Então a mediana das diferenças absolutas é multiplicada por um fator de 1,4826 para obter o MD. O valor MATH é calculado como a razão percentual de MD para a mediana: MATH = (MD/mediana)×100.

MSI (Instabilidade do microssatélite) Instabilidade do microssatélite reação em cadeia da polimerase (MSI-PCR) O teste MSI-PCR foi realizado pela Cancer Translational Core Facility da Taipei Medical University usando o kit de análise Promega MSI (Promega). A análise MSI consiste em cinco marcadores mononucleotídeos quase monomórficos (BAT-25, BAT-26, NR-21, NR-24 e MONO-27) para determinação de MSI. A análise MSI foi realizada de acordo com as instruções do fabricante (Promega). Os produtos foram analisados ​​por eletroforese capilar e os investigadores interpretaram a instabilidade do microssatélite em 2 ou mais dos 5 loci mononucleotídicos como MSI-alto, a instabilidade do microssatélite em um único locus mononucleotídico como MSI-baixo e a ausência de instabilidade em qualquer um dos loci como microssatélite estável ( MS).

As características da imagem de FDG PET os investigadores extraíram da seguinte forma:

Os parâmetros de imagem tradicionais incluem SUVmax, volume tumoral metabólico (MTV) e glicólise total da lesão (TLG) do tumor primário. Os parâmetros FDG PET tradicionais foram calculados usando software comercial (PBAS, PMOD 4.0). A radiômica (análise de textura) será calculada apenas para pré-tratamento FDG PET. As matrizes de análise radiômica incluem análise de histograma, matriz de co-ocorrência de nível de cinza (GLCM)、matriz de coocorrência de codificação de recursos de textura (TFCCM)、matriz de comprimento de execução de nível de cinza (GRLLM)、matriz de zona de tamanho de nível de cinza (GLSZM )、Matriz de diferença de tons de cinza da vizinhança (NGTDM)、Matriz de codificação de recursos de textura (TFCM)、Matriz de co-ocorrência de codificação de recursos de textura (TFCCM) e Matriz de dependência de nível de cinza vizinho (NGLD).